2010年12月6日より、PDBへNMR構造解析のエントリーを登録する場合、化学シフトデータの登録も必須になります。（ 詳細... ）

NMRによる構造の登録には、同時に化学シフトの登録が必須事項となりました。（ 詳細... ）

新しいPDBMLplusスキーマ を公開しました。詳細は ヘルプページ をご覧下さい。

PDBで公開済みのエントリー数が、 7万件を超えました 。（ wwPDBニュース... ）

登録者に送付する構造検証レポートをPDF形式で提供します

構造データ編集の一環として、wwPDBメンバーは登録者に対して、分子構造や実験データの確認結果を含む詳細な検証レポートを提供しています。2010年5月17日より、これらの文書はwwPDB編集拠点からPDF形式で提供され、登録者による再検討や登録者間の情報共有が、これまで以上に容易になります。

PDBによる検証レポートでは登録構造の質に関する検証を提供する一方、座標ファイルの秘匿性は確保されます。したがって、論文雑誌の編集者や査読者には論文投稿や査読の一環として、登録者に対してレポートを要求することをお勧めします。PDBによる検証レポートは、国際結晶学連合 (IUCr) の論文に投稿する際の投稿規定で既に要求されています ( Baker et al. (2010) Acta Cryst. F66: 112 参照)。レポートには日付とwwPDB編集拠点のロゴが表示されており、PDB編集拠点に関係なく、本質的に同一の情報が収録されています。検証レポートは、X線, NMR, 電子顕微鏡, 小角散乱に関するValidation Task Forceからの勧告を受けて、また、我々の更なる登録編集手順の開発に伴って継続的に開発・拡張されます。

御質問等は、PDBjの「 お問い合わせ 」または info@wwpdb.org にお寄せ下さい。

NMR距離制限情報ファイル バージョン2が、2010年6月30日から提供されます

2010年6月30日 (水) より、wwPDB FTPアーカイブ ( ftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/, ftp://ftp.wwpdb.org/, ftp://ftp.ebi.ac.uk/ ) に新しいNMR距離制限情報ファイルが追加されます。NMR距離制限情報ファイル バージョン2はNMR-STAR 3.1フォーマットで提供され、現在のwwPDBアーカイブに含まれるNMR座標ファイルと同じ原子命名法で表現されています。登録されたデータを含む、これまでのNMR距離制限情報ファイル (バージョン1) も引き続き提供され、NMRエントリの公開に合わせて更新されます。

NMR距離制限情報ファイル バージョン2は、PDBeとthe Centre for Molecular and Biomolecular Informatics/Institute for Molecules and Materials at the Radboud University Nijmegenの協力の下、BMRBによってwwPDB向けに策定されました。

NMR距離制限情報は、これまでのフォーマット (バージョン1) から解析され、ソフトウェアパッケージWattos　( BMRB and CMBI / IMM ), FormatConverterとNMRStarExport ( PDBe ), CCPNフレームワーク を用いて座標と一致させます。

この複雑なプロセスは、解析や変換過程によってNMR距離制限情報 バージョン2ファイルにおけるわずかなデータの改変や損失の可能性をもたらすかもしれません。PDB座標ファイルとNMR距離制限情報　バージョン1ファイルは基礎的参照データでありつづけます。

NMR距離制限情報 バージョン2ファイルを生成するプロセスについての詳細は、参考1-3をご覧下さい。

wwPDB FTPサーバーの変更

NMR距離制限情報 バージョン2ファイルの最初の公開に伴い、約5625個 (310 MB) の新規ファイルがwwPDB FTPサイトに追加されます。新規PDBエントリのNMR距離制限情報 バージョン2ファイルは、PDBエントリが公開された後に処理されて入手可能となります。新規PDBエントリのNMR距離制限情報 バージョン1ファイルは、引き続き毎週公開されます。

NMR距離制限情報 バージョン1ファイルは、.mrの拡張子を用いて1abc.mr.gz(PDB IDが1abcの場合) と命名されています。NMR距離制限情報 バージョン2ファイルは、1abc_mr.str.gzと命名され、NMR-STAR (3.1) データフォーマットであることを明示します。全てのNMR距離制限情報ファイルはGNU gzipプログラムで圧縮されています。

NMR距離制限情報 バージョン2ファイルは、4文字のPDB IDからとった中間の2文字でグループ分けされた新しいディレクトリに収容されます:
ftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/pub/pdb/data/structures/divided/nmr_restraints_v2/

全てのデータファイルは、単一ディレクトリにシンボリックリンクされます:
ftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/pub/pdb/data/structures/all/nmr_restraints_v2/

NMR距離制限情報 バージョン1ファイルは、現在のディレクトリ構造のまま変更はありません。

御質問等は、PDBjの「 お問い合わせ 」または info@wwpdb.org にお寄せ下さい。

参考

1. JF Doreleijers, A Nederveen, W Vranken, J Lin, AM Bonvin, R Kaptein, JL Markley, and EL Ulrich (2005). BioMagResBank databases DOCR and FRED containing converted and filtered sets of experimental NMR restraints and coordinates from over 500 protein PDB structures. J. Biomol. NMR 32, 1-12.
2. WF Vranken, W Boucher, TJ Stevens, RH Fogh, A Pajon, M Llinas, EL Ulrich, JL Markley, J Ionides, and ED Laue (2005). The CCPN data model for NMR spectroscopy: development of a software pipeline . Proteins 59, 687-696.
3. JF Doreleijers, WF Vranken, C Schulte, J Lin, JR Wedell, CJ Penkett, GW Vuister, G Vriend, JL Markley, and EL Ulrich (2009). The NMR Restraints Grid at BMRB for 5,266 Protein and Nucleic Acid PDB Entries. J Biomol. NMR 45, 389-396.

PDBj Webサーバ および PDBj FTPサーバ （PDBMLplusを含む各種PDBデータファイルのファイルサーバ）を変更しました（PDBj FTPサーバの新IPアドレスは 133.1.158.142 です。Webサーバ、FTPサーバとも通常のホスト名でのアクセスについては特に変更の必要はありません）。

jVの最新版 (jV3.7.1)が公開されました。

PDBj が開発しておりますフリーの分子グラフィックス・ビューア: jVの最新版（jV3.8) がリリースされました。displayatom on/off のコマンド機能が追加され、多様な表示が容易にできるようになっております。どうぞ、 こちら からダウンロードしてお使いください。

PDF形式の構造検証レポートについて

wwwPDBメンバーは、構造データの編集処理の一環として、分子構造データや実験的データの検証結果を含む詳細なレポートを、登録者に提供します。 これらの文書は、どのwwPDB編集拠点からでもPDFファイルとして利用できますので、登録者による再検討や登録者間の情報共有が、これまで以上に容易になります。

PDB検証レポートによって、登録された構造の質の評価が得られる一方で、座標ファイルの秘匿性は確保されますので、 論文雑誌の編集者や査読者は、論文投稿や査読の一環として、登録者に対してレポートを要求して頂くよう、お願い致します。 レポートには日付やwwPDBの編集処理拠点のロゴが記載され、PDB編集拠点に関係なく、本質的に同一の情報が収録されています。 （レポートの例： RCSB PDB | PDBe | PDBj ). 検証レポートは、X線, NMR, 電子顕微鏡, 小角散乱に関するValidation Task Forceからの提案を受けて、 また、wwPDBが登録及び編集手順をさらに開発するに伴って、継続的に発展・改善されます。

PDBによる検証レポートは、国際結晶学連合 (IUCr) の 論文に投稿する際の投稿規定 で既に要求されており、 最近出版された記事（Nature StructuralMolecular Biology） でも説明されています。

御質問等は、PDBjの「 お問い合わせ 」または info@wwpdb.org にお寄せ下さい。