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万見
- PDB-9vfj: PSI-LHCI of Euglena gracilis strain Z -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9vfj
タイトルPSI-LHCI of Euglena gracilis strain Z
要素
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...) x 5
  • Chloroplast light-harvesting complex I protein
  • LHCI-1
  • LHCI-10
  • LHCI-11
  • LHCI-2
  • LHCI-3
  • LHCI-4
  • LHCI-6
  • LHCI-7
  • LHCI-8
  • LHCI-9
  • Photosystem I iron-sulfur center
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Photosystem I / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthesis, light harvesting / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity ...photosynthesis, light harvesting / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I protein PsaC ...Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / Chem-DD6 / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Unknown ligand / Chloroplast light-harvesting complex I protein ...BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / Chem-DD6 / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Unknown ligand / Chloroplast light-harvesting complex I protein / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I iron-sulfur center
類似検索 - 構成要素
生物種Euglena gracilis (ミドリムシ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Kato, K. / Nakajima, Y. / Shen, J.R. / Nagao, R.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP23K14211, JP22H04916, and JP23H02423 日本
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Structural insights into the divergent evolution of a photosystem I supercomplex in .
著者: Koji Kato / Yoshiki Nakajima / Runa Sakamoto / Minoru Kumazawa / Kentaro Ifuku / Takahiro Ishikawa / Jian-Ren Shen / Atsushi Takabayashi / Ryo Nagao /
要旨: Photosystem I (PSI) forms supercomplexes with light-harvesting complexes (LHCs) to perform oxygenic photosynthesis. Here, we report a 2.82-angstrom cryo-electron microscopy structure of the PSI-LHCI ...Photosystem I (PSI) forms supercomplexes with light-harvesting complexes (LHCs) to perform oxygenic photosynthesis. Here, we report a 2.82-angstrom cryo-electron microscopy structure of the PSI-LHCI supercomplex from , a eukaryotic alga with secondary green alga-derived plastids. The structure reveals a PSI monomer core with eight subunits and 13 asymmetrically arranged LHCI proteins. LHCIs bind diadinoxanthin, which is one of the carotenoids typically associated with red-lineage LHCs and is not present in the canonical LHCI belt found in green-lineage PSI-LHCI structures. Phylogenetic analysis shows that the LHCIs originated from LHCII-related clades rather than from the green-lineage LHCI group and that the nuclear-encoded PSI subunit PsaD likely originated from cyanobacteria via horizontal gene transfer. These observations indicate a mosaic origin of the PSI-LHCI. Our findings uncover a noncanonical light-harvesting architecture and highlight the structural and evolutionary plasticity of photosynthetic systems, illustrating how endosymbiotic acquisition and lineage-specific adaptation shape divergent light-harvesting strategies.
履歴
登録2025年6月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月8日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月8日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月8日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月8日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月8日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月8日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月8日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年11月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Photosystem I reaction center subunit II
E: Photosystem I reaction center subunit IV
F: Photosystem I reaction center subunit III
J: Photosystem I reaction center subunit IX
M: Photosystem I reaction center subunit XII
1: LHCI-1
2: LHCI-2
3: LHCI-3
4: LHCI-4
5: Chloroplast light-harvesting complex I protein
6: LHCI-6
7: LHCI-7
8: LHCI-8
9: LHCI-9
10: LHCI-10
11: LHCI-11
12: LHCI-11
13: LHCI-11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,551,344363
ポリマ－1,302,27921
非ポリマー249,065342
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1


分子量: 85183.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#2: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PSI-B / PsaB


分子量: 82780.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ) / 参照: UniProt: P19431, photosystem I

-
タンパク質 , 12種, 14分子 C12345678910111213

#3: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8784.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ) / 参照: UniProt: P31556, photosystem I
#9: タンパク質 LHCI-1


分子量: 52475.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#10: タンパク質 LHCI-2


分子量: 65361.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#11: タンパク質 LHCI-3


分子量: 46443.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#12: タンパク質 LHCI-4


分子量: 44705.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#13: タンパク質 Chloroplast light-harvesting complex I protein


分子量: 27130.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ) / 参照: UniProt: A8HPE4
#14: タンパク質 LHCI-6


分子量: 95660.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#15: タンパク質 LHCI-7


分子量: 66506.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#16: タンパク質 LHCI-8


分子量: 89149.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#17: タンパク質 LHCI-9


分子量: 94434.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#18: タンパク質 LHCI-10


分子量: 69436.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#19: タンパク質 LHCI-11


分子量: 112373.086 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)

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Photosystem I reaction center subunit ... , 5種, 5分子 DEFJM

#4: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit II


分子量: 76196.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#5: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV


分子量: 17927.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#6: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III


分子量: 35240.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#7: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX / PSI-J


分子量: 4298.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ) / 参照: UniProt: P30394
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit XII / PSI-M


分子量: 3445.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ) / 参照: UniProt: P31479

-
糖 , 1種, 1分子

#27: 糖 ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 9種, 385分子

#20: 化合物 ChemComp-CL0 / CHLOROPHYLL A ISOMER


分子量: 893.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#21: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#22: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#23: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#24: 化合物
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE


分子量: 536.873 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#25: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE


分子量: 722.970 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#26: 化合物...
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 42 / 由来タイプ: 合成 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#28: 化合物...
ChemComp-DD6 / (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol / Diadinoxanthin


分子量: 582.855 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#29: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: PSI-LHCI / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#19 / 由来: NATURAL
分子量値: 1.1 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
緩衝液pH: 6.5
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
120 mMMES1
20.03 %Sucrose monolaurate1
試料濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 60000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1粒子像選択
4CTFFIND4.1CTF補正
7UCSF Chimera1.16モデルフィッティング
9Servalcat0.4.32モデル精密化
10REFMAC5.8.0419モデル精密化
11PHENIX1.20.1モデル精密化
12RELION3.1初期オイラー角割当
13RELION3.1最終オイラー角割当
14RELION3.1分類
15RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 507565
3次元再構成解像度: 2.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 56060 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: RECIPROCAL
原子モデル構築詳細: ModelAngelo / Source name: Other / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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