PDB: 45817 件ウェブページステータス検索Chemie searchBIRD

---

1DIZ	CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI 3-METHYLADENINE DNA GLYCOSYLASE (ALKA) COMPLEXED WITH DNA 分子名称: 3-METHYLADENINE DNA GLYCOSYLASE II, DNA (5'-D(*GP*AP*CP*AP*TP*GP*AP*(NRI)P*TP*GP*CP*CP*T)-3'), DNA (5'-D(*GP*GP*CP*AP*AP*TP*CP*AP*TP*GP*TP*CP*A)-3'), ... 著者 Hollis, T, Ichikawa, Y, Ellenberger, T.E. 登録日 1999-11-30 公開日 2000-03-20 最終更新日 2024-02-07 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.5 Å) 主引用文献 DNA bending and a flip-out mechanism for base excision by the helix-hairpin-helix DNA glycosylase, Escherichia coli AlkA. EMBO J., 19, 2000
6MC3	Crystal structure of a tetrameric DNA fold-back quadruplex 分子名称: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*GP*AP*GP*GP*CP*G)-3'), MAGNESIUM ION 著者 Chu, B, Paukstelis, P.J. 登録日 2018-08-30 公開日 2018-11-14 最終更新日 2024-03-13 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.57 Å) 主引用文献 Crystal Structure of a Tetrameric DNA Fold-Back Quadruplex. J. Am. Chem. Soc., 140, 2018
6MC2	Crystal structure of a tetrameric DNA fold-back quadruplex 分子名称: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*AP*GP*GP*CP*G)-3'), MAGNESIUM ION 著者 Chu, B, Paukstelis, P.J. 登録日 2018-08-30 公開日 2018-11-14 最終更新日 2024-03-13 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.05 Å) 主引用文献 Crystal Structure of a Tetrameric DNA Fold-Back Quadruplex. J. Am. Chem. Soc., 140, 2018
5V3J	mouseZFP568-ZnF1-10 in complex with DNA 分子名称: 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL, DNA (26-MER), MAGNESIUM ION, ... 著者 Patel, A, Cheng, X. 登録日 2017-03-07 公開日 2018-03-07 最終更新日 2024-03-06 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.064 Å) 主引用文献 DNA Conformation Induces Adaptable Binding by Tandem Zinc Finger Proteins. Cell, 173, 2018
6AEQ	Crystal structure of the ssDNA-binding domain of DnaT from Salmonella enterica Serovar Typhimurium LT2 分子名称: Primosomal protein 1 著者 Huang, Y.H, Huang, C.Y. 登録日 2018-08-06 公開日 2019-03-20 最終更新日 2023-11-22 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.2518084 Å) 主引用文献 Crystal structure of the C-terminal domain of the primosomal DnaT protein: Insights into a new oligomerization mechanism. Biochem. Biophys. Res. Commun., 511, 2019
1G1N	NICKED DECAMER DNA WITH PEG6 TETHER, NMR, 30 STRUCTURES 分子名称: 5'-D(*GP*TP*CP*GP*C)-3', 5'-D(P*GP*CP*GP*AP*CP*AP*AP*CP*GP*C)-3', 5'-D(P*GP*CP*GP*TP*T)-3', ... 著者 Bocian, W, Kozerski, L, Mazurek, A.P, Kawecki, R. 登録日 2000-10-13 公開日 2001-03-14 最終更新日 2024-05-22 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 A nicked duplex decamer DNA with a PEG(6) tether. Nucleic Acids Res., 29, 2001
8A2Q	Structure of the DNA-bound FANCD2-FANCI complex containing phosphomimetic FANCI 分子名称: DNA (29-MER), FANCD2, Fanconi anemia complementation group I 著者 Passmore, L.A, Sijacki, T, Alcon, P. 登録日 2022-06-06 公開日 2022-09-07 最終更新日 2024-07-24 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (3.53 Å) 主引用文献 The DNA-damage kinase ATR activates the FANCD2-FANCI clamp by priming it for ubiquitination. Nat.Struct.Mol.Biol., 29, 2022
1IPP	HOMING ENDONUCLEASE/DNA COMPLEX 分子名称: CADMIUM ION, DNA (5'-D(*TP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*TP*CP*A)-3'), INTRON-ENCODED ENDONUCLEASE I-PPOI, ... 著者 Flick, K.E, Jurica, M.S, Monnat Jr, R.J, Stoddard, B.L. 登録日 1998-03-19 公開日 1998-09-02 最終更新日 2024-02-07 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.2 Å) 主引用文献 DNA binding and cleavage by the nuclear intron-encoded homing endonuclease I-PpoI. Nature, 394, 1998
4GJU	5-Methylcytosine modified DNA oligomer 分子名称: 5-Methylcytosine modified DNA oligomer, MAGNESIUM ION 著者 Spingler, B, Renciuk, D, Vorlickova, M. 登録日 2012-08-10 公開日 2013-08-28 最終更新日 2023-09-13 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.412 Å) 主引用文献 Crystal structures of B-DNA dodecamer containing the epigenetic modifications 5-hydroxymethylcytosine or 5-methylcytosine. Nucleic Acids Res., 41, 2013
4GSI	DNA Holliday junction stabilized by fluorine halogen bond. F2J construct of related reference. 分子名称: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*TP*AP*CP*CP*GP*G)-3'), DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*(UFP)P*CP*GP*G)-3') 著者 Ho, P.S, Carter, M. 登録日 2012-08-27 公開日 2013-07-31 最終更新日 2023-09-13 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.38 Å) 主引用文献 Enthalpy-entropy compensation in biomolecular halogen bonds measured in DNA junctions. Biochemistry, 52, 2013
3GDE	The closed conformation of ATP-dependent DNA ligase from Archaeoglobus fulgidus 分子名称: DNA ligase, PHOSPHATE ION 著者 Kim, D.J, Kim, H.-W, Kim, O, Kim, H.S, Lee, S.J, Suh, S.W. 登録日 2009-02-24 公開日 2009-12-15 最終更新日 2023-11-01 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.3 Å) 主引用文献 ATP-dependent DNA ligase from Archaeoglobus fulgidus displays a tightly closed conformation Acta Crystallogr.,Sect.F, 65, 2009
4GSG	DNA Holliday junction stabilized by chlorine halogen bond. Cl1J construct of related reference. 分子名称: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*TP*AP*CP*CP*GP*G)-3'), DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*(UCL)P*CP*GP*G)-3') 著者 Ho, P.S, Carter, M. 登録日 2012-08-27 公開日 2013-07-31 最終更新日 2023-09-13 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2 Å) 主引用文献 Enthalpy-entropy compensation in biomolecular halogen bonds measured in DNA junctions. Biochemistry, 52, 2013
6ZT5	Complex between a homodimer of Mycobacterium smegmatis MfpA and a single copy of the N-terminal 47 kDa fragment of the Mycobacterium smegmatis DNA Gyrase B subunit 分子名称: DNA gyrase subunit B, Pentapeptide repeat protein MfpA, SULFATE ION 著者 Feng, L, Mundy, J.E.A, Stevenson, C.E.M, Mitchenall, L.A, Lawson, D.M, Mi, K, Maxwell, A. 登録日 2020-07-17 公開日 2021-03-03 最終更新日 2024-01-31 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.2 Å) 主引用文献 The pentapeptide-repeat protein, MfpA, interacts with mycobacterial DNA gyrase as a DNA T-segment mimic. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 118, 2021
4GLG	DNA dodecamer containing 5-methyl cytosine 分子名称: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*(5CM)P*GP*CP*G)-3') 著者 Spingler, B, Renciuk, D, Vorlickova, M. 登録日 2012-08-14 公開日 2013-08-28 最終更新日 2023-09-13 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.72 Å) 主引用文献 Crystal structures of B-DNA dodecamer containing the epigenetic modifications 5-hydroxymethylcytosine or 5-methylcytosine. Nucleic Acids Res., 41, 2013
4GLC	DNA dodecamer containing 5-hydroxymethyl-cytosine 分子名称: DNA (5'-D(*CP*GP*(5HC)P*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3') 著者 Spingler, B, Renciuk, D, Vorlickova, M. 登録日 2012-08-14 公開日 2013-08-28 最終更新日 2023-09-13 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.831 Å) 主引用文献 Crystal structures of B-DNA dodecamer containing the epigenetic modifications 5-hydroxymethylcytosine or 5-methylcytosine. Nucleic Acids Res., 41, 2013
5ZB2	Crystal structure of Rad7 and Elc1 complex in yeast 分子名称: 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL, 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39,42,45,48,51,54,57-nonadecaoxanonapentacontane-1,59-diol, 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL, ... 著者 Jiang, T, Liu, L, Huo, Y. 登録日 2018-02-09 公開日 2019-02-27 最終更新日 2024-03-27 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.30000544 Å) 主引用文献 Crystal structure of the yeast Rad7-Elc1 complex and assembly of the Rad7-Rad16-Elc1-Cul3 complex. DNA Repair (Amst.), 77, 2019
6A5N	Crystal structure of Arabidopsis thaliana SUVH6 in complex with methylated DNA 分子名称: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*GP*AP*GP*TP*AP*CP*T)-3'), DNA (5'-D(*GP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*(5CM)P*AP*GP*CP*AP*GP*T)-3'), Histone-lysine N-methyltransferase, ... 著者 Li, X, Du, J. 登録日 2018-06-24 公開日 2018-08-29 最終更新日 2023-11-22 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.4 Å) 主引用文献 Mechanistic insights into plant SUVH family H3K9 methyltransferases and their binding to context-biased non-CG DNA methylation. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 115, 2018
1JAJ	Solution Structure of DNA Polymerase X from the African Swine Fever Virus 分子名称: DNA POLYMERASE BETA-LIKE PROTEIN 著者 Maciejewski, M.W, Shin, R, Pan, B, Mullen, G.P. 登録日 2001-05-30 公開日 2001-10-31 最終更新日 2024-05-01 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 Solution structure of a viral DNA repair polymerase. Nat.Struct.Biol., 8, 2001
4HLI	DNA dodecamer containing 5-hydroxymethyl-cytosine 分子名称: DNA (5'-D(*CP*GP*(5HC)P*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'), MAGNESIUM ION, POTASSIUM ION 著者 Spingler, B, Renciuk, D, Vorlickova, M. 登録日 2012-10-17 公開日 2013-09-04 最終更新日 2023-09-20 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.99 Å) 主引用文献 Crystal structures of B-DNA dodecamer containing the epigenetic modifications 5-hydroxymethylcytosine or 5-methylcytosine. Nucleic Acids Res., 41, 2013
4GLH	DNA dodecamer containing 5-hydroxymethyl cytosine 分子名称: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*(5HC)P*GP*CP*G)-3'), POTASSIUM ION 著者 Spingler, B, Renciuk, D, Vorlickova, M. 登録日 2012-08-14 公開日 2013-08-28 最終更新日 2023-09-13 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.662 Å) 主引用文献 Crystal structures of B-DNA dodecamer containing the epigenetic modifications 5-hydroxymethylcytosine or 5-methylcytosine. Nucleic Acids Res., 41, 2013
5Y7Q	Crystal structure of paFAN1 bound to 2nt 5'flap DNA with gap 分子名称: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*A)-3'), DNA (5'-D(P*GP*AP*AP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*CP*CP*CP*AP*AP*CP*TP*T)-3'), DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*GP*GP*GP*AP*TP*TP*G)-3'), ... 著者 Jin, H, Cho, Y. 登録日 2017-08-17 公開日 2018-03-14 最終更新日 2023-11-22 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.7 Å) 主引用文献 Structural mechanism of DNA interstrand cross-link unhooking by the bacterial FAN1 nuclease. J. Biol. Chem., 293, 2018
6FWS	Structure of DinG in complex with ssDNA and ADPBeF 分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE, ATP-dependent DNA helicase DinG, BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION, ... 著者 Cheng, K, Wigley, D. 登録日 2018-03-07 公開日 2018-12-19 最終更新日 2024-05-08 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.5 Å) 主引用文献 DNA translocation mechanism of an XPD family helicase. Elife, 7, 2018
5Z6W	Crystal structure of paFAN1 bound to 2nt 5'flap DNA with gap with Manganese 分子名称: DNA (5'-D(P*AP*TP*TP*CP*AP*A)-3'), DNA (5'-D(P*GP*AP*AP*TP*GP*TP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*CP*CP*CP*AP*AP*CP*TP*T)-3'), DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*GP*GP*GP*AP*TP*TP*G)-3'), ... 著者 Jin, H, Cho, Y. 登録日 2018-01-25 公開日 2018-03-14 最終更新日 2023-11-22 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.2 Å) 主引用文献 Structural mechanism of DNA interstrand cross-link unhooking by the bacterial FAN1 nuclease. J. Biol. Chem., 293, 2018
7E4E	NMR solution structures of DNA minidumbbell containing a N1-methyladenine 分子名称: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*(MA7)P*TP*TP*TP*A)-3'), SODIUM ION 著者 Wan, L, Guo, P, Lam, S.L. 登録日 2021-02-11 公開日 2021-04-07 最終更新日 2024-05-01 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 Effects of Adenine Methylation on the Structure and Thermodynamic Stability of a DNA Minidumbbell. Int J Mol Sci, 22, 2021
6FWR	Structure of DinG in complex with ssDNA 分子名称: ATP-dependent DNA helicase DinG, DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'), IRON/SULFUR CLUSTER 著者 Cheng, K, Wigley, D.B. 登録日 2018-03-07 公開日 2018-12-19 最終更新日 2024-05-08 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.5 Å) 主引用文献 DNA translocation mechanism of an XPD family helicase. Elife, 7, 2018

<22232425262728293031323334353637>