PDBの新しい辞書（BIRD）が、2012年12月にFTPサイトで公開されます。 wwPDBは、PDBアーカイブ中の、ペプチド様の抗生物質や阻害剤分子の表現について再検討し、こういった生物学的に興味ある分子(biologically interesting molecules)の定義に役立つ、新しい辞書(BIRD)を構築しました。 BIRD ( B iologically I nteresting molecule R eference D ictionary)には、化学的な説明や配列及び結合情報 ...

2012年10月13日（土）に行われました wwPDB Outreach講演会の 講演内容 を掲載しています。ご興味のある方は是非ご覧ください。

wwPDB/RDF公開のお知らせ これまでPDBj のサービスとして提供して来たRDF（Resource Description Framework）形式のデータをwwPDB のサービスとして提供します。これに伴い、RDFデータ内でこれまで pdbj.org ドメインであったURL が rdf.wwpdb.org ドメインに代わります。 例： - http://pdbj.org/rdf/1GOF → http://rdf.wwpdb.org/pdb/1GOF - http://pdbj.org/ ...

2012年9月23日（日）に行われました第50回日本生物物理学会年会におけるランチョンセミナーの 発表内容 を掲載しています。ご興味のある方は是非ご覧ください。

ftp / rsyncの URL を以下の通り変更しました。但し従来のURLも当面はご利用になれます。 - pdb.protein.osaka-u.ac.jp → ftp.pdbj.org - snapshots.pdbj.org → snapshots.pdbj.org ftp コマンドにより、PDBjの匿名 FTP サーバへ接続できます。 ftp ftp.pdbj.org FTP を使用して、様々な PDB データ、又はEMDB データを取得するURLは下記の通りです。 PDBアーカ ...

[化学シフト] 2010年12月6日より、NMRによって解析された構造を登録する際には、化学シフトの登録が必須となっています。 登録時には、 NMR-STAR v3.1形式の化学シフトファイルと座標ファイル内の原子の命名法が矛盾していないかが検証されます。 登録前に化学シフトを事前チェックするためには、PDBj-BMRBの検証サービスをご利用頂けます。 http://bmrb.pdbj.org/validate/ 公開済みの化学シフトファイルは、PDB IDの中間の2文字でグループ分けされ、 ...

[NMR距離制限情報] 2008年2月1日より、NMRによって解析された構造を登録する際には、NMR制限情報の登録が必須となっています。 （バージョン１） データ形式に制限はなく、登録者が計算機で使用したそのままの形式で提供されています。 （Discover, Emboss, CYANA, X-PLORの出力フィル形式が推奨されています） 登録者のNMR距離制限情報の上部にPDBヘッダの一部、下部にPDBの水素原子座標を加えた形で公開されます。 （バージョン２） NMR-STAR 3.1のフ ...

[構造因子] mmCIFフォーマットで表現された構造因子データ 2008年2月1日より、Ｘ線結晶解析による構造を登録する際には、構造因子ファイルの登録が必須となっています。 各項目の説明と例は、RCSB PDBのmmCIFディクショナリを参照して下さい。 http://mmcif.pdb.org/dictionaries/mmcif_pdbx.dic/Categories/refln.html (英語)

2012年8月9日（木）に行われましたバイオインフォマティクス講習会における 発表内容 を掲載しています。ご興味のある方は是非ご覧ください。

ASHをご利用の皆さまへ、 2024年2月より、ゲノムインフォマティクス研究室（Daron Standley研究室）では当サービスの提供を停止しています。主な理由は、セキュリティとデータ更新の作業を行うIT技術者の不足です。ASHウェブサービスを提供できるITリソースがあり、その上でサービス提供することに関心をお持ちの方がいらっしゃいましたらDaron（standley@biken.osaka-u.ac.jp）までご連絡ください。話し合いを歓迎します。 以上、よろしくお願いいたします。 ...

SeSAWをご利用の皆さまへ、 2024年2月より、ゲノムインフォマティクス研究室（Daron Standley研究室）では当サービスの提供を停止しています。主な理由は、セキュリティとデータ更新の作業を行うIT技術者の不足です。SeSAWウェブサービスを提供できるITリソースがあり、その上でサービス提供することに関心をお持ちの方がいらっしゃいましたらDaron（standley@biken.osaka-u.ac.jp）までご連絡ください。話し合いを歓迎します。 以上、よろしくお願いいたします ...

Spannerをご利用の皆さまへ、 2024年2月より、ゲノムインフォマティクス研究室（Daron Standley研究室）では当サービスの提供を停止しています。主な理由は、セキュリティとデータ更新の作業を行うIT技術者の不足です。Spannerウェブサービスを提供できるITリソースがあり、その上でサービス提供することに関心をお持ちの方がいらっしゃいましたらDaron（standley@biken.osaka-u.ac.jp）までご連絡ください。話し合いを歓迎します。 以上、よろしくお願いい ...

SFASをご利用の皆さまへ、 2024年2月より、ゲノムインフォマティクス研究室（Daron Standley研究室）では当サービスの提供を停止しています。主な理由は、セキュリティとデータ更新の作業を行うIT技術者の不足です。SFASウェブサービスを提供できるITリソースがあり、その上でサービス提供することに関心をお持ちの方がいらっしゃいましたらDaron（standley@biken.osaka-u.ac.jp）までご連絡ください。話し合いを歓迎します。 以上、よろしくお願いいたします。 ...

MAFFTashをご利用の皆さまへ、 2024年2月より、ゲノムインフォマティクス研究室（Daron Standley研究室）では当サービスの提供を停止しています。主な理由は、セキュリティとデータ更新の作業を行うIT技術者の不足です。MAFFTashウェブサービスを提供できるITリソースがあり、その上でサービス提供することに関心をお持ちの方がいらっしゃいましたらDaron（standley@biken.osaka-u.ac.jp）までご連絡ください。話し合いを歓迎します。 以上、よろしくお願 ...

DASHをご利用の皆さまへ、 2024年2月より、ゲノムインフォマティクス研究室（Daron Standley研究室）では当サービスの提供を停止しています。主な理由は、セキュリティとデータ更新の作業を行うIT技術者の不足です。DASHウェブサービスを提供できるITリソースがあり、その上でサービス提供することに関心をお持ちの方がいらっしゃいましたらDaron（standley@biken.osaka-u.ac.jp）までご連絡ください。話し合いを歓迎します。 以上、よろしくお願いいたします。 ...

構造ゲノミクス（Structural Genomics、SG）は、ある特定のゲノムに情報が含まれているタンパク質の立体構造を全て決定することを目指す一分野です。 広義では、個々の構造にとどまらず、 配列相同性を利用したタンパク質構造モデルによる、 代表的なタンパク質構造の組み合わせの解明も含まれます。 タンパク質分子の立体構造を明らかにすることは、 そのタンパク質が持つ生物学的な働きや化学的機能を解明する助けとなります。 構造ゲノミクスの取り組みは国際的に行われており、 現在の進捗状況は ターゲットDB で ...

[目次] - 目次 - URL - CRNPREDとは？ - CRNPREDサーバーの利用方法 - CRNPREDからのメールが届かない時 - CRNPREDからのメールが届かない時 - CRNPREDの一次構造予測の方法 - CRNPREDはどのぐらい正確なのか？ - ローカル環境へのCRNPREDインストール - 参考文献 - CRNPREDへのRESTインターフェイス - CGIパラメータ クエリの送信 結果の取り出し - CGIパラメータ - クエリの送信 - 結果の取り出し [URL] ...

代表配列（Sequence representative）は、 Structure Navigator において 全ての構造組み合わせについてあらかじめ計算した BLAST スコアから作られたものです。 あるしきい値よりも大きい組み合わせ （配列類似度 Sequence identity が 30％ より大きく、かつE値が 0.1 より大きい組み合わせ） については関連づけ（リンク）が設定されます。 その関連づけられた組み合わせはまず、 単一結合クラスタリングを使ってグループ化します。 次に、その集まりを以 ...

NERはアミノ酸残基の一致数（Number of Equivalent Residues）のことを示し、 タンパク質構造の類似度を評価する指標の１つとして使われています。 NER構造類似度はNERスコアを最大にする回転と変換に相当します。 NERは1から残基数までの範囲の値をとります。

RMSDは平均二乗偏差（Root Mean Square Deviation）のことで、タンパク質構造の非類似性や誤りの指標としてよく使われています。 RMSDは対応する２点の距離それぞれを二乗し、その相加平均の平方根として定義されます（標準偏差(SD)は各値と 平均との差 の二乗を相加平均し平方根をとったもの）。 RMSD = √｛（Σ x^2）／n｝ SD = √［｛Σ（x - xm）^2｝／n］ x:各値 n:値の数 xm:相加平均

バイオインフォマティクスにおいて、アライメントは２つの分子の構成要素がどれだけ似ているかの度合いをさします。タンパク質ではアミノ酸、DNAまたはRNAでは核酸がその構成要素にあたります。 タンパク質のアライメントでは、２種類の基本的なアライメントがよく使われます。 １つは配列アライメントで、アミノ酸配列だけを比較するものです。 もう１つは構造アライメントで、立体構造を比較するものです。 両者を組み合わせた方法や、二次構造、溶媒などの他の情報と組み合わせた方法もあります。

構造の重ね合わせ（structural superposition）とは、他の構造との類似度合いをみるために、分子を回転したり移動したりすることを指します。 元々の定義は構造の類似度合いを指標化したもので、 最適な重ね合わせとはこの類似度合いの尺度を最大化するものです。 構造の重ね合わせの代わりに、二乗平均偏差（ RMSD ）のような別の尺度で重ね合わせを定義することもできます。 この場合、最適な重ね合わせはRMSDを最小化したものになります。 ASH プログラムは、 NER スコアによる前者の方針を使った ...

PDB IDは重複しない４文字のコードで、タンパク質データバンクの各エントリーに割り振られます。最初の文字は必ず1から9までの数字で、残りの３文字はアルファベットまたは数字が使われます。

BLASTは基本的な類似配列検索ツール（Basic Alignment Search Tool）で、 速度と信頼性の高さから類似配列検索に非常に広く用いられているプログラムです。 BLASTの類似配列検索の精度は期待値またはE値で評価されます。 スコアを用いた配列検索のE値は「スコアが、偶然データベースから見つかると期待できるS値以上となる配列の件数」として定義されます。 出展： NCBIのBLAST用語辞典

MAFFTash URL: http://pdbj.org/mafftash/ ※この文書は、MAFFTashに関する文書 1, 2 に基づいて作成しました。 - 概要 - 使い方 - 使っている手法 - 立体構造比較 配列比較 - 立体構造比較 - 配列比較 - Prep-MAFFTash - MAFFTash の出力結果 - 参照文献 [概要] MAFFTash は配列と構造を組み合わせて複合配列比較（multiple sequence alignment）の計算を行うサービスを提供します ...