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タイトルLarge Library Docking for Polypharmacology.
ジャーナル・号・ページJ Med Chem, Vol. 69, Issue 5, Page 6210-6229, Year 2026
掲載日2026年3月12日
著者Yujin Wu / Seth Vigneron / Joao Braz / Karthik Srinivasan / Elissa A Fink / Xi-Ping Huang / Xinyu Xu / Harald Huebner / Joseph Y Kim / Jing Wang / Tara Pfeiffer / Kensuke Sakamoto / Dmytro S Radchenko / Ramona M Rodriguiz / Yurii S Moroz / John J Irwin / Peter Gmeiner / Christian Billesboelle / Bryan L Roth / Allan I Basbaum / Aashish Manglik / William C Wetsel / Brian K Shoichet /
PubMed 要旨Polypharmacological molecules are attractive for complex illnesses. Here, we explored large library docking for joint activity against target pairs. Retrospectively, as libraries grew, so too did the ...Polypharmacological molecules are attractive for complex illnesses. Here, we explored large library docking for joint activity against target pairs. Retrospectively, as libraries grew, so too did the number of likely dual-activity molecules. In prospective docking of a 900-million molecule library against three target pairs (α/SERT, MOR/SERT, and α/MOR), we sought analgesic compounds. Both the α/SERT and SERT/MOR campaigns led to dual binders with low μM to high nM activities with high hit rates; tetrahydropyridines from the α/SERT campaign were also active against 5-HT. However, even though cryo-EM structures confirmed the docking-predicted poses, optimization struggled to improve potency. Still, in mouse behavioral assays, the most potent α/SERT compound (') was effective against pain without inducing conditioned place preference, and the molecule had potent antidepression and anxiolytic drug-like behavior, consistent with its SERT/5-HT activities. This study reveals both advantages and challenges of docking for polypharmacology.
リンクJ Med Chem / PubMed:41712624 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.29 - 3.4 Å
構造データ

71770

9pns

EMDB-71770, PDB-9pns:
Structure of human serotonin transporter bound to small molecule zPZd in lipid nanodisc and NaCl
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

71775

9ppq

EMDB-71775: Locally-refined Mu-Opioid Receptor bound with novel compound 0505
PDB-9ppq: Locally-refined Mu-Opioid Receptor bound with novel compound 0505 (3-[({[(1P)-1-(3-chlorophenyl)-1H-pyrazol-3-yl]methyl}amino)methyl]phenol)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.34 Å

71783

9pqd

EMDB-71783, PDB-9pqd:
Locally-refined structure of alpha2a adrenergic receptor in complex with Go heterotrimer, scFv16, and compound Z7149
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.29 Å

化合物

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

PDB-1ciz:
X-RAY STRUCTURE OF HUMAN STROMELYSIN CATALYTIC DOMAIN COMPLEXES WITH NON-PEPTIDE INHIBITORS: IMPLICATION FOR INHIBITOR SELECTIVITY

PDB-1cix:
THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF ANTIMICROBIAL PEPTIDE TACHYSTATIN A ISOLATED FROM HORSESHOE CRAB

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードTRANSPORT PROTEIN/IMMUNE SYSTEM/INHIBITOR / Neurotransmitter Transporter / Inhibitor / Complex / TRANSPORT PROTEIN-IMMUNE SYSTEM-INHIBITOR complex / MEMBRANE PROTEIN / GPCR / Mu-Opioid / Partial Agonist / Active / Drug / Small Molecule / Polypharmacology

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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