＜PDBj ランチョンセミナー＞ 日本結晶学会 令和元年（2019年）度年会および会員総会 にて、PDBjはランチョンセミナーを開催します。 日時 2019年11月19日（火）12:00-13:00 会場（部屋名) 金沢市文化ホール A会場：会議棟３階 大会議室 参加費 無料（別途年会参加費は必要） <演者・演題> - 栗栖 源嗣（大阪大学 蛋白質研究所） "PDBx/mmCIFフォーマットによるPDB登録とデータ検証ポリシーについて" - Gert-Jan Bekker ...

（上の画像をクリックするとPDFが開きます） 2019年11月30日（土）、ららぽーとEXPOCITYにて開催される一般向けイベント「2019大阪大学共創DAY＠EXPOCITY」 https://www.ccb.osaka-u.ac.jp/event/516/ にPDBjもブースを出展します。 日時 2019年11月30日（土）11:00～17:00 場所 ららぽーとEXPOCITY（〒565-0826 大阪府吹田市千里万博公園２−１） 「大阪モノレール万博記念公園駅」下車徒歩約２分 ...

OneDepシステムで提供されるwwPDBの検証レポートに、電子顕微鏡法（EM）のマップの検証機能が追加され、データに間違いがある場合に、利用者が問題を確認しやすくなりました。 新しいOneDepシステムの検証レポートには、これまでEMDBページで使用されてきた様々なEMデータ検証方法を統合し、広範囲なEMマップの検証処理を組み込みました。 このEMの検証レポートは、当初はOneDepシステムへの登録者へのみ提供しますが、将来はPDBとEMDBアーカイブ全体のエントリーに対して提供する予定です。 ...

第9回 トーゴーの日シンポジウム2019にてポスター発表とワークショップを行いました。 場所 日本科学未来館（東京都江東区、アクセス） 日時 2019年10月5日（土） 参加費 無料 ポスター 【32】蛋白質構造データバンク（PDBj）の高度化と統合的運用 タンパク質、核酸、糖鎖などの生体高分子の立体構造情報は Protein Data Bank（PDB）として集積され、2019 年 3 月には 15 万件を超える構造データを公開している。PDBj は、国際的組織である ...

wwPDBは、公開済みのPDBエントリーに紐づくデジタルオブジェクト識別子（DOIs, digital object identifiers）の仕組みを改良しました。 公開されたPDBエントリー各々に対して、wwPDBサイトの新しいランディングページを公開しました。 このページ上では、対応するPDBエントリーについての基本的な情報を表示し、座標や実験データ、検証レポートをwwPDBのFTPサイトからダウンロードするためのリンクを提供しています。 さらに重要なことに、PDB構造について更に発展した情報を参照で ...

2019/9/24（火）、第57回日本生物物理学会年会にて下記の通りランチョンセミナーを開催します。 日時 2019/9/24（火）11:30 ～ 12:20 場所 宮崎県・シーガイアコンベンションセンター 会場：G会場（アイボリー）/ Room G (IVORY) アクセス 参加費 無料（別途年会参加費は必要） 参加方法 事前オンライン予約期間（8月27日10時 ～ 8月29日16時まで）に、年会のウェブサイトからお申込みください（抽選制）。 ※当日の朝08:10頃～10:00まで「 ...

日本バイオインフォマティクス学会 2019年年会・第8回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2019)にて、下記の通りランチョンセミナーを開催します。 日時 2019/9/10（火）12:00 ～ 13:00 会場 東京工業大学 大岡山キャンパス くらまえホール アクセス 参加費 無料。ただし、別に学会への参加登録（有料）が必要です。 参加方法 事前の整理券配布などはありません。直接セミナー会場にお越しください。 講演言語 日本語 演題・演者 - 「PDBjでの分子検索・モデリン ...

蛋白質構造百科事典（eProtS）は現在メンテナンス中です。

第29回 青少年のための科学の祭典（サイエンスフェスタ）大阪大会にブースを出展します。 PDBjの出展は8/18（日）のみです。 予定している主な出展内容は以下の通りです。 - タンパク質についての基礎的な解説 - タンパク質の形を立体視で体感してみる - タンパク質の形を解明する方法についての解説 場所 ハービスホール（大阪市北区、公式サイト、Google Map） 出展日時 2019年8月18日（日）10:00-17:00 参加費 無料

PDBバージョニングシステムにより、公開済みPDBエントリーに対して、同じPDBアクセションコードを保持したまま座標の更新ができるようになりました。 登録者は既存のエントリーについて座標を差し替えできます。 当面はこの機能は、2014年に導入されたOneDepシステムから登録されたPDBエントリーに限定されます。 将来的には、レガシーシステム（ADITやAutodep等）で登録されたエントリーについても拡張する予定です。時期については今後発表する予定です。 登録者はまず、該当のエントリーについて ...

Q) PDBデータの公開・更新はいつ行われますか？ RCSB PDB、PDBe、PDBjのPDBデータは完全に同じでしょうか？ 更新タイミングは異なるのでしょうか？ A) 世界協定時（UTC）の毎週水曜日午前０時（＝日本時間の毎週水曜日午前９時）、wwPDBの各拠点で同時に更新しています。 wwPDBの各拠点で公開しているPDBデータは全く同じです。 トップページ左上に表示されている現在のPDBエントリー総数からリンクされているPDB/EMDB最新情報ページで、新しく公開されたエントリー・更新された ...

Q) PDBのXML文書に対するXML Schemaはどこにありますか？ A) PDBML、PDBMLaddに対するXML Schemaは下記をご覧ください。 - PDBML - PDBMLadd [質問一覧に戻る]

Q) PDBjのデータ・画像等を引用したいのですが、問題ないでしょうか？ また使用条件等あれば、教えてください。 A) PDBjサイトで提供している各コンテンツは、原則として CC 表示 4.0 国際（クレジット（ライセンス種別と著作権者）を明記するだけで利用できる）の条件下でご利用いただけます。 詳細は利用規約をご覧ください。 [質問一覧に戻る]

2017年10月4日、wwPDBは、登録者が、既に公開された自身のエントリーの座標を改訂する場合に、 PDBアクセションコードを変更せずに更新できるバージョニングシステムを導入した、 新しいPDBアーカイブを公開しました。 この新しいアーカイブは、モデル構造ファイルを、PDBx/mmCIFフォーマットとPDBMLフォーマットで公開しています。 wwPDBは、PDBバージョニングについて、以下の方針で管理します。 - 原子座標やポリマー鎖、リガンドの化学的な同定に変更がある場合、メジャーバージョンの数字 ...

本日2019年7月1日より、結晶構造解析法によるPDBへの登録において、PDBx/mmCIFフォーマットファイルの登録が必須になりました。 X線、中性子、ファイバー、電子線回折法を含む、高分子の結晶構造解析によるPDB構造の登録に対して、OneDepでは、PDBx/mmCIFフォーマットのみが受け付けられます。 旧来のPDBフォーマットと比べて、PDBx/mmCIFフォーマットの登録では、登録過程が効率化され、またPDBx/mmCIFでサポートされる、実験的メタデータを広範囲に収集できるため、構造の ...

2019/6/26（水）、第19回日本蛋白質科学会年会にて下記の通りランチョンセミナーを開催します。 日時 2019/6/26（水）12:55-13:45 場所 神戸国際会議場（兵庫県神戸市中央区港島中町６丁目９−１）アクセス・Google Map E会場（5F 501） 参加費 無料（別途年会参加費は必要） 参加方法 セミナーへのご参加自体については、学会に参加されていれば特に追加の手続きはありません。 開始時間前になりましたら直接会場にお越しください。 入場は先着順です。満席となりまし ...

このツールを使って、PDBx/mmCIFやmmJSONフォーマットのファイルを、PDBjのMine PDBエクスプローラーサービス上でPDBx/mmCIFファイルが表示されるように、ツリー構造で表示できます。 PDBx/mmCIFに加えてSTARフォーマットのファイルでも動作します。 ファイルを選択し、ファイル種別（STARフォーマットの場合はPDBx/mmCIF、mmJSONフォーマットの場合はPDBx/mmJSON）を選択した後、「Load」ボタンをクリックしてください。 ファイルはサーバにはア ...

CIFフォーマットのマップ係数ファイルは、以下のいずれかの方法でMTZフォーマットへ変換できます。 - CCP4 まずcif2mtzを使ってcifファイルをMTZファイルへ変換し、 mtzutilsを使って、２つのMTZファイルを統合します。 以下の簡単なスクリプトを使えばこの手続きが行えます。生成されたMTZファイルは、Cootの"Auto Open MTZ"オプションで開くことができます。 #!/usr/bin/env sh FILE1=$1 FILE2=$2 OUTPUT_ ...

注目するリガンド（Ligand Of Interest = LOI）は、登録者の研究課題となるものです。検証レポートでは、登録の際に登録者が選択したLOI情報を使用しています。 LOIは、PDBx/mmCIF辞書のカテゴリpdbx_entity_instance_featureに定義されています。 最新情報は、wwPDBサイト原文 （英語）もご覧ください。 [質問一覧に戻る]

PDBML は下記文献で最初に紹介された PDBデータの正式なXML形式のフォーマットの一つで PDBx/mmCIF フォーマットをXML形式に変換したものです。 PDBML: the representation of archival macromolecular structure data in XML. Westbrook J, Ito N, Nakamura H, Henrick K, Berman HM. Bioinformatics, 2005, 21(7):988-992. ...

PDBML-extatom ファイルには原子座標情報が簡略化された形式で格納されています。 データ構成規則について記したスキーマファイルを下記アドレスから参照できます。 - http://pdbj.org/schema/pdbx-v50.xsd 正式なPDBMLファイル（allatomファイル）では、原子座標情報は以下のように表記されています。 例：atom_site 要素

PDBML-noatom ファイルは PDBML ファイルから原子座標情報（atom_siteCategory要素）だけを取り除いたものです。 データ構成規則について記したスキーマファイルを下記アドレスから参照できます。 - http://pdbj.org/schema/pdbx-v50.xsd 以下のページに別形式のPDBMLについて記しています。合わせてご覧下さい。 - PDBML - PDBML-extatom

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - PDBエントリー4uv7の鎖ID（auth_asym_id、lable_asym_id）、エンティティID、エンティティ名、鎖の種別（高分子かどうか）を得る 検索はこちら WITH t1 AS (SELECT DISTINCT e1.pdbid, e1.id entity_id, e1.pdbx_description chain_name, e1.type FROM entity e1 WHERE e1.pdbid='4uv7') ...

- 検索サービス - PDBj Mine - SQL検索 - エンティティ（鎖）の名称に「phospholipase C」を含む構造のPDBIDと鎖ID（auth_asym_id、label_asym_id）、エンティティID、エンティティ名を得る 検索はこちら WITH t1 AS (SELECT DISTINCT e1.pdbid, e1.id entity_id, e1.pdbx_description chain_name FROM entity e1 WHERE e1.pdbx_ ...

リガンド検証の２次元平面図及びリガンドとその周辺の電子密度マップを表す画像は、 登録者が「Ligand of Interest（注目するリガンド）」として選択したリガンドに対しては評価結果に関わらず表示され、また、 分子量が250ダルトンより大きいリガンドに対しては、構造化学的に標準値から外れた値を持つリガンドに対してのみ表示されます。 最新情報は、wwPDBサイト原文 （英語）もご覧ください。 [質問一覧に戻る]