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2V0R	crystal structure of a hairpin exchange variant (LTx) of the targeting LINE-1 retrotransposon endonuclease 分子名称: LTX, SULFATE ION 著者 Repanas, K, Zingler, N, Layer, L.E, Schumann, G.G, Perrakis, A, Weichenrieder, O. 登録日 2007-05-17 公開日 2007-07-17 最終更新日 2023-12-13 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.3 Å) 主引用文献 Determinants for DNA Target Structure Selectivity of the Human Line-1 Retrotransposon Endonuclease Nucleic Acids Res., 35, 2007
3G2D	Complex of Mth0212 and a 4 bp dsDNA with 3'-overhang 分子名称: 5'-D(*CP*CP*TP*GP*UP*GP*CP*GP*AP*T)-3', 5'-D(*CP*GP*CP*G*CP*AP*GP*GP*C)-3', Exodeoxyribonuclease, ... 著者 Lakomek, K, Dickmanns, A, Ficner, R. 登録日 2009-01-31 公開日 2010-03-09 最終更新日 2023-11-01 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.3 Å) 主引用文献 Crystal Structure Analysis of DNA Uridine Endonuclease Mth212 Bound to DNA J.Mol.Biol., 399, 2010
1DNK	THE X-RAY STRUCTURE OF THE DNASE I-D(GGTATACC)2 COMPLEX AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION 分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose, DNA (5'-D(*GP*GP*TP*AP*TP*AP*C)-3'), DNA (5'-D(*GP*GP*TP*AP*TP*AP*CP*C)-3'), ... 著者 Weston, S.A, Lahm, A, Suck, D. 登録日 1992-08-10 公開日 1994-01-31 最終更新日 2020-07-29 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.3 Å) 主引用文献 X-ray structure of the DNase I-d(GGTATACC)2 complex at 2.3 A resolution. J.Mol.Biol., 226, 1992
5WN1	APE1 exonuclease product complex 分子名称: CALCIUM ION, CHLORIDE ION, DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*G)-3'), ... 著者 Freudenthal, B.D, Whitaker, A.M. 登録日 2017-07-31 公開日 2018-02-28 最終更新日 2023-10-04 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.3 Å) 主引用文献 Molecular snapshots of APE1 proofreading mismatches and removing DNA damage. Nat Commun, 9, 2018
3G2C	Mth0212 in complex with a short ssDNA (CGTA) 分子名称: 5'-D(P*CP*GP*TP*A)-3', Exodeoxyribonuclease, GLYCEROL, ... 著者 Lakomek, K, Dickmanns, A, Ficner, R. 登録日 2009-01-31 公開日 2010-03-09 最終更新日 2023-11-01 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.3 Å) 主引用文献 Crystal Structure Analysis of DNA Uridine Endonuclease Mth212 Bound to DNA J.Mol.Biol., 399, 2010
6BOS	Human APE1 substrate complex with an A/C mismatch adjacent the THF 分子名称: 21-mer DNA, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase 著者 Freudenthal, B.D, Whitaker, A.M, Fairlamb, M.S. 登録日 2017-11-20 公開日 2018-08-15 最終更新日 2023-10-04 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.304 Å) 主引用文献 Apurinic/apyrimidinic (AP) endonuclease 1 processing of AP sites with 5' mismatches. Acta Crystallogr D Struct Biol, 74, 2018
4GEW	Crystal structure of TDP2 from C. elegans 分子名称: 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase, GLYCEROL 著者 Shi, K, Kurahashi, K, Aihara, H. 登録日 2012-08-02 公開日 2012-10-31 最終更新日 2024-02-28 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.35 Å) 主引用文献 Structural basis for recognition of 5'-phosphotyrosine adducts by Tdp2. Nat.Struct.Mol.Biol., 19, 2012
5TVQ	Mouse Tdp2 catalytic domain bound to SUMO2 分子名称: ACETATE ION, CALCIUM ION, Small ubiquitin-related modifier 2, ... 著者 Schellenberg, M.J, Williams, R.S. 登録日 2016-11-09 公開日 2017-09-27 最終更新日 2023-10-04 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.35 Å) 主引用文献 ZATT (ZNF451)-mediated resolution of topoisomerase 2 DNA-protein cross-links. Science, 357, 2017
4K6L	Structure of Typhoid Toxin 分子名称: Cytolethal distending toxin subunit B homolog, GLYCEROL, Putative pertussis-like toxin subunit 著者 Gao, X, Song, J, Galan, J. 登録日 2013-04-16 公開日 2013-07-17 最終更新日 2023-09-20 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.393 Å) 主引用文献 Structure and function of the Salmonella Typhi chimaeric A(2)B(5) typhoid toxin. Nature, 499, 2013
4IEM	Human apurinic/apyrimidinic endonuclease (APE1) with product DNA and Mg2+ 分子名称: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*GP*GP*TP*AP*GP*C)-3'), DNA (5'-D(*GP*CP*TP*AP*C)-3'), DNA (5'-D(P*(3DR)P*GP*AP*TP*CP*G)-3'), ... 著者 Tsutakawa, S.E, Mol, C.D, Arvai, A.S, Tainer, J.A. 登録日 2012-12-13 公開日 2013-01-23 最終更新日 2024-02-28 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.3936 Å) 主引用文献 Conserved Structural Chemistry for Incision Activity in Structurally Non-homologous Apurinic/Apyrimidinic Endonuclease APE1 and Endonuclease IV DNA Repair Enzymes. J.Biol.Chem., 288, 2013
5TVP	SUMO2 bound to Mouse Tdp2 catalytic domain with a 5'-phosphorylated DNA ternary complex 分子名称: 1,2-ETHANEDIOL, CHLORIDE ION, DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*G)-3'), ... 著者 Schellenberg, M.J, Williams, R.S. 登録日 2016-11-09 公開日 2017-10-11 最終更新日 2023-10-04 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.399 Å) 主引用文献 ZATT (ZNF451)-mediated resolution of topoisomerase 2 DNA-protein cross-links. Science, 357, 2017
3G8V	The rationally designed catalytically inactive mutant Mth0212(D151N) 分子名称: Exodeoxyribonuclease, GLYCEROL, TETRAETHYLENE GLYCOL 著者 Lakomek, K, Dickmanns, A, Ficner, R. 登録日 2009-02-12 公開日 2010-03-09 最終更新日 2023-11-01 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.4 Å) 主引用文献 Crystal Structure Analysis of DNA Uridine Endonuclease Mth212 Bound to DNA J.Mol.Biol., 399, 2010
6W3U	APE1 exonuclease substrate complex R237C 分子名称: 1,2-ETHANEDIOL, CALCIUM ION, CHLORIDE ION, ... 著者 Freudenthal, B.D, Whitaker, A.M. 登録日 2020-03-09 公開日 2020-06-10 最終更新日 2023-10-18 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.4 Å) 主引用文献 Molecular and structural characterization of disease-associated APE1 polymorphisms. DNA Repair (Amst.), 91-92, 2020
3NGN	Crystal structure of the human CNOT6L nuclease domain in complex with AMP 分子名称: ADENOSINE MONOPHOSPHATE, CCR4-NOT transcription complex subunit 6-like 著者 Wang, H, Morita, M, Yang, W, Bartlam, M, Yamamoto, T, Rao, Z. 登録日 2010-06-12 公開日 2010-07-28 最終更新日 2024-03-20 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.4 Å) 主引用文献 Crystal structure of the human CNOT6L nuclease domain reveals strict poly(A) substrate specificity. Embo J., 2010
5INM	Mouse Tdp2 protein, apo state with variable DNA-binding grasp conformations 分子名称: GLYCEROL, MAGNESIUM ION, SULFATE ION, ... 著者 Schellenberg, M.J, Williams, R.S. 登録日 2016-03-07 公開日 2016-04-27 最終更新日 2023-09-27 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.4 Å) 主引用文献 Reversal of DNA damage induced Topoisomerase 2 DNA-protein crosslinks by Tdp2. Nucleic Acids Res., 44, 2016
2UYR	Crystal structure of Bacillus cereus sphingomyelinase mutant :N57A 分子名称: MAGNESIUM ION, SPHINGOMYELINASE C 著者 Oda, M, Tsuge, H, Sakurai, J. 登録日 2007-04-12 公開日 2008-05-27 最終更新日 2023-12-13 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.4 Å) 主引用文献 Crystal Structure of Bacillus Cereus Sphingomyelinase Mutant : N57A To be Published
3G0R	Complex of Mth0212 and an 8bp dsDNA with distorted ends 分子名称: 5'-D(*CP*CP*CP*TP*GP*UP*GP*CP*AP*GP*C)-3', 5'-D(*GP*CP*TP*GP*CP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*CP*G)-3', Exodeoxyribonuclease, ... 著者 Lakomek, K, Dickmanns, A, Ficner, R. 登録日 2009-01-28 公開日 2010-03-09 最終更新日 2023-11-01 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.4 Å) 主引用文献 Crystal Structure Analysis of DNA Uridine Endonuclease Mth212 Bound to DNA J.Mol.Biol., 399, 2010
2F2F	Crystal structure of cytolethal distending toxin (CDT) from Actinobacillus actinomycetemcomitans 分子名称: Cytolethal distending toxin A, Cytolethal distending toxin B, cytolethal distending toxin C 著者 Yamada, T, Komoto, J, Saiki, K, Konishi, K, Takusagawa, F. 登録日 2005-11-16 公開日 2006-03-28 最終更新日 2023-08-23 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.4 Å) 主引用文献 Variation of loop sequence alters stability of cytolethal distending toxin (CDT): crystal structure of CDT from Actinobacillus actinomycetemcomitans Protein Sci., 15, 2006
6BT2	Structure of the human Nocturnin catalytic domain with bound sulfate anion 分子名称: MAGNESIUM ION, Nocturnin, SULFATE ION 著者 Abshire, E.T, Chasseur, J, Del Rizzo, P, Trievel, R. 登録日 2017-12-04 公開日 2018-05-16 最終更新日 2024-04-03 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.411 Å) 主引用文献 The structure of human Nocturnin reveals a conserved ribonuclease domain that represses target transcript translation and abundance in cells. Nucleic Acids Res., 46, 2018
2J63	Crystal structure of AP endonuclease LMAP from Leishmania major 分子名称: AP-ENDONUCLEASE 著者 Vidal, A.E, Harkiolaki, M, Gallego, C, Castillo-Acosta, V.M, Ruiz-Perez, L.M, Wilson, K.S, Gonzalez-Pacanowska, D. 登録日 2006-09-25 公開日 2007-08-28 最終更新日 2023-12-13 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.48 Å) 主引用文献 Crystal Structure and DNA Repair Activities of the Ap Endonuclease from Leishmania Major. J.Mol.Biol., 373, 2007
6W3Q	APE1 exonuclease substrate complex L104R 分子名称: CALCIUM ION, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase, GCTGATGCG(C7R), ... 著者 Freudenthal, B.D, Whitaker, A.M. 登録日 2020-03-09 公開日 2020-06-10 最終更新日 2023-10-18 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.49 Å) 主引用文献 Molecular and structural characterization of disease-associated APE1 polymorphisms. DNA Repair (Amst.), 91-92, 2020
2D1K	Ternary complex of the WH2 domain of mim with actin-dnase I 分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE, Actin, alpha skeletal muscle, ... 著者 Chereau, D, Kerff, F, Dominguez, R. 登録日 2005-08-26 公開日 2006-09-12 最終更新日 2023-10-25 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.5 Å) 主引用文献 Structural basis for the actin-binding function of missing-in-metastasis Structure, 15, 2007
4F1I	Crystal structure of SeMet TDP2 from Caenorhabditis elegans 分子名称: 5'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase, GLYCEROL 著者 Shi, K, Kurahashi, K, Aihara, H. 登録日 2012-05-07 公開日 2012-10-31 最終更新日 2017-11-15 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.5 Å) 主引用文献 Structural basis for recognition of 5'-phosphotyrosine adducts by Tdp2. Nat.Struct.Mol.Biol., 19, 2012
3G6S	Crystal structure of the endonuclease/exonuclease/phosphatase (BVU_0621) from Bacteroides vulgatus. Northeast Structural Genomics Consortium Target BvR56D 分子名称: Putative endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein 著者 Forouhar, F, Lew, S, Seetharaman, J, Xiao, R, Sahdev, S, Foote, E.L, Ciccosanti, C, Wang, D, Everett, J.K, Nair, R, Acton, T.B, Rost, B, Montelione, G.T, Hunt, J.F, Tong, L, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) 登録日 2009-02-08 公開日 2009-02-17 最終更新日 2018-01-24 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.5 Å) 主引用文献 Crystal structure of the endonuclease/exonuclease/phosphatase (BVU_0621) from Bacteroides vulgatus. To be Published
3G3Y	Mth0212 in complex with ssDNA in space group P32 分子名称: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*(UPS)P*TP*AP*CP*G)-3', Exodeoxyribonuclease, GLYCEROL, ... 著者 Lakomek, K, Dickmanns, A, Ficner, R. 登録日 2009-02-03 公開日 2010-03-09 最終更新日 2023-11-01 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.5 Å) 主引用文献 Crystal Structure Analysis of DNA Uridine Endonuclease Mth212 Bound to DNA J.Mol.Biol., 399, 2010

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