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5B81	Solution NMR structure of a 16-mer DNA duplex containing quadruple GC mismatches showing staggered base pairing, and consequent rescue of canonical double helical characteristics 分子名称: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*C)-3'), DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*GP*CP*TP*AP*CP*GP*CP*G)-3') 著者 De, M, Chatterjee, S. 登録日 2016-06-11 公開日 2016-06-29 最終更新日 2024-05-01 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 Solution NMR structure of a 16-mer DNA duplex containing quadruple GC mismatches showing staggered base pairing, and consequent rescue of canonical double helical characteristics To Be Published
7B71	Single modified phosphoryl guanidine DNA duplex, Sp diastereomer 分子名称: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*GP*CP*CP*GP*CP*TP*G)-3'), DNA (5'-D(*CP*AP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*(SGT)P*G)-3') 著者 Lomzov, A.A, Shernuykov, A.V, Apukhtina, V.S, Pyshnyi, D.V. 登録日 2020-12-09 公開日 2021-01-13 最終更新日 2024-05-22 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 Single modified phosphoryl guanidine DNA duplex, Sp diastereomer To Be Published
7VP1	Structure of a transcription factor and DNA complex 分子名称: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*CP*CP*CP*CP*C)-3'), DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*GP*AP*CP*CP*AP*CP*A)-3'), Transcription factor TCP10 著者 Zhang, Y, Xu, Y.P, Wang, B, Su, X.D. 登録日 2021-10-15 公開日 2022-10-19 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.902 Å) 主引用文献 Structural basis for DNA recognition by TCP transcription factors To Be Published
7VP3	Structure of a transcription factor and DNA complex 分子名称: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*CP*CP*CP*C)-3'), DNA (5'-D(*TP*GP*GP*GP*GP*AP*CP*CP*CP*AP*C)-3'), Transcription factor TCP15 著者 Zhang, Y, Xu, Y.P, Wang, B, Su, X.D. 登録日 2021-10-15 公開日 2022-10-19 最終更新日 2023-11-29 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.003 Å) 主引用文献 Structural basis for DNA recognition by TCP transcription factors To Be Published
3ULD	High resolution structure of DNA/RNA hybrid in complex with RNase H catalytic domain D132N mutant 分子名称: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*TP*CP*(PGN))-3'), MAGNESIUM ION, RNA (5'-R(*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3'), ... 著者 Gan, J.H, Abdur, R, Huang, Z. 登録日 2011-11-10 公開日 2012-11-14 最終更新日 2023-09-13 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.6 Å) 主引用文献 RNA/DNA hybrid in complex with RNase H catalytic domain mutant D132N To be Published
3UKB	(R)-cEt-BNA decamer structure 分子名称: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*(RCE)P*AP*CP*GP*C)-3') 著者 Pallan, P.S, Egli, M. 登録日 2011-11-09 公開日 2012-06-20 最終更新日 2023-09-13 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.42 Å) 主引用文献 Structure and nuclease resistance of 2',4'-constrained 2'-O-methoxyethyl (cMOE) and 2'-O-ethyl (cEt) modified DNAs. Chem.Commun.(Camb.), 48, 2012
1VPK	Crystal structure of DNA polymerase III, beta subunit (TM0262) from Thermotoga maritima at 2.00 A resolution 分子名称: DNA polymerase III, beta subunit 著者 Joint Center for Structural Genomics (JCSG) 登録日 2004-11-09 公開日 2004-11-23 最終更新日 2023-09-20 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2 Å) 主引用文献 Crystal structure of DNA polymerase III, beta subunit (TM0262) from Thermotoga maritima at 2.00 A resolution To be published
2M2E	Solution NMR structure of the SANT domain of human DNAJC2, Northeast structural genomics consortium target HR8254a 分子名称: DnaJ homolog subfamily C member 2 著者 Lemak, A, Yee, A, Houliston, S, Garcia, M, Ong, M, Montelione, G.T, Arrowsmith, C, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG), Structural Genomics Consortium (SGC) 登録日 2012-12-18 公開日 2013-02-20 最終更新日 2024-05-15 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 NMR solution structure of the SANT domain of human DnaJC2. To be Published
5CKK	Crystal structure of 9DB1* deoxyribozyme 分子名称: DNA (44-MER), MAGNESIUM ION, RNA (5'-R(P*GP*CP*AP*CP*UP*AP*GP*AP*UP*CP*GP*GP*AP*UP*G)-3') 著者 Ponce-Salvatierra, A, Hoebartner, C, Pena, V. 登録日 2015-07-15 公開日 2016-01-13 最終更新日 2024-01-10 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.801 Å) 主引用文献 Crystal structure of a DNA catalyst. Nature, 529, 2016
8CS0	Crystal structure of alien DNA CTSZZPBSBSZPPBAG in a host-guest complex with the N-terminal fragment of Moloney murine leukemia virus reverse transcriptase 分子名称: DNA (5'-D(*CP*TP*(JSP)P*(1W5)P*(1W5)P*(1WA)P*(IGU)P*(JSP))-3'), DNA (5'-D(P*(IGU)P*(JSP)P*(1W5)P*(1WA)P*(1WA)P*(IGU)P*AP*G)-3'), reverse transcriptase 著者 Georgiadis, M.M. 登録日 2022-05-12 公開日 2023-05-17 最終更新日 2023-10-25 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.65 Å) 主引用文献 Alien DNA visualized at high resolution in A- and B-forms To Be Published
2VA8	DNA Repair Helicase Hel308 分子名称: SKI2-TYPE HELICASE, SULFATE ION 著者 Johnson, K.A, Richards, J, Liu, H, McMahon, S, Oke, M, Carter, L, Naismith, J.H, White, M.F. 登録日 2007-08-30 公開日 2008-01-15 最終更新日 2024-05-01 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.3 Å) 主引用文献 Structure of the DNA Repair Helicase Hel308 Reveals DNA Binding and Autoinhibitory Domains. J.Biol.Chem., 283, 2008
5ZTJ	Crystal Structure of GyraseA C-Terminal Domain from Salmonella typhi at 2.4A Resolution 分子名称: DNA gyrase subunit A 著者 Sachdeva, E, Gupta, D, Tiwari, P, Kaur, G, Sharma, S, Singh, T.P, Ethayathulla, A.S, Kaur, P. 登録日 2018-05-03 公開日 2019-05-15 最終更新日 2023-11-22 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.4 Å) 主引用文献 The pivot point arginines identified in the beta-pinwheel structure of C-terminal domain from Salmonella Typhi DNA Gyrase A subunit. Sci Rep, 10, 2020
6A28	Crystal structure of PprA W183R mutant form 2 分子名称: DNA repair protein PprA, SULFATE ION 著者 Adachi, M, Shibazaki, C, Shimizu, R, Arai, S, Satoh, K, Narumi, I, Kuroki, R. 登録日 2018-06-09 公開日 2018-12-26 最終更新日 2023-11-22 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.193 Å) 主引用文献 Extended structure of pleiotropic DNA repair-promoting protein PprA from Deinococcus radiodurans. FASEB J., 33, 2019
1VT8	Crystal structure of D(GGGCGCCC)-hexagonal form 分子名称: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*C)-3') 著者 Shakked, Z, Guerstein-Guzikevich, G, Eisenstein, M, Frolow, F, Rabinovich, D. 登録日 1996-12-02 公開日 2011-07-13 最終更新日 2023-12-27 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.9 Å) 主引用文献 The conformation of the DNA double helix in the crystal is dependent on its environment. Nature, 342, 1989
1NG9	E.coli MutS R697A: an ATPase-asymmetry mutant 分子名称: 5'-D(*AP*GP*CP*TP*GP*CP*CP*AP*GP*GP*CP*AP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*T)-3', 5'-D(*AP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*GP*CP*TP*GP*AP*CP*AP*CP*TP*GP*GP*TP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*CP*AP*GP*CP*T)-3', ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE, ... 著者 Lamers, M.H, Winterwerp, H.H.K, Sixma, T.K. 登録日 2002-12-17 公開日 2003-02-11 最終更新日 2023-08-16 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.6 Å) 主引用文献 The alternating ATPase domains of MutS control DNA mismatch repair Embo J., 22, 2003
4QFQ	Crystal structure of natvie Npu DnaE split intein 分子名称: DNA polymerase III, alpha subunit, Nucleic acid binding, ... 著者 Lee, Y.Z, Kuo, J.H, Sue, S.C. 登録日 2014-05-21 公開日 2015-05-27 最終更新日 2023-11-08 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.035 Å) 主引用文献 Crystal structure of natvie Npu DnaE split intein TO BE PUBLISHED
2V1U	STRUCTURE OF THE AEROPYRUM PERNIX ORC1 PROTEIN IN COMPLEX WITH DNA 分子名称: 5'-D(*AP*CP*CP*CP*CP*TP*CP*CP*GP*TP *TP*TP*CP*CP*TP*GP*TP*GP*GP*AP*GP*A)-3', 5'-D(*TP*CP*TP*CP*CP*AP*CP*AP*GP*GP *AP*AP*AP*CP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*GP*T)-3', ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE, ... 著者 Gaudier, M, Schuwirth, B.S, Westcott, S.L, Wigley, D.B. 登録日 2007-05-30 公開日 2007-09-18 最終更新日 2024-05-08 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.1 Å) 主引用文献 Structural Basis of DNA Replication Origin Recognition by an Orc Protein. Science, 317, 2007
1XF2	Structure of Fab DNA-1 complexed with dT3 分子名称: 5'-D(*TP*TP*T)-3', SULFATE ION, antibody heavy chain Fab, ... 著者 Schuermann, J.P, Prewitt, S.P, Deutscher, S.L, Tanner, J.J. 登録日 2004-09-13 公開日 2005-04-12 最終更新日 2023-08-23 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.3 Å) 主引用文献 Evidence for Structural Plasticity of Heavy Chain Complementarity-determining Region 3 in Antibody-ssDNA Recognition J.Mol.Biol., 347, 2005
1B22	RAD51 (N-TERMINAL DOMAIN) 分子名称: DNA REPAIR PROTEIN RAD51 著者 Aihara, H, Ito, Y, Kurumizaka, H, Yokoyama, S, Shibata, T, RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) 登録日 1998-12-04 公開日 1999-12-03 最終更新日 2023-12-27 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 The N-terminal domain of the human Rad51 protein binds DNA: structure and a DNA binding surface as revealed by NMR. J.Mol.Biol., 290, 1999
251D	SINGLE CRYSTAL AND MOLECULAR STRUCTURE OF D(CTCGAG) 分子名称: DNA (5'-D(*CP*TP*CP*GP*AP*G)-3') 著者 Wahl, M.C, Rao, S.T, Sundaralingam, M. 登録日 1996-03-01 公開日 1996-06-27 最終更新日 2024-02-14 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.9 Å) 主引用文献 Crystal structure of the B-DNA hexamer d(CTCGAG): model for an A-to-B transition. Biophys.J., 70, 1996
6ABO	human XRCC4 and IFFO1 complex 分子名称: DNA repair protein XRCC4, GLYCEROL, Intermediate filament family orphan 1, ... 著者 Li, J, Liu, L, Liang, H, Liu, Y, Xu, D. 登録日 2018-07-23 公開日 2019-07-31 最終更新日 2023-11-22 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.65 Å) 主引用文献 The nucleoskeleton protein IFFO1 immobilizes broken DNA and suppresses chromosome translocation during tumorigenesis. Nat.Cell Biol., 21, 2019
1XF3	Structure of ligand-free Fab DNA-1 in space group P65 分子名称: Fab Light chain, Fab heavy chain 著者 Schuermann, J.P, Prewitt, S.P, Deutscher, S.L, Tanner, J.J. 登録日 2004-09-13 公開日 2005-04-12 最終更新日 2023-08-23 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.3 Å) 主引用文献 Evidence for Structural Plasticity of Heavy Chain Complementarity-determining Region 3 in Antibody-ssDNA Recognition J.Mol.Biol., 347, 2005
7KWL	Deoxyuridine in DNA Structure: Solution Structure of [d(CGUGAATTCGCG)]2 分子名称: DNA (5'-D(*(DCZ)P*GP*UP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3') 著者 Meints, G.A, Ljunggren, K.D. 登録日 2020-12-01 公開日 2021-12-15 最終更新日 2024-05-15 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 Single Base Lesions and Mismatches Alter the Backbone Dynamics and Conformational Properties in DNA To Be Published
5J05	DIY G-Quadruplexes: Solution structure of d(GGGTTTGGGTTTTGGGAGGG) in sodium 分子名称: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*G)-3') 著者 Dvorkin, S.A, Karsisiotis, A.I, Webba da Silva, M. 登録日 2016-03-27 公開日 2017-04-05 最終更新日 2024-05-15 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 Encoding canonical DNA quadruplex structure. Sci Adv, 4, 2018
1XF4	Structure of ligand-free Fab DNA-1 in space group P321 solved from crystals with perfect hemihedral twinning 分子名称: Fab heavy chain, Fab light chain, SULFATE ION 著者 Schuermann, J.P, Prewitt, S.P, Deutscher, S.L, Tanner, J.J. 登録日 2004-09-13 公開日 2005-04-12 最終更新日 2023-08-23 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.5 Å) 主引用文献 Evidence for Structural Plasticity of Heavy Chain Complementarity-determining Region 3 in Antibody-ssDNA Recognition J.Mol.Biol., 347, 2005

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