-表示する文書の検索と絞り込み
ありがちな質問と回答, お知らせ, 解説, EM Navigator, 万見, Omokage検索, サービス一覧, すべての文書
-解説 (43)
+EMDBマップデータ形式
CCP4形式の3次元密度分布マップデータ
関連情報:EMDB / Q: マップデータのフォーマットは何ですか? / Q: どのソフトを使えば、EMDBのマップデータを見られますか? / Q: マップデータとは電子密度マップのことですか?
外部リンク:EMDB Map Distribution Format Description / Format technical details / CCP4 - Wikipedia
+EMDBヘッダ
XML形式のメタ情報(付随情報)データ
EMDBエントリのマップに付随する情報、実験情報、サンプルの詳細情報などを含むXML形式のデータファイル
関連情報:EMDB / 2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました
外部リンク:EMDB Schema v3 / EMDB Schema v1.9 / 文書ディレクトリ
+マスクマップ
マスクパターン、部分マップ、セグメンテーションマップなど
関連情報:EMDB
+FSCデータファイル
+EMDB検証レポート
wwPDBとEMDBによるEMDBエントリの検証レポート
関連情報:EMDB / wwPDB検証レポート
+PDBx/mmCIF形式
PDBの公式データフォマット。原子座標と付随情報を含む。STAR形式に基づくテキストデータ。
関連情報:PDB / Q: PDBの座標データの形式は、どのような違いがあるのですか?
+PDB形式
以前のPDBの公式データフォマット、原子座標データを含む
関連情報:PDB / Q: PDBの座標データの形式は、どのような違いがあるのですか?
+PDBx/mmJSON形式
PDBx/mmCIF"をJSON形式で表現した、PDBjが開発したファイルフォーマット
関連情報:PDB / Q: PDBの座標データの形式は、どのような違いがあるのですか?
外部リンク:mmJSON - PDBjヘルプ
+wwPDB検証レポート
wwPDBによるPDBエントリの検証レポート
関連情報:PDB / EMDB検証レポート
外部リンク:wwPDB: Validation Reports / 検証レポートには、どんな種類がありますか? - validation FAQ
+EM Navigator
3次元電子顕微鏡データブラウザ
URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/.
- 生体分子や生体組織の3次元電子顕微鏡データを、気軽にわかりやすく眺めるためのウェブサイト
- EMDB-PDBの横断検索や統計情報のサービス、類似構造へのリンクなどをを提供しています
- 最新のEM構造データや構造論文を手早くチェックできます
関連情報:EMDB / PDB / PDBj / Q: EM Navigatorの情報源は? / EMN検索 / EMN文献 / EMNギャラリー / EMN統計情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点
+EMN検索
3次元電子顕微鏡データ検索
URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/esearch.php
豊富な検索条件と表示条件で、EMDBとPDBの電子顕微鏡エントリを検索できます。
関連情報:EMDB / PDB / EM Navigator / Q: EM Navigatorの情報源は? / 万見検索 / 2019年7月5日: テキストデータのダウンロード
+EMN文献
3DEM構造データから引用されている文献のデータベース
URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/pap.php?em=1
- EMDDBとPDBの3次元電子顕微鏡エントリから引用されている文献のデータベースです。
- PubMedのデータを利用しています。
関連情報:EMDB / PDB / Q: EM Navigatorの情報源は? / EM Navigator / 万見文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点
+EMNギャラリー
3DEMデータを画像で一覧
URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/gallery.php
分類はEM Navigator独自のものです。厳密な分類ではありません。
関連情報:EM Navigator
+EMN統計情報
3DEMデータの統計情報を表やグラフで閲覧
URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/stat.php
- 表はソートできます。列の先頭をクリックすると、その列基準のソートになります。(再度クリックすると逆順、[Shift]+クリックで複数列基準のソート)
- 行や列の先頭にマウスカーソルを置くと、棒グラフが現れます。
- 数値のセルをクリックすると該当する検索結果のページが開きます。
- 例:
関連情報:Q: EM Navigatorの情報源は? / EM Navigator / 2013年3月30日: EM Navigatorの新ページ「統計情報ページ」の公開を開始しました
+万見 (Yorodumi)
幾万の構造データを、幾万の視点から
URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/quick.php
- 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
- EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。
関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点
+万見検索
EMDB/PDB/SASBDBなどの横断検索
URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/ysearch.php
関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / EMN検索 / 万見 (Yorodumi) / 実験手法・装置(施設・設備・機器)・ソフトウェアのデータ / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点
+万見文献
EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース
URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/pap.php
- EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
- Pubmedのデータを利用しています
関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点
+万見生物種
EMDB/PDB/SASBDBの生物種情報
URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/taxo.php
EMDB/PDB/SASBDBの構造データの試料情報、由来する生物種に関するデータベース
関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ
+Omokage検索
「カタチ」で構造検索
URL: https://pdbj.org/omokage/
- Omokage検索は、生体超分子の形状類似性検索サービスです。細部を無視した全体の形状のみの比較により、類似データを検索します。
- 検索の対象となるデータセットは、EMDBのマップデータ、PDBの登録構造(通常は非対称単位、AU)、PDBの生物学的単位(BU)、SASBDBの登録モデルで、合計約20万の構造データからの検索となります。
- EMDB・PDB・SASBDBの登録データ、あるいは利用者所有のオリジナルの構造を使った検索が可能です。
- 対応する形式は、PDB形式(原子モデル、SAXSビーズモデルなど)か、CCP4/MRC形式(3次元密度分布マップ)です。
- 比較はiDRプロファイル法によって行います。
関連情報:3つのデータバンクの比較 / 2014年9月22日: 新規サービス: Omokage検索 / gmfit / gmfitで並べなおし
+万見文書
+Covid-19情報
新型コロナウイルスの情報ページ
URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php
関連情報:3つのデータバンクの比較 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報
+F&H 検索
機能・相同性の類似性検索
URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/fh-search.php
構造データに関連付けられた機能・相同性アイテムの類似性に基づき、類似するデータを構造データベースから検索します。
関連情報:機能・相同性情報
+ムービービューア
動画による3DEM構造データビューア
- ムービーには横回転、縦回転、切断面の移動のモーションが録画されています。
- ムービーのフレームは、マウスやタッチの位置で切り替わるので、分子構造ビューアのようなインタラクティブな操作が可能です。
- ムービー画面上のマウスや指の位置と動く方向に合わせてフレームが切り替わり、モデルが縦方向・横方向に回転します。
- 画面上部でマウスや指を横に移動させると、断面のモーションが表示されます。
関連情報:Q: EM Navigatorのムービーはどうやって作っているのですか? / Q: EM Navigator上のムービーやムービーのスナップショットを、プレゼンテーションや論文などに利用できますか? / SurfView / 新しいEM Navigatorと万見の変更点
+Jmol/JSmol
オープンソースの3次元化学構造ビューア
- マウス・タッチ操作
X-Y回転 X-Y移動 拡大・縮小 マウス操作 左ボタンドラッグ [Ctrl] + 右ボタンドラッグ 中ボタンドラッグ(縦方向) ・ ホイール回転 タッチ操作 1本指 2本指 ピンチ(つまむ動作) - Jmolメニュー: [Ctrl] + クリック / 右クリック
関連情報:Molmil / 万見 (Yorodumi)
外部リンク:Jmol: an open-source Java viewer for chemical structures in 3D
+Molmil
WebGLを利用した分子構造ビューア
- PCだけでなく、スマートフォンやタブレットでも動作します。(WebGLと呼ばれる仕組みを利用しています)
- マウス・タッチ操作
X-Y回転 X-Y移動 拡大・縮小 マウス操作 左ボタンドラッグ 中ボタンドラッグ / [Shift] + 左ボタンドラッグ 右ボタンドラッグ(縦方向) ・ ホイール回転 タッチ操作 1本指 _ ピンチ(つまむ動作) - 機能メニュー: ビューアースクリーンの左上部ボタン
関連情報:Jmol/JSmol / SurfView / 新しいEM Navigatorと万見の変更点
外部リンク:Documentation of Molmil in PDBj site / Molmil page in GitHub
+SurfView
ブラウザ上で動作するEMDBマップの表面モデルビューア
- PCだけでなく、スマートフォンやタブレットでも動作します。
- WebGLとJavaScript3次元ライブラリを利用しています。
- 単純化とデータサイズ削減のために、表面モデルが改変されている場合があります。完全な解像度の構造はムービーでご覧ください。
- マウス・タッチ操作%table-2%
関連情報:ムービービューア / Molmil / 新しいEM Navigatorと万見の変更点
+3つのデータバンクの比較
万見とOmokageではこれらのデータベスの横断検索が可能です
解析手法 | 主データ | 構造データのフォーマット | 付随データのフォーマット | |
---|---|---|---|---|
PDB | 多種 | 原子モデル | PDBx/mmCIF, etc. | PDBx/mmCIF, etc. |
EMDB | 3DEM | 3次元マップ | CCP4マップ | EMDB XML |
SASBDB | SAS (小角散乱) | SASプロファイル +/- 3次元構造 | PDB + sasCIF | テキスト + sasCIF |
関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / Covid-19情報 / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記 / 実験手法・装置(施設・設備・機器)・ソフトウェアのデータ
+万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記
データベース | パターン | 例 | 備考 |
---|---|---|---|
EMDB | EMDB-**** | EMDB-1001 | 接頭語EMD-は省略 |
PDB | PDB-**** | PDB-1a00 | |
SASBDB | _ | SASDA24 | IDコードはそのまま |
関連情報:3つのデータバンクの比較 / Q: 「EMD」とは何ですか? / 2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更
+EMDB
Electron Microscopy Data Bank、 3DEMのためのデータバンク
URL: https://www.ebi.ac.uk/emdb/
関連情報:3次元電子顕微鏡(3DEM) / PDB / 3つのデータバンクの比較
外部リンク:The Electron Microscopy Data Bank - EBI / EMDataResource
+PDB
+PDBj
日本蛋白質構造データバンク (Protein Data Bank Japan)
URL: http://pdbj.org/
wwPDBのメンバー
関連情報:PDB / PDBML-plusからの情報
外部リンク:プロテインデータバンク研究室 / PDBj@Facebook / PDBj@Twitter
+SASBDB
+gmfit
ガウス混合モデル(Gaussian Mixture Model, GMM)を使った3DEMマップのフィッティングプログラム
- 阪大・蛋白研の川端猛 博士により開発
- Omokage検索から利用
関連情報:Omokage検索 / 2015年12月4日: Omokage検索の論文がオンライン出版されました / gmfitで並べなおし
外部リンク:Pairwise gmfit
+3次元電子顕微鏡(3DEM)
3次元構造を得るための電子顕微鏡解析の総称
- たとえば、単粒子解析、電子線トモグラフィー、電子線結晶学など
試料の「集合状態」 主に使われる手法 単独の構造 (individual structure) 電子線トモグラフィー (electron tomography) 単粒子 (single particle) 単粒子解析 (single particle analysis) 正20面体対称 (icosahedral) 単粒子解析 らせん対称 (helical) らせん対称再構成 (helical reconstruction) / 単粒子解析 2次元結晶 (2D-crystal) 電子線結晶学 (electron diffraction) / フーリエフィルタ (Fourier filtering) - NMRやX線結晶学と比較して、一般的には次のような特徴がある
長所 試料調製のハードルが低い - 低純度・希少な試料、巨大・柔軟・脆弱・不均一な対象にも利用可能 短所(以前) 解像度が低い - 原子レベルの解像度の解析は難しい 短所(近年) 高性能な電子顕微鏡の設置と維持は高額を要し、普及の途上である
関連情報:EMDB / 低温電子顕微鏡(クライオ電顕、cryoEM)
+低温電子顕微鏡(クライオ電顕、cryoEM)
クライオ(低温)条件下の試料が観察可能な電子顕微鏡法、あるはその装置
試料は、4~100K (-269~-170℃)に冷却される。これにより高真空中でも水和状態を保ち、電子線照射によるダメージも軽減される。
関連情報:3次元電子顕微鏡(3DEM) / Q: 3DEMとは、低温電子顕微鏡法(クライオ電顕、cryoEM)のことですか?
+「古いムービー」
この注釈の付いたムービーは、最新のマップデータに対応していない可能性があります。
EMDBのマップデータは、修正されることがあります。EM Navigatorのムービー作成作業は完全自動ではなく、全ての修正への追従はできていません。したがっていくつかのデータエントリについては、ムービーやそれに関するパラメータは古いマップデータを元にしており、新しいマップデータには対応していない場合があります。
関連情報:Q: EM Navigatorのムービーはどうやって作っているのですか?
+糖鎖の表現
PDBにおける糖鎖・炭水化物の情報の表現について
- 2020年7月にPDBでの糖鎖データの表現について、大規模な更新が実施されました。
- 糖鎖の画像はGlycanBuilder2で作成されています。
- その他、詳細は下記のリンクを参照してください。
外部リンク:Implementation of GlycanBuilder to draw a wide variety of ambiguous glycans - ScienceDirect / GlycanBuilder2 - RINGS (Resource For INformatics Of Glycomes at Soka) / Carbohydrate Remediation - wwPDB documentation / 7月29日に糖鎖分子の表現を改善したPDBデータを公開します - PDBjお知らせ
+実験手法・装置(施設・設備・機器)・ソフトウェアのデータ
EMDB・PDB・SABDBから収集した実験情報のデータベース
URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/ysearch.php?&act_tab=met
関連情報:3つのデータバンクの比較 / 万見検索
+機能・相同性情報
関連データベースから収集した分子機能・ドメイン・相同性などの情報
- 万見と万見検索では、構造データの機能の理解や類似構造データの検索に役立つように、分子機能や相同性に関するデータベースの情報を表示・活用しています。
- EMDBのヘッダXML、PDBx/mmcif、sasCIFの公式のデータに含まれるEC、EMBL、GeneBank、GO、InterPro、UniProtなどの情報に加えて、PDBMLplus経由、EMDB-PDBフィッティングデータ経由、UniProt経由で収集された、Pfam、PROSITE、Reactome、UniProtKBなどの情報が整理されています。
カテゴリ データベース名・定義名 分子機能 Gene ontology, Enzyme Commission number, Reactome, etc. ドメイン・相同性 CATH, InterPro, SMART, etc. 構成要素 UniProt, GenBank, PDB chemical component, etc.
関連情報:F&H 検索 / PDBML-plusからの情報 / 万見検索 / 万見 (Yorodumi) / F&H 検索
+gmfitで並べなおし
Omokage検索による類似度順位をgmfitによる相関係数に従って再順位付けすることができます。以下の様な特徴を持つ2つの手法の「いいとこ取り」を目指した機能です。
名称 | 手法 | 速度 | 想定される信頼性 |
---|---|---|---|
Omokage検索 | iDRプロファイル比較 | ++ ミリ秒以下/1比較 | - 1次元のプロファイルを利用 |
gmfit | ガウス混合モデルのフィッティング | + 1秒以下/1比較 | + 3次元空間での比較 |
関連情報:gmfit / Omokage検索
+新しいEM Navigatorと万見の変更点
新しいEM Navigatorと万見の変更点(2016年9月)
- 変更点
- ページ外観や操作性を刷新しました。新しい「万見」と「Omokage検索」と共通化し、PCだけでなくモバイル機器にも対応しました。
- EM Navigatorの個別のデータエントリのページ(旧版の「詳細ページ」)は、新しい「万見」が受け持ちます。「Omokage検索」のフロントエンド・詳細情報表示も兼ねた、EMDB、PDB、SASBDB用の共通の詳細ページです。
- 構造ビューア、ムービービューアは個別のポップアップウインドウに表示されます。PCでは一度に複数のビューアウインドウの表示が可能です。モバイル機器ではタッチ操作にも対応しています。
- 新しい機能
- 3次元構造の閲覧に、分子構造ビューア「Molmil」と、EMDBマップ表面モデルビューア「SurfView」が利用できるようになりました。
- 万見はSASBDBのデータエントリの表示に対応しました。
- その他新しいページ (引用文献のデータベース「万見文献」「EMN文献」、キーワードによる横断検索「万見検索」など)
- 旧版のページも、当面は継続します。
関連情報:EM Navigator / 万見 (Yorodumi) / SurfView / Molmil / ムービービューア / EMN文献 / 万見文献 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見
+PDBML-plusからの情報
PDBMLplusはXML形式のPDBデータフォーマットである「PDBML」のデータに対し、個々の分子に関する情報をPDBjで独自に追加したものです。
関連情報:PDBj / 機能・相同性情報
+万見注釈
万見・EM Navigatorの管理者による注釈
関連情報:Q: この文書を書いているのは誰ですか?EM Navigator、万見、Omokage検索などの開発者は?