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タイトルSAD phasing using iodide ions in a high-throughput structural genomics environment.
ジャーナル・号・ページJ Struct Funct Genomics, Vol. 12, Page 83-95, Year 2011
掲載日2009年10月15日 (構造データの登録日)
著者Abendroth, J. / Gardberg, A.S. / Robinson, J.I. / Christensen, J.S. / Staker, B.L. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. / Edwards, T.E.
リンクJ Struct Funct Genomics / PubMed:21359836
手法X線回折
解像度1.95 - 2.25 Å
構造データ

PDB-3k9g:
CRYSTAL STRUCTURE OF A PLASMID PARTITION PROTEIN FROM BORRELIA BURGDORFERI AT 2.25A RESOLUTION, iodide soak
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.25 Å

PDB-3km3:
Crystal structure of eoxycytidine triphosphate deaminase from anaplasma phagocytophilum at 2.1A resolution
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-3kw3:
Crystal structure of alanine racemase from Bartonella henselae with covalently bound pyridoxal phosphate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.04 Å

PDB-3luz:
Crystal structure of extragenic suppressor protein suhB from Bartonella henselae, via combined iodide SAD molecular replacement
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.05 Å

PDB-3men:
Crystal structure of acetylpolyamine aminohydrolase from Burkholderia pseudomallei, iodide soak
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-3njb:
Crystal structure of enoyl-coa hydratase from Mycobacterium smegmatis, iodide soak
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-3o2e:
Crystal structure of a bol-like protein from babesia bovis
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.95 Å

PDB-3oib:
Crystal structure of a putative ACYL-COA Dehydrogenase from mycobacterium smegmatis, Iodide soak
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-3p96:
Crystal structure of Phosphoserine phosphatase SerB from Mycobacterium avium, native form
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.05 Å

PDB-3pfd:
Crystal structure of an Acyl-CoA dehydrogenase from Mycobacterium thermoresistibile bound to reduced flavin adenine dinucleotide solved by combined iodide ion SAD MR
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-3pm6:
Crystal structure of a putative fructose-1,6-biphosphate aldolase from Coccidioides immitis solved by combined SAD MR
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

化合物

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-IOD:
IODIDE ION / ヨ-ジド

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル

ChemComp-FDA:
DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FADH2

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

由来
  • borrelia burgdorferi (バクテリア)
  • anaplasma phagocytophilum (バクテリア)
  • bartonella henselae (バクテリア)
  • burkholderia pseudomallei 1710b (類鼻疽菌)
  • mycobacterium smegmatis (バクテリア)
  • babesia bovis (牛バベシア)
  • mycobacterium avium (バクテリア)
  • mycobacterium thermoresistibile (バクテリア)
  • coccidioides immitis (菌類)
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / SSGCID / SBRI / DECODE BIOSTRUCTURES / UW / NIH / NIAID / BORELLIA BURGDORFERI / PLASMID PARTITION PROTEIN / IODIDE / SAD PHASING / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / HYDROLASE / DECODE / DEOXYCYTIDINE TRIPHOSPHATE DEAMINASE / ANAPLASMA PHAGOCYTOPHILUM / IODIDE PHASING / Nucleotide metabolism / ISOMERASE / iodide soak / alanine racemase / LLP / cat-scratch disease / Bartonella / cat scratch disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / ACETYLPOLYAMINE AMINOHYDROLASE / HISTONE DEACETYLASE / LYASE / ENOYL-COA HYDRATASE / iodide SAD / UNKNOWN FUNCTION / Babesia bovis / SAD / BOL like protein / OXIDOREDUCTASE / ACYL-COA DEHYDROGENASE / MYCOBACERIUM SMEGMATIS / deydrogenase / Phosphoserine phosphatase SerB / dehydrogenase / de novo phase determination / iodide ion SAD / acyl coA dehydrogenase / reduced flavin adenine dinucleotide / FAD / fatty acid metabolism / coccidioidomycosis / Coccidioides / Valley Fever / immitis / posadasii / fructose-1 / 6-bisphosphate aldolase / zinc-containing enzyme / pathogenic fungus

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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