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検索結果

検索 (著者・登録者: sakamoto & a)の結果110件中、1から50件目までを表示しています

EMDB-71770:
Structure of human serotonin transporter bound to small molecule zPZd in lipid nanodisc and NaCl
手法: 単粒子 / : Billesboelle CB, Manglik A

EMDB-71775:
Locally-refined Mu-Opioid Receptor bound with novel compound 0505
手法: 単粒子 / : Kim JY, Wu Y, Manglik A, Shoichet BK

PDB-9pns:
Structure of human serotonin transporter bound to small molecule zPZd in lipid nanodisc and NaCl
手法: 単粒子 / : Billesboelle CB, Manglik A

PDB-9ppq:
Locally-refined Mu-Opioid Receptor bound with novel compound 0505 (3-[({[(1P)-1-(3-chlorophenyl)-1H-pyrazol-3-yl]methyl}amino)methyl]phenol)
手法: 単粒子 / : Kim JY, Wu Y, Manglik A, Shoichet BK

EMDB-39009:
positive allosteric modulator(BMS986187)-bound delta-opioid receptor-Gi complex
手法: 単粒子 / : Luo P, Xu Y, Wang Y, Zhuang Y, Xu HE

PDB-8y71:
positive allosteric modulator(BMS986187)-bound delta-opioid receptor-Gi complex
手法: 単粒子 / : Luo P, Xu Y, Wang Y, Zhuang Y, Xu HE

EMDB-62849:
Gi-bound kappa opioid receptor in complex with dynorphin and positive allosteric modulator MPAM-15
手法: 単粒子 / : Zhuang Y, Wang Y, Xu Y, Luo P, Xu HE

PDB-9l60:
Gi-bound kappa opioid receptor in complex with dynorphin and positive allosteric modulator MPAM-15
手法: 単粒子 / : Zhuang Y, Wang Y, Xu Y, Luo P, Xu HE

EMDB-62386:
Structure of the human 40S ribosome complexed with HCV IRES and eIF3
手法: 単粒子 / : Iwasaki W, Kashiwagi K, Sakamoto A, Nishimoto M, Takahashi M, Machida K, Imataka H, Matsumoto A, Shichino Y, Iwasaki S, Imami K, Ito T

EMDB-62453:
Structure of the human 40S ribosome complexed with HCV IRES, eIF1A and eIF3
手法: 単粒子 / : Iwasaki W, Kashiwagi K, Sakamoto A, Nishimoto M, Takahashi M, Machida K, Imataka H, Matsumoto A, Shichino Y, Iwasaki S, Imami K, Ito T

EMDB-62454:
Structure of the HCV IRES-dependent pre-48S translation initiation complex with eIF1A, eIF5B, and eIF3
手法: 単粒子 / : Iwasaki W, Kashiwagi K, Sakamoto A, Nishimoto M, Takahashi M, Machida K, Imataka H, Matsumoto A, Shichino Y, Iwasaki S, Imami K, Ito T

EMDB-62535:
Structure of the HCV IRES-dependent 48S translation initiation complex with eIF5B and eIF3
手法: 単粒子 / : Iwasaki W, Kashiwagi K, Sakamoto A, Nishimoto M, Takahashi M, Machida K, Imataka H, Matsumoto A, Shichino Y, Iwasaki S, Imami K, Ito T

EMDB-62671:
Cryo-EM structure of the HCV IRES-dependently initiated CMV-stalled 80S ribosome (non-rotated state) in complexed with eIF3
手法: 単粒子 / : Iwasaki W, Kashiwagi K, Sakamoto A, Nishimoto M, Takahashi M, Machida K, Imataka H, Matsumoto A, Shichino Y, Iwasaki S, Imami K, Ito T

EMDB-62679:
Cryo-EM structure of the HCV IRES-dependently initiated CMV-stalled 80S ribosome (rotated state) in complexed with eIF3
手法: 単粒子 / : Iwasaki W, Kashiwagi K, Sakamoto A, Nishimoto M, Takahashi M, Machida K, Imataka H, Matsumoto A, Shichino Y, Iwasaki S, Imami K, Ito T

PDB-9kkf:
Structure of the human 40S ribosome complexed with HCV IRES and eIF3
手法: 単粒子 / : Iwasaki W, Kashiwagi K, Sakamoto A, Nishimoto M, Takahashi M, Machida K, Imataka H, Matsumoto A, Shichino Y, Iwasaki S, Imami K, Ito T

PDB-9kn5:
Structure of the human 40S ribosome complexed with HCV IRES, eIF1A and eIF3
手法: 単粒子 / : Iwasaki W, Kashiwagi K, Sakamoto A, Nishimoto M, Takahashi M, Machida K, Imataka H, Matsumoto A, Shichino Y, Iwasaki S, Imami K, Ito T

PDB-9kn6:
Structure of the HCV IRES-dependent pre-48S translation initiation complex with eIF1A, eIF5B, and eIF3
手法: 単粒子 / : Iwasaki W, Kashiwagi K, Sakamoto A, Nishimoto M, Takahashi M, Machida K, Imataka H, Matsumoto A, Shichino Y, Iwasaki S, Imami K, Ito T

PDB-9krp:
Structure of the HCV IRES-dependent 48S translation initiation complex with eIF5B and eIF3
手法: 単粒子 / : Iwasaki W, Kashiwagi K, Sakamoto A, Nishimoto M, Takahashi M, Machida K, Imataka H, Matsumoto A, Shichino Y, Iwasaki S, Imami K, Ito T

PDB-9kzu:
Cryo-EM structure of the HCV IRES-dependently initiated CMV-stalled 80S ribosome (non-rotated state) in complexed with eIF3
手法: 単粒子 / : Iwasaki W, Kashiwagi K, Sakamoto A, Nishimoto M, Takahashi M, Machida K, Imataka H, Matsumoto A, Shichino Y, Iwasaki S, Imami K, Ito T

PDB-9kzx:
Cryo-EM structure of the HCV IRES-dependently initiated CMV-stalled 80S ribosome (rotated state) in complexed with eIF3
手法: 単粒子 / : Iwasaki W, Kashiwagi K, Sakamoto A, Nishimoto M, Takahashi M, Machida K, Imataka H, Matsumoto A, Shichino Y, Iwasaki S, Imami K, Ito T

EMDB-62570:
Cryo-EM structure of the TIA-1 prion-like domain amyloid fibril, WT
手法: らせん対称 / : Inaoka D, Miyata T, Makino F, Ohtani Y, Ekari M, Kobayashi R, Imamura K, Sakamoto E, Kodama ST, Yoshida N, Kato T, Namba K, Tochio H, Sekiyama N

EMDB-62571:
Cryo-EM structure of the TIA-1 prion-like domain amyloid fibril, G355R
手法: らせん対称 / : Inaoka D, Miyata T, Makino F, Ohtani Y, Ekari M, Kobayashi R, Imamura K, Sakamoto E, Kodama ST, Yoshida N, Kato T, Namba K, Tochio H, Sekiyama N

PDB-9kty:
Cryo-EM structure of the TIA-1 prion-like domain amyloid fibril, WT
手法: らせん対称 / : Inaoka D, Miyata T, Makino F, Ohtani Y, Ekari M, Kobayashi R, Imamura K, Sakamoto E, Kodama ST, Yoshida N, Kato T, Namba K, Tochio H, Sekiyama N

PDB-9ktz:
Cryo-EM structure of the TIA-1 prion-like domain amyloid fibril, G355R
手法: らせん対称 / : Inaoka D, Miyata T, Makino F, Ohtani Y, Ekari M, Kobayashi R, Imamura K, Sakamoto E, Kodama ST, Yoshida N, Kato T, Namba K, Tochio H, Sekiyama N

EMDB-65026:
PSI-LHCI of Euglena gracilis strain Z
手法: 単粒子 / : Kato K, Nakajima Y, Shen JR, Nagao R

PDB-9vfj:
PSI-LHCI of Euglena gracilis strain Z
手法: 単粒子 / : Kato K, Nakajima Y, Shen JR, Nagao R

EMDB-65631:
Subtomogram average of MJ1HA S-layer
手法: サブトモグラム平均 / : Goto-Ito S, Yamagata A, Lee Y, Ehara H, Ito T

EMDB-65632:
Subtomogram average of MJ1 attachment organelle
手法: サブトモグラム平均 / : Goto-Ito S, Yamagata A, Lee Y, Ehara H, Ito T

EMDB-71783:
Locally-refined structure of alpha2a adrenergic receptor in complex with Go heterotrimer, scFv16, and compound Z7149
手法: 単粒子 / : Srinivasan K, Wu Y, Billesboelle C, Kim JY, Manglik A, Shoichet BK

PDB-9pqd:
Locally-refined structure of alpha2a adrenergic receptor in complex with Go heterotrimer, scFv16, and compound Z7149
手法: 単粒子 / : Srinivasan K, Wu Y, Billesboelle C, Kim JY, Manglik A, Shoichet BK

EMDB-39010:
positive allosteric modulator(BMS986122)-bound mu-opioid receptor-Gi complex
手法: 単粒子 / : Luo P, Xu Y, Wang Y, Zhuang Y, Xu HE

EMDB-39011:
positive allosteric modulator(MPAM-15)-bound mu-opioid receptor-Gi complex
手法: 単粒子 / : Luo P, Xu Y, Wang Y, Zhuang Y, Xu HE

PDB-8y72:
positive allosteric modulator(BMS986122)-bound mu-opioid receptor-Gi complex
手法: 単粒子 / : Luo P, Xu Y, Wang Y, Zhuang Y, Xu HE

PDB-8y73:
positive allosteric modulator(MPAM-15)-bound mu-opioid receptor-Gi complex
手法: 単粒子 / : Luo P, Xu Y, Wang Y, Zhuang Y, Xu HE

EMDB-44945:
5HT2AR-miniGq heterotrimer in complex with a novel agonist obtained from large scale docking local map
手法: 単粒子 / : Gumpper RH, Wang L, Kapolka N, Skiniotis G, Roth BL

EMDB-44946:
5HT2AR-miniGq heterotrimer in complex with a novel agonist obtained from large scale docking, local refinement of heterotrimer
手法: 単粒子 / : Gumpper RH, Wang L, Kapolka N, Skiniotis G, Roth BL

EMDB-44961:
5HT2AR-miniGq heterotrimer in complex with a novel agonist obtained from large scale docking global map
手法: 単粒子 / : Gumpper RH, Wang L, Kapolka N, Skiniotis G, Roth BL

EMDB-45616:
CryoEM Structure of HCA2 DREADD Gi1 in complex with FCH-2296413 (Local Refinement)
手法: 単粒子 / : Krumm BE, Kang HJ, Diberto JF, Kapolka NJ, Gumpper RH, Olsen RHJ, Huang XP, Zhang S, Fay JF, Roth BL

PDB-9cib:
CryoEM Structure of HCA2 DREADD Gi1 in complex with FCH-2296413 (Local Refinement)
手法: 単粒子 / : Krumm BE, Kang HJ, Diberto JF, Kapolka NJ, Gumpper RH, Olsen RHJ, Huang XP, Zhang S, Fay JF, Roth BL

EMDB-42538:
CryoEM Structure of HCA2-Gi1 in complex with MK-1903
手法: 単粒子 / : Krumm BE, Kang HJ, Diberto JF, Kapolka NJ, Gumpper RH, Olsen RHJ, Huang XP, Zhang S, Fay JF, Roth BL

EMDB-42587:
CryoEM Structure of HCA2 DREADD Gi1 in complex with FCH-2296413
手法: 単粒子 / : Krumm BE, Kang HJ, Diberto JF, Kapolka NJ, Gumpper RH, Olsen RHJ, Huang XP, Zhang S, Fay JF, Roth BL

PDB-8utd:
CryoEM Structure of HCA2-Gi1 in complex with MK-1903
手法: 単粒子 / : Krumm BE, Kang HJ, Diberto JF, Kapolka NJ, Gumpper RH, Olsen RHJ, Huang XP, Zhang S, Fay JF, Roth BL

PDB-8uuj:
CryoEM Structure of HCA2 DREADD Gi1 in complex with FCH-2296413
手法: 単粒子 / : Krumm BE, Kang HJ, Diberto JF, Kapolka NJ, Gumpper RH, Olsen RHJ, Huang XP, Zhang S, Fay JF, Roth BL

EMDB-42676:
5-HT2AR bound to Lisuride in complex with a mini-Gq protein and an active-state stabilizing single-chain variable fragment (scFv16) obtained by cryo-electron microscopy (cryoEM)
手法: 単粒子 / : Barros-Alvarez X, Kim K, Panova O, Roth BL, Skiniotis G

EMDB-42999:
5HT2AR-miniGq heterotrimer in complex with a novel agonist obtained from large scale docking
手法: 単粒子 / : Gumpper RH, Wang L, Kapolka N, Skiniotis G, Roth BL

PDB-8uwl:
5-HT2AR bound to Lisuride in complex with a mini-Gq protein and an active-state stabilizing single-chain variable fragment (scFv16) obtained by cryo-electron microscopy (cryoEM)
手法: 単粒子 / : Barros-Alvarez X, Kim K, Panova O, Roth BL, Skiniotis G

PDB-8v6u:
5HT2AR-miniGq heterotrimer in complex with a novel agonist obtained from large scale docking
手法: 単粒子 / : Gumpper RH, Wang L, Kapolka N, Skiniotis G, Roth BL

EMDB-15851:
Cryo-EM structure of cytochrome bd oxidase from C. glutamicum
手法: 単粒子 / : Grund TN, Kusumoto T, Michel H, Sakamoto J, Safarian S

PDB-8b4o:
Cryo-EM structure of cytochrome bd oxidase from C. glutamicum
手法: 単粒子 / : Grund TN, Kusumoto T, Michel H, Sakamoto J, Safarian S

EMDB-33707:
Apoferritin structure at 1.46 angstrom resolution by CryoARM300 equipped with Apollo
手法: 単粒子 / : Bammes B, Spilman M, Sakamoto M, Fukumura T, Konyuba Y, Okunishi E

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EMN検索について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2021年10月5日: 温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

温度感受性及び、機械刺激依存性イオンチャネルに関するノーベル賞

  • 2021年のノーベル医学・生理学賞は、温度と触覚の受容体を発見したデビッド・ジュリアスとアーデム・パタポウティアンに共同で授与されました
  • EM Navigatorでは、両先駆者によるクライオEM構造データを見つけることができます

外部リンク:The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2021 - NobelPrize.org / Structure data by Ardem Patapoutian / Structure data by David Julius

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年7月5日: テキストデータのダウンロード

テキストデータのダウンロード

EM Navigatorの以下のサービスのデータが、テキスト形式でダウンロードできるようになりました。ダウンロードしたデータをExcelなどで読み込むことができます。

ページデータフォーマット
EM Navigator 検索検索結果CSV, TSV, JSON
EM Navigator 統計情報表データCSV, TSV

関連情報:EMN検索 / EMN統計情報

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EMN検索

3次元電子顕微鏡データ検索

豊富な検索条件と表示条件で、EMDBとPDBの電子顕微鏡エントリを検索できます。

関連情報:EMDB / PDB / EM Navigator / Q: EM Navigatorの情報源は？ / 万見検索 / 2019年7月5日: テキストデータのダウンロード

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