2020年3月から、OneDepシステムは、NMR-STARまたはNEF形式の単一ファイルでNMRデータのアップロードの受付けを開始します。現在は、化学シフト、距離制限、およびピークリストのような各種NMR実験データが個別にアップロードされていますが、この状況が変わることになります。 NMR-STARは、NMRのデータを記述する公式なwwPDBのフォーマットであり、広範なディクショナリ [GitHub; Ulrich, E. L. et al. (2019) NMR-STAR: ...

2020年1月1日現在のPDBアーカイブ (wwPDB:ftp://ftp.wwpdb.org、 PDBj:ftp://ftp.pdbj.org)のスナップショットを、スナップショットサイト （wwPDB:ftp://snapshots.wwpdb.org、PDBj:ftp://snapshots.pdbj.org）に追加しました。 2005年1月以来、毎年、スナップショットをアーカイブし、PDBアーカイブに関する研究に役立つデータセットを提供し続けています。 ディレクトリ 20200101は、159 ...

学会名 韓国生体分子科学連合学会 プログラム・日程表 ここから 日程 2020年1月10日（金） 会場 韓国・光州市・光州科学技術院（GIST) 定員 200名 参加費 無料 参加登録 当日整理券を配布します <演者・演題> 講演1: OneDep: Unified System for Deposition, Biocuration, and Validation of Macromolecular Structures 中川敦史 (大阪大学 蛋白質研究所) 講演2: ...

EMDBデータに対する首尾一貫したルールを確認するため、EMDBチームは、アーカイブに対する包括的なポリシーと処理手順に関する文書を作成しました。 この文書は、EMDBウェブサイトから公開されています。 2002年の設立以来、電子顕微鏡データバンク(EMDB; https://emdb-empiar.org/)は、公開アーカイブとして、生体高分子、その複合体、 細胞構造の３次元低温（クライオ）電子顕微鏡（cryo-EM）マップと断層像を保管しています。 2002年に最初の８つのEMDBエントリーが公開 ...

蛋白研セミナー：ケンブリッジ構造データベース(CSD)利用セミナー 日時 2020年1月29日（水）13:00—17:15 場所 大阪大学 蛋白質研究所 本館１階講堂 ※本セミナーは、 2020年1月30日のPDBj・BINDSユニット連携講習会「創薬・生命科学における構造データの利用法」と 協同で蛋白研セミナーとして開催いたします。両日参加ではなく１日だけの参加でもかまいません。 <プログラム> 13:00－13:15 「趣旨説明 & Intro」栗栖 源嗣 (大阪大学 蛋白質研究 ...

蛋白研セミナー：PDBj・BINDSユニット連携講習会「創薬・生命科学における構造データの利用法」のご案内 開催趣旨 タンパク質や化合物の構造データには、創薬や生物学の基礎となる、化合物とタンパク質の相互作用の解析に有効な知見が含まれています。 今回は、BINDSの最適化ユニット(PDBj)、インシリコユニット、ケミカルシーズ・リード探索ユニットが連携して、 こうした構造データを活用した解析法・化合物スクリーニング法について計算機講習・講演を行います。 計算機演習としては、PDBに登録されている化合物- ...

このページでは、PDBjのデータアーカイブ内のファイルについて説明します。 ftpやrsyncによるダウンロード方法についてはダウンロードページをご覧下さい。 また、wwPDBコアアーカイブ（PDB/EMDB)@PDBjについても以下をご覧ください。 データアーカイブ内のファイルについて efsite/data-web/${entryId}.mpbf.gz pdb_versionedwwPDBメンバーサイト間で共通（バージョン化されたPDBデータ） data entries ${id23}/ ...

荘銀タクト鶴岡 にて開催される生命医薬情報学連合大会（IIBMP2018）にてPDBjランチョンセミナーを開催します。 日時 2018年9月20日（木）12:30-13:30 場所 荘銀タクト鶴岡 会議室 (B会場) [会場] 講演者 「PDBj とwwPDB の最近の活動について」栗栖 源嗣（大阪大学蛋白質研究所） “Introduction to PDBj services for searching and exploring the PDB” BEKKER, Gert-Jan （大阪大学蛋白質 ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - SQL文の基本的な書式 - 型宣言（CAST） 条件節（WHERE節）を記す際など、値の比較で両者の型が異なるとエラーになります。数字文字列を整数型を変換するには CAST(文字列 AS int) を用います。

CiCLE: 電子顕微鏡 試料評価講習会のご案内 開催趣旨：近年の低温電子顕微鏡の単粒子解析の進展は著しく、X線結晶解析に迫る分解能の生体高分子像が得られるようになってきています。 高解像度の解析には、試料の調整が非常に重要です。そこで、電顕の初心者の方を対象に、基本的な試料調整・評価の講習会を企画しました。 低温電子顕微鏡の準備段階に必要な、負染色法によるグリッドの作成と小型の透過型電子顕微鏡での試料評価の実習を行います。 日程 2020年1月6日（月）、7日（火）※どちらか１日を選択してくだ ...

PDBjでは、2019年12月3日（火）～6（金）に福岡国際会議場・マリンメッセ福岡で開催される第42回 日本分子生物学会年会に出展し活動の紹介を行います。 【ブース出展】 タイトル 特別企画「使ってみようバイオデータベース－広がるデータ、つながる世界」（BioDBコーナー） 日時 2019年12月3日（火）～5（木）09:30～17:002019年12月6日（金）09:30～12:45 場所 マリンメッセ福岡（〒812-0031 福岡県福岡市博多区沖浜町７−１） JR博多駅からバス約15分 出 ...

＜PDBj ランチョンセミナー＞ 日本結晶学会 令和元年（2019年）度年会および会員総会 にて、PDBjはランチョンセミナーを開催します。 日時 2019年11月19日（火）12:00-13:00 会場（部屋名) 金沢市文化ホール A会場：会議棟３階 大会議室 参加費 無料（別途年会参加費は必要） <演者・演題> - 栗栖 源嗣（大阪大学 蛋白質研究所） "PDBx/mmCIFフォーマットによるPDB登録とデータ検証ポリシーについて" - Gert-Jan Bekker ...

（上の画像をクリックするとPDFが開きます） 2019年11月30日（土）、ららぽーとEXPOCITYにて開催される一般向けイベント「2019大阪大学共創DAY＠EXPOCITY」 https://www.ccb.osaka-u.ac.jp/event/516/ にPDBjもブースを出展します。 日時 2019年11月30日（土）11:00～17:00 場所 ららぽーとEXPOCITY（〒565-0826 大阪府吹田市千里万博公園２−１） 「大阪モノレール万博記念公園駅」下車徒歩約２分 ...

OneDepシステムで提供されるwwPDBの検証レポートに、電子顕微鏡法（EM）のマップの検証機能が追加され、データに間違いがある場合に、利用者が問題を確認しやすくなりました。 新しいOneDepシステムの検証レポートには、これまでEMDBページで使用されてきた様々なEMデータ検証方法を統合し、広範囲なEMマップの検証処理を組み込みました。 このEMの検証レポートは、当初はOneDepシステムへの登録者へのみ提供しますが、将来はPDBとEMDBアーカイブ全体のエントリーに対して提供する予定です。 ...

第9回 トーゴーの日シンポジウム2019にてポスター発表とワークショップを行いました。 場所 日本科学未来館（東京都江東区、アクセス） 日時 2019年10月5日（土） 参加費 無料 ポスター 【32】蛋白質構造データバンク（PDBj）の高度化と統合的運用 タンパク質、核酸、糖鎖などの生体高分子の立体構造情報は Protein Data Bank（PDB）として集積され、2019 年 3 月には 15 万件を超える構造データを公開している。PDBj は、国際的組織である ...

wwPDBは、公開済みのPDBエントリーに紐づくデジタルオブジェクト識別子（DOIs, digital object identifiers）の仕組みを改良しました。 公開されたPDBエントリー各々に対して、wwPDBサイトの新しいランディングページを公開しました。 このページ上では、対応するPDBエントリーについての基本的な情報を表示し、座標や実験データ、検証レポートをwwPDBのFTPサイトからダウンロードするためのリンクを提供しています。 さらに重要なことに、PDB構造について更に発展した情報を参照で ...

2019/9/24（火）、第57回日本生物物理学会年会にて下記の通りランチョンセミナーを開催します。 日時 2019/9/24（火）11:30 ～ 12:20 場所 宮崎県・シーガイアコンベンションセンター 会場：G会場（アイボリー）/ Room G (IVORY) アクセス 参加費 無料（別途年会参加費は必要） 参加方法 事前オンライン予約期間（8月27日10時 ～ 8月29日16時まで）に、年会のウェブサイトからお申込みください（抽選制）。 ※当日の朝08:10頃～10:00まで「 ...

日本バイオインフォマティクス学会 2019年年会・第8回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2019)にて、下記の通りランチョンセミナーを開催します。 日時 2019/9/10（火）12:00 ～ 13:00 会場 東京工業大学 大岡山キャンパス くらまえホール アクセス 参加費 無料。ただし、別に学会への参加登録（有料）が必要です。 参加方法 事前の整理券配布などはありません。直接セミナー会場にお越しください。 講演言語 日本語 演題・演者 - 「PDBjでの分子検索・モデリン ...

蛋白質構造百科事典（eProtS）は現在メンテナンス中です。

第29回 青少年のための科学の祭典（サイエンスフェスタ）大阪大会にブースを出展します。 PDBjの出展は8/18（日）のみです。 予定している主な出展内容は以下の通りです。 - タンパク質についての基礎的な解説 - タンパク質の形を立体視で体感してみる - タンパク質の形を解明する方法についての解説 場所 ハービスホール（大阪市北区、公式サイト、Google Map） 出展日時 2019年8月18日（日）10:00-17:00 参加費 無料

PDBバージョニングシステムにより、公開済みPDBエントリーに対して、同じPDBアクセションコードを保持したまま座標の更新ができるようになりました。 登録者は既存のエントリーについて座標を差し替えできます。 当面はこの機能は、2014年に導入されたOneDepシステムから登録されたPDBエントリーに限定されます。 将来的には、レガシーシステム（ADITやAutodep等）で登録されたエントリーについても拡張する予定です。時期については今後発表する予定です。 登録者はまず、該当のエントリーについて ...

Q) PDBデータの公開・更新はいつ行われますか？ RCSB PDB、PDBe、PDBjのPDBデータは完全に同じでしょうか？ 更新タイミングは異なるのでしょうか？ A) 世界協定時（UTC）の毎週水曜日午前０時（＝日本時間の毎週水曜日午前９時）、wwPDBの各拠点で同時に更新しています。 wwPDBの各拠点で公開しているPDBデータは全く同じです。 トップページ左上に表示されている現在のPDBエントリー総数からリンクされているPDB/EMDB最新情報ページで、新しく公開されたエントリー・更新された ...

Q) PDBのXML文書に対するXML Schemaはどこにありますか？ A) PDBML、PDBMLaddに対するXML Schemaは下記をご覧ください。 - PDBML - PDBMLadd [質問一覧に戻る]

Q) PDBjのデータ・画像等を引用したいのですが、問題ないでしょうか？ また使用条件等あれば、教えてください。 A) PDBjサイトで提供している各コンテンツは、原則として CC 表示 4.0 国際（クレジット（ライセンス種別と著作権者）を明記するだけで利用できる）の条件下でご利用いただけます。 詳細は利用規約をご覧ください。 [質問一覧に戻る]

2017年10月4日、wwPDBは、登録者が、既に公開された自身のエントリーの座標を改訂する場合に、 PDBアクセションコードを変更せずに更新できるバージョニングシステムを導入した、 新しいPDBアーカイブを公開しました。 この新しいアーカイブは、モデル構造ファイルを、PDBx/mmCIFフォーマットとPDBMLフォーマットで公開しています。 wwPDBは、PDBバージョニングについて、以下の方針で管理します。 - 原子座標やポリマー鎖、リガンドの化学的な同定に変更がある場合、メジャーバージョンの数字 ...