PDB: 45953 件ウェブページステータス検索Chemie searchBIRD

---

3Q8S	Human DNA polymerase iota incorporating dTTP opposite 8-oxo-guanine 分子名称: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*(8OG)P*GP*GP*GP*TP*CP*CP*T)-3'), DNA (5'-D(P*AP*GP*GP*AP*CP*CP*C)-3'), DNA polymerase iota, ... 著者 Kirouac, K.N, Ling, H. 登録日 2011-01-06 公開日 2011-02-23 最終更新日 2024-02-21 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.09 Å) 主引用文献 Human DNA polymerase iota incorporating dTTP opposite 8-oxo-guanine To be Published
2DL6	Solution structure of the first BRK domain from human chromodomain-helicase-DNA-binding protein 8 分子名称: Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 8 著者 Suetake, T, Nagashima, T, Hayashi, F, Yokoyama, S, RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) 登録日 2006-04-17 公開日 2006-10-17 最終更新日 2024-05-29 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 Solution structure of the first BRK domain from human chromodomain-helicase-DNA-binding protein 8 To be Published
7STW	Structure of DPSL (DNA Protection in Starved Cells - Like) from Pyrococcus furiosus 分子名称: DNA protection during starvation protein, FE (III) ION, ZINC ION 著者 Gauvin, C.C, Waghwani, H.K, Douglas, T, Lawrence, C.M. 登録日 2021-11-15 公開日 2021-12-01 最終更新日 2024-06-05 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (2.37 Å) 主引用文献 Structure of DPSL (DNA Protection in Starved Cells - Like) from Pyrococcus furiosus To be published
8DK2	CryoEM structure of Pseudomonas aeruginosa PA14 JetABC in an unclamped state trapped in ATP dependent dimeric form 分子名称: DNA (26-MER), JetA, JetB, ... 著者 Deep, A, Gu, Y, Gao, Y, Ego, K, Herzik, M, Zhou, H, Corbett, K. 登録日 2022-07-01 公開日 2022-10-05 最終更新日 2024-06-12 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (4.1 Å) 主引用文献 The SMC-family Wadjet complex protects bacteria from plasmid transformation by recognition and cleavage of closed-circular DNA. Mol.Cell, 82, 2022
3WDG	Staphylococcus aureus UDG / UGI complex 分子名称: Uncharacterized protein, Uracil-DNA glycosylase 著者 Wang, H.C, Ko, T.P, Wang, A.H.J. 登録日 2013-06-18 公開日 2014-02-05 最終更新日 2023-11-08 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.2 Å) 主引用文献 Staphylococcus aureus protein SAUGI acts as a uracil-DNA glycosylase inhibitor. Nucleic Acids Res., 42, 2013
3SR2	Crystal Structure of Human XLF-XRCC4 Complex 分子名称: DNA repair protein XRCC4, Non-homologous end-joining factor 1 著者 Hammel, M, Classen, S, Tainer, J.A. 登録日 2011-07-06 公開日 2011-07-20 最終更新日 2023-09-13 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (3.9708 Å) 主引用文献 XRCC4 Protein Interactions with XRCC4-like Factor (XLF) Create an Extended Grooved Scaffold for DNA Ligation and Double Strand Break Repair. J.Biol.Chem., 286, 2011
2O5V	Recombination mediator RecF 分子名称: DNA replication and repair protein recF, SULFATE ION 著者 Korolev, S, Koroleva, O. 登録日 2006-12-06 公開日 2007-02-06 最終更新日 2023-12-27 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.61 Å) 主引用文献 Structural conservation of RecF and Rad50: implications for DNA recognition and RecF function. Embo J., 26, 2007
2EPB	Solution structure of chromo domain 2 in Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 6 分子名称: Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 6 著者 Tsuda, K, Muto, Y, Inoue, M, Kigawa, T, Terada, T, Shirouzu, M, Yokoyama, S, RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) 登録日 2007-03-29 公開日 2007-10-02 最終更新日 2024-05-29 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 Solution structure of chromo domain 2 in Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 6 To be Published
2KNL	Structure of the trimethylene N2-dG:N2-dG interstrand cross-link in the 5'-GpC-3' sequence context 分子名称: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*A)-3'), PROPANE 著者 Huang, H, Dooley, P.A, Harris, C.M, Harris, T.M, Stone, M.P. 登録日 2009-08-26 公開日 2009-09-29 最終更新日 2024-05-22 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 Differential base stacking interactions induced by trimethylene interstrand DNA cross-links in the 5'-CpG-3' and 5'-GpC-3' sequence contexts. Chem.Res.Toxicol., 22, 2009
7YHQ	CryoEM structure of Arabidopsis ROS1 in complex with a covalent-linked reaction intermediate at 3.9 Angstroms resolution 分子名称: DNA (40-MER), IRON/SULFUR CLUSTER, Sex-determining region Y protein,DNA glycosylase/AP lyase ROS1 著者 Du, X, Du, J. 登録日 2022-07-14 公開日 2022-11-30 最終更新日 2023-03-08 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (3.9 Å) 主引用文献 Molecular basis of the plant ROS1-mediated active DNA demethylation. Nat.Plants, 9, 2023
2KNK	Structure of the trimethylene N2-dG:N2-dG interstrand cross-link in 5'-CpG-3' sequence context 分子名称: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*T)-3'), PROPANE 著者 Huang, H, Dooley, P.A, Harris, C.M, Harris, T.M, Stone, M.P. 登録日 2009-08-26 公開日 2009-09-29 最終更新日 2024-05-22 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 Differential base stacking interactions induced by trimethylene interstrand DNA cross-links in the 5'-CpG-3' and 5'-GpC-3' sequence contexts. Chem.Res.Toxicol., 22, 2009
5DG0	Human APE1 phosphorothioate substrate complex with Mn2+ 分子名称: 1,2-ETHANEDIOL, CHLORIDE ION, DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*(OMC)P*(48Z)P*CP*GP*AP*CP*GP*GP*AP*TP*CP*C)-3'), ... 著者 Freudenthal, B.D, Wilson, S.H. 登録日 2015-08-27 公開日 2015-10-14 最終更新日 2023-09-27 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.8 Å) 主引用文献 Capturing snapshots of APE1 processing DNA damage. Nat.Struct.Mol.Biol., 22, 2015
2MRZ	Dimeric structure of the Human A-box 分子名称: DNA (5'-D(P*TP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*A)-3') 著者 Garavis, M, Escaja, N, Gabelica, V, Villasante, A, Gonzalez, C. 登録日 2014-07-18 公開日 2015-06-03 最終更新日 2024-05-01 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 Centromeric Alpha-Satellite DNA Adopts Dimeric i-Motif Structures Capped by AT Hoogsteen Base Pairs. Chemistry, 21, 2015
2VE8	Xray structure of FtsK gamma domain (P. aeruginosa) 分子名称: DNA TRANSLOCASE FTSK 著者 Lowe, J, Allen, M.A, Sherratt, D.J. 登録日 2007-10-17 公開日 2008-09-09 最終更新日 2023-12-13 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.4 Å) 主引用文献 Molecular Mechanism of Sequence-Directed DNA Loading and Translocation by Ftsk. Mol.Cell, 31, 2008
6FQ5	Class 1 : canonical nucleosome 分子名称: DNA (147-MER), Histone H2A, Histone H2B, ... 著者 Bilokapic, S, Halic, M. 登録日 2018-02-13 公開日 2018-04-18 最終更新日 2024-05-15 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (3.8 Å) 主引用文献 Structural rearrangements of the histone octamer translocate DNA. Nat Commun, 9, 2018
4DPV	PARVOVIRUS/DNA COMPLEX 分子名称: DNA (5'-D(*AP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*TP*TP*GP*C)-3'), MAGNESIUM ION, PROTEIN (PARVOVIRUS COAT PROTEIN) 著者 Chapman, M.S, Rossmann, M.G. 登録日 1996-02-01 公開日 1997-04-01 最終更新日 2023-04-19 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.9 Å) 主引用文献 Canine parvovirus capsid structure, analyzed at 2.9 A resolution. J.Mol.Biol., 264, 1996
4LIK	Crystal structure of the catalytic subunit of human primase 分子名称: CITRIC ACID, DNA primase small subunit, ZINC ION 著者 Vaithiyalingam, S, Eichman, B.F, Chazin, W.J. 登録日 2013-07-02 公開日 2013-12-11 最終更新日 2024-02-28 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.7 Å) 主引用文献 Insights into Eukaryotic Primer Synthesis from Structures of the p48 Subunit of Human DNA Primase. J.Mol.Biol., 426, 2014
6FQ8	Class 3 : translocated nucleosome 分子名称: DNA (147-MER), Histone H2A, Histone H2B, ... 著者 Bilokapic, S, Halic, M. 登録日 2018-02-13 公開日 2018-04-18 最終更新日 2024-05-15 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (4.8 Å) 主引用文献 Structural rearrangements of the histone octamer translocate DNA. Nat Commun, 9, 2018
6FQ6	Class 2 : distorted nucleosome 分子名称: DNA (147-MER), Histone H2A, Histone H2B, ... 著者 Bilokapic, S, Halic, M. 登録日 2018-02-13 公開日 2018-04-18 最終更新日 2024-05-15 実験手法 ELECTRON MICROSCOPY (4 Å) 主引用文献 Structural rearrangements of the histone octamer translocate DNA. Nat Commun, 9, 2018
2PJR	HELICASE PRODUCT COMPLEX 分子名称: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*C)-3'), DNA (5'-D(*GP*C)-3'), DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*T)-3'), ... 著者 Velankar, S.S, Soultanas, P, Dillingham, M.S, Subramanya, H.S, Wigley, D.B. 登録日 1999-03-12 公開日 1999-04-08 最終更新日 2023-12-27 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.9 Å) 主引用文献 Crystal structures of complexes of PcrA DNA helicase with a DNA substrate indicate an inchworm mechanism. Cell(Cambridge,Mass.), 97, 1999
3ILW	Structure of DNA gyrase subunit A N-terminal domain 分子名称: DNA gyrase subunit A, GLYCEROL 著者 Tretter, E.M, Schoeffler, A.J, Weisfield, S.R, Berger, J.M, TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) 登録日 2009-08-07 公開日 2009-10-06 最終更新日 2023-09-06 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (1.603 Å) 主引用文献 Crystal structure of the DNA gyrase GyrA N-terminal domain from Mycobacterium tuberculosis. Proteins, 78, 2010
2AJQ	Structure of replicative DNA polymerase provides insigts into the mechanisms for processivity, frameshifting and editing 分子名称: DNA Primer, DNA Template, T7 DNA polymerase, ... 著者 Brieba, L, Ellenberger, T. 登録日 2005-08-02 公開日 2006-09-26 最終更新日 2024-02-14 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.6 Å) 主引用文献 Structure of replicative DNA polymerase provides insigts into the mechanisms for processivity, frameshifting and editing To be Published
2R6C	Crystal Form BH2 分子名称: DnaG Primase, Helicase Binding Domain, Replicative helicase 著者 Bailey, S, Eliason, W.K, Steitz, T.A. 登録日 2007-09-05 公開日 2008-06-10 最終更新日 2011-07-13 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (4 Å) 主引用文献 Structure of hexameric DnaB helicase and its complex with a domain of DnaG primase Science, 318, 2007
2R6A	Crystal Form BH1 分子名称: DnaG Primase, Helicase Binding Domain, Replicative helicase, ... 著者 Bailey, S, Eliason, W.K, Steitz, T.A. 登録日 2007-09-05 公開日 2007-11-06 最終更新日 2011-07-13 実験手法 X-RAY DIFFRACTION (2.9 Å) 主引用文献 Structure of hexameric DnaB helicase and its complex with a domain of DnaG primase Science, 318, 2007
2LSM	Solution structure of gpFI C-terminal domain 分子名称: DNA-packaging protein FI 著者 Popovic, A, Wu, B, Edwards, A.M, Davidson, A.R, Maxwell, K.L. 登録日 2012-05-02 公開日 2012-07-25 最終更新日 2024-05-15 実験手法 SOLUTION NMR 主引用文献 Structural and biochemical characterization of phage lambda FI protein (gpFI) reveals a novel mechanism of DNA packaging chaperone activity. J.Biol.Chem., 287, 2012

<233234235236237238239240241242243244245246247248>