PDBで使用してきた3文字の化合物IDがなくなりましたので、 PDBはOneDepシステムでCCD ID用の5文字の英数字アクセッション・コードの発行を開始しました。 現在の4文字のPDB IDとの混同を避けるため、4文字のコードは使用されません。 従来のPDBフォーマットは制約により新しい5文字のIDコードを表記できませんので、PDBx/mmCIFフォーマットとPDBMLフォーマット のみで提供されます。5文字のCCD IDを含むエントリーには、PDBフォーマットは提供されません。 (過去のニュースもご覧ください)。

また、wwPDBでは、CCD IDのうち、01-99、DRG、INH、LIGを予約済みとしてPDBでは使用しないことにしました。 これらの予約コードは、構造決定時に新しいリガンドに使用することで、登録時に新しいリガンドとして識別し、 バイオキュレーションをする際にCCDに新しいコードで追加することができます。

wwPDBはユーザーとソフトウェア開発者に、PDBとCCD IDの長さに関する現在の制限を取り除き、 PDBx/mmCIFフォーマットファイルを使用できるようにコードを見直すよう求めています。 拡張後のPDB IDやCCDのIDをもつファイルの例をgithubで公開していますので、コードの修正にお役立てください 。 PDBx/mmCIFについての情報は、mmcif.wwpdb.orgをご覧ください。

ご質問などは、info@wwpdb.orgまで英語でお問い合わせください。

[ wwPDB News ]

ファイルをダウンロードする際に使用されるFTPプロトコルは、HTTP/Sに取って代わられ、年々利用者が減っています。 HTTP/Sには、速度、ステートレス、セキュリティ（HTTPS）、より良いサポートなど、多くの利点があります。 重要なのは、過去2～3年の間に、主要なウェブブラウザ（ChromeとFirefox）がFTPプロトコルのサポートを終了したことで、 一般のユーザーにとっては、FTPプロトコルが事実上廃止されたのです。

インターネット上のファイルダウンロードの大部分がHTTP/Sに移行したことを考慮して、 wwPDBは2024年11月1日にFTPダウンロードプロトコルを廃止する予定です。 (過去のニュースをご覧ください)。

追加機能を提供するRSYNCプロトコルのサポートは今後も続ける予定です。 以前のニュースでお知らせしたように 、wwPDBは、プロトコルに応じたDNS名をサポートしています。

• http://files.wwpdb.org （HTTP/S用）
• http://rsync.wwpdb.org （RSYNC用）
• ftp.wwpdb.org （FTP用） 2024年11月1日に廃止する予定です。すでにこのDNS名はHTTP/Sトラフィックを受け付けません。

ご質問等はinfo@wwpdb.orgまで英語でご連絡ください。

[ wwPDB News ]

wwPDBは、標準化された原子の命名と、ペプチド残基内の蛋白質主鎖および末端原子のアノテーションを追加し、 更新した化合物辞書（CCD）データファイルを公開しました。また、更新されたCCDを含むエントリーも更新されました。 これにより、PDBデータの検索性と相互運用性が向上し、更新された ペプチド残基アノテーションを使用する新たな機会を提供します。

既にお知らせした通り、 ペプチド結合要素のCCDファイルに、主鎖、N-またはC-末端基を形成する原子をラベルするための新しいデータ項目が追加されました。 3つの新しいCCDデータ項目が _chem_comp_atom カテゴリ内に pdbx_backbone_flag、pdbx_N-terminal_flag、pdbx_C-terminal_flagとして追加され、 それぞれ主鎖、N末端、C末端の原子にフラグを付けます。

さらに、CCDファイル中のペプチド主鎖原子の原子命名法を標準化しました。 これは、カルボキシル基、アミノ基、側鎖連結炭素(C-α)の原子命名法が標準的な原子命名法に従うことを保証するもので、 wwPDBサイトの文書に記載されています。 これにより、アーカイブ全体にわたってペプチド残基の主鎖原子を明確に識別することができます。

更新されたペプチドCCDには、標準化された原子名と主鎖/N末端およびC末端の注釈が加えられています

ご質問などは、deposit-help@mail.wwpdb.orgまで英語でお問い合わせください。

ペプチド残基化合物辞書の修正プロジェクトは、EMBL-EBIの PDBeが中心となって行っている wwPDB共同プロジェクトであるタンパク質化学修飾（PCMs）および翻訳後修飾（PTMs）修復プロジェクトの一部であり、 BBSRC助成金番号BB/V018779/1の助成を受けています。

[ wwPDB News ]

wwPDB財団は、8月22日から29日までオーストラリア・メルボルンで開催された第26回国際結晶学連合（IUCr）総会・大会において、 優秀な学生ポスターに賞を授与しました。

Akila Pilapitiya

Liliana Guerrero

Akila Pilapitiya
The crystal structure of the toxin EspC from enteropathogenic Escherichia coli reveals approaches to combat diarrheal infections
Akila Pilapitiya, Lilian Hor, Jason Paxman, Begoña Heras
La Trobe University

Liliana Guerrero
Drugging the Undruggable: Unveiling the Conformational Landscape and Ligandability of Phosphatases through Structural Biology
Liliana Guerrero (1), Ali Ebrahim (1), Blake T. Riley (1), Minyoung Kim (1,2), Qingqiu Huang (3), Aaron D. Finke (3), Daniel A. Keedy (1,4)
1) Structural Biology Initiative, CUNY Advanced Science Research Center 2) Department of Molecular Biology, Princeton University 3) Cornell High Energy Synchrotron Source (CHESS), Cornell University 4) Department of Chemistry and Biochemistry, City College of New York

IUCrの主催者とポスター賞の審査員の方々に感謝します。

wwPDB財団は、wwPDBのアウトリーチ活動を支援するための資金を集めるために2010年に設立されました。 同財団は、PDB50のイベント、ワークショップ、教育的出版物を支援するための資金を集めてきました。 またwwPDB財団は、科学、文学、慈善、教育を目的とする501(c)(3)団体として認可されています。

wwPDB財団は産業界のスポンサー、 Discngine、OpenEye Scientific、Roivant Sciences、Rigaku、ThermoFisher Scientific に感謝しています。また、個人のスポンサーも可能です。

wwPDB財団への寄付により、 PDBの50年にわたる開放性、協調性、教育の精神をご支援ください。

[ wwPDB News ]

2022年12月から2023年9月までの間に、非標準の座標系または空間群設定でPDBに登録された合計 268の構造エントリーが再度バージョン化を行い公開されました。 今回の更新は、 最新のグラフィックスおよび精密化ソフトウェアを用いて、モデルの視覚化および登録された実験データに対する検証を改善するために行われました。

再バージョンされた各エントリーは、原子のx,y,z座標が標準結晶学フレームに変換されています。 非結晶対称行列が存在する場合は、更新された座標で動作するように変換されています。

座標変換は、REMARKまたはSCALEレコードから、あるいは一次引用文献に掲載されている変換から抽出されました。

変換された構造座標は全て、結晶充填の完全性と、利用できる場合には、登録された構造因子データとの照合について 注意深くチェックされています。

登録されたオリジナルの座標やマトリックスは、 PDBのバージョン管理されたアーカイブで、 以前のメジャーバージョンとしてご利用頂けます。

COOTを用いて可視化した2Fo-Fcマップと座標フレーム変換したミオグロビン1MBO座標

[ wwPDB News ]

電子顕微鏡データバンク(EMDB)は、2023年10月初旬より、 電子顕微鏡(EM)のメタデータを、これまでのXML形式に加えて、PDBx/mmCIFファイル形式でも配布します。 PDBx/mmCIFファイルがアーカイブに追加されることで、EMDBとPDB（EM実験データと３次元構造）のメタデータの提供方法が 同等になると同時に、2つのアーカイブ間の一貫性と相互運用性が向上します。 2023年10月以前に公開されたEMDBエントリーには、PDBx/mmCIFファイルが後日追加されます。 PDBx/mmCIFのカテゴリーとEMメタデータファイルの項目の説明は、PDBx/mmCIF辞書を参照してください (https://mmcif.wwpdb.org/dictionaries/mmcif_pdbx_v50.dic/Groups/em_group.html)。 EMDB IDがEMD-xxxxxのEMDBエントリーの場合、PDBx/mmCIFファイル名はemd-xxxxx.cif.gzとなり、 以下の各wwPDBアーカイブリポジトリにおいて、metadataという名前でそのエントリーのサブフォルダーに格納されます (EMD-xxxxx/metadata)：

• EMDB: https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/emdb/structures/
• wwPDB: https://files.wwpdb.org/pub/emdb/structures/
• RCSB PDB (US): https://files.rcsb.org/pub/emdb/structures/
• PDBe (UK): https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/emdb/structures/
• PDBj (Japan): https://files.pdbj.org/pub/emdb/structures/

[ wwPDB News ]

現在の増加率では、2023年末までに3文字の化合物ID（CCD ID）がなくなると予想されます。 この時点で、wwPDBはOneDepシステムにおいて、CCD IDとして5文字の英数字コードを発行するようになります。 現在の4文字のPDB IDとの混同を避けるため、4文字のコードは使用されません。 従来のPDBフォーマットは制約により新しい5文字のIDコードを表記できませんので、PDBx/mmCIFフォーマットとPDBMLフォーマット のみで提供されるようになります。 (過去のニュースもご覧ください)。

また、wwPDBでは、CCD IDのうち、01-99、DRG、INH、LIGを予約済みとしてPDBでは使用しないことにしました。 これらの予約コードは、構造決定時に新しいリガンドに使用することで、登録時に新しいリガンドとして識別し、 バイオキュレーションをする際にCCDに新しいコードで追加することができます。

wwPDBはユーザーとソフトウェア開発者に、PDBとCCD IDの長さに関する現在の制限を取り除き、 PDBx/mmCIFフォーマットファイルを使用できるようにコードを見直すよう求めています。 拡張後のPDB IDやCCDのIDをもつファイルの例をgithubで公開していますので、コードの修正にお役立てください 。 PDBx/mmCIFについての情報は、mmcif.wwpdb.orgをご覧ください。

ご質問などは、info@wwpdb.orgまで英語でお問い合わせください。

2023年9月時点で利用可能な３文字CCD ID数

[ wwPDB News ]

wwPDBは設立20周年を迎えます

8月22日から29日までオーストラリアのメルボルンで開催される第26回国際結晶学連合（IUCr）総会・大会で、世界中のwwPDBメンバーとお会いしましょう。

展示会場のwwPDBブース26番にお越しいただくと、 wwPDB20周年 を記念した特別ギフトを差し上げます。 ペプチド残基の最新アノテーションと標準化、 ORCiDを使用した登録へのアクセス方法など、wwPDBの最新ニュースをご紹介します。

その他のwwPDBイベントは以下の通りです：

• 8月23日（水）セッションA090：Biomolecular SAS and Integrative methods（生体分子SASと統合的手法）： RCSB PDBのBrinda Vallat氏が「PDB-Dev: A prototype system for archiving integrative structures」について講演します。
• 8月26日（土）： Stephen K. Burley所長による基調講演 「Driving Knowledge Discovery at RCSB.org: A one-stop-shop for exploration of experimentally determined PDB structures and Computed Structure Models」
• 8月27日（日）セッションA009/A010： Use and Comparison of Predicted Models from Primary Sequence in Structural Biology and Deep Learning & Artificial Intelligence in Structural Biology （構造生物学における一次配列からの予測モデルの利用と比較 構造生物学におけるディープラーニングと人工知能） RCSB PDBのDennis Piehl氏による講演 「Exploring experimentally-determined structures and computed structure models from artificial intelligence/machine learning at RCSB Protein Data Bank」
• 8月29日（火）のセッションA014： PDBjの栗栖 源嗣氏による講演 「Protein Data Bank Japan: the Asian hub of 3D macromolecular structural data」と RCSB PDBのChristine Zardecki氏による講演 「RCSB Protein Data Bank: Sustaining a living digital data resource that enables breakthroughs in scientific research and biomedical education」

wwPDB財団は、 本大会で発表された 生体高分子分野の学生（学部生、大学院生（修士）、博士課程修了者を含む） の研究ポスターの中から最優秀作品に贈られる各250米ドルの賞2点を後援します。

wwPDB財団へのご寄付で、 PDBの50年にわたる開放性、協調性、教育の精神をご支援ください。 wwPDB財団は2010年に設立され、 2023年を通じて授与されるポスター賞など、wwPDBのアウトリーチ活動を支援するための資金を集めています。

IUCrは2023年8月22日から29日まで開催されます

[ wwPDB News ]

2023年10月、wwPDBは、化合物辞書（Chemical Component Dictionary, CCD）データファイルを更新する予定です。 更新には、原子の命名の標準化やペプチド残基内の蛋白質骨格および末端原子の注釈の追加が含まれます。 更新されたCCDを含むPDBエントリーも更新されます。 これにより、PDBデータの検索性と相互運用性が向上するとともに、更新されたペプチド残基アノテーションを利用する新たな機会が開かれます。

この改善プロセスの一環として、ペプチド結合成分のCCDファイルに新しいデータ項目を追加し、バックボーン、 N-またはC-末端基を形成する原子をラベル付けする予定です。 3つの新しいCCDデータ項目が、pdbx_backbone_flag、pdbx_n-terminal_flag、pdbx_c-terminal_flagとしてCCDのカテゴリ_chem_comp_atomに追加され、 それぞれバックボーン、N末端、C末端の原子にフラグを立てます。

さらに、CCDファイル中のペプチド骨格原子の原子命名法を標準化する予定です。 カルボキシル基、アミノ基、側鎖連結炭素(C-α)の原子命名法が標準的な原子命名法に従うことを保証するために、 以下のリンク先の文書に概説されている一連のルールに従います。これにより、アーカイブ全体でペプチド残基のバックボーン原子を明確に識別できるようになります。

詳細な情報は、PDBx/mmCIF辞書の拡張やサンプルファイルを含めて、wwPDBのウェブサイトでご覧頂けます。 (GitHub; Peptide Residues Chemical Component Dictionary Remediation Documentation)

更新されたペプチドCCDは、標準化された原子名とバックボーン/N末端およびC末端の注釈が付与されます

PDBデータの精密化や可視化のためのソフトウェア・パッケージの開発者は、上記情報をご確認ください。

ご質問やご意見は、deposit-help@mail.wwpdb.orgまで、英語でお問い合わせください。

ペプチド残基化合物辞書の改善プロジェクトは、EMBL-EBIのPDBeが中心となって行っているwwPDB共同プロジェクトの蛋白質化学修飾（PCMs） および翻訳後修飾（PTMs）修復プロジェクトの一部であり、BBSRC助成金番号BB/V018779/1の助成を受けています。

[ wwPDB News ]

日本時間（JST=UTC+9）2023年7月11日（火）、以下に記すホストを廃止しました。これらは主にサービスごとのサイト用として設けたものですが、いずれもPDBjメインサイトなどへリダイレクトするよう設定していました。 今後はリダイレクト先となっていたURLに直接アクセスしていただきますようお願いします。

wwPDBは2023年に設立20周年を迎えます

今から20年前の2003年7月、結晶学(MX)、核磁気共鳴(NMR)、電子顕微鏡(3DEM; 1,2)の実験手法で決定された 生体高分子の蛋白質構造データであるコアアーカイブ（Protein Data Bank Core Archive）を運営するために、 RCSB蛋白質構造データバンク(RCSB PDB, 米国)、 欧州蛋白質構造データバンク(PDBe)、 日本蛋白質構造データバンク(PDBj)が パートナーシップを結んで国際蛋白質構造データバンク（Worldwide Protein Data Bank）を設立しました。

それ以来、wwPDB の協力関係は拡大し、NMR分光学的研究から得られたスペクトルや定量データのコアアーカイブを担当する 生体高分子NMRデータバンク（BioMagResBank, BMRB, 米国)、 電子顕微鏡構造解析(3DEM)や電子線トモグラフィーから得られた3Dボリュームや関連情報のコアアーカイブを担当する 電子顕微鏡データバンク (Electron Microscopy Data Bank, EMDB, 英国) がパートナーとして加わりました。 wwPDBのパートナーは、FAIR原則を遵守して検索、アクセス、相互運用、再利用可能を可能とし(2)、 最も利用しやすいCreative Commons CC0 1.0 Universal License のライセンスの下で、全てのアーカイブデータを無償で利用制限なく公開しています。

wwPDB設立20周年の年に、中国蛋白質構造データバンク（Protein Data Bank China, PDBc)を準会員として迎えることをアナウンスいたします。 PDBcは、上海科技大学のSIAISおよびiHuman研究所の支援を受けて国立上海蛋白質科学研究施設を拠点としています。 wwPDBはPDBjのリーダシップの下で、PDBcがwwPDBに参加する経緯を解説する論文をActa Cryst Dへ投稿しました (PDF, 3)。 PDBcはwwPDBの日米欧の地域センターからトレーニングとサポートを受けて、中華人民共和国で研究している構造生物学者による 3つのwwPDBコアアーカイブ（PDB，BMRB，EMDB）への登録のほとんど（可能であれば全て）を処理することが期待されています。

PDBはその設立から今日まで国際的に唯一の生体高分子の構造データアーカイブです。20年前のwwPDBの設立によってPDBの貴重なデータが 厳密に品質管理され、引き続き無料で世界中の研究者に利用できることを保証しています。

• (1) Helen M. Berman, Kim Henrick, Haruki Nakamura. (2003) Announcing the worldwide Protein Data Bank. Nat Struct Biol 10: 980. doi: 10.1038/nsb1203-980
• (2) wwPDB consortium (2019) Protein Data Bank: the single global archive for 3D macromolecular structure data, Nucleic Acids Research 47:D520–D528 doi: 10.1093/nar/gky949
• (3) Wenqing Xu, Sameer Velankar, Ardan Patwardhan, Jeffrey C. Hoch, Stephen K. Burley, Genji Kurisu (2023) Announcing launch of Protein Data Bank China (PDBc) as an Associate Member of the Worldwide Protein Data Bank (wwPDB) Partnership Acta Cryst. D, submitted (PDF)

[ wwPDB News ]

PDBアーカイブの次世代アーカイブリポジトリ（NextGen）のバージョン1.0が 2023年初めに公開されました。 この "NextGen "アーカイブは、PDBx/mmCIFとPDBMLの両方のフォーマットで、拡張された原子座標ファイルを保有しており、 ファイルは files-nextgen.wwpdb.orgや PDBjのfiles-nextgen.pdbj.org からダウンロードできます。

NextGenアーカイブの最初の公開では、 PDBコアアーカイブの座標ファイルに、UniProt、SCOP2、Pfamなどの外部リソースの配列アノテーションを原子、残基、鎖レベルで追加しました。 ユーザーコミュニティとの協議の結果、今回のリリースでは、エントリに存在する各残基の分子内結合性が追加され、 レガシーPDBフォーマットからPDBx/mmCIFフォーマットへの移行 を支援します。 結合情報には、PDB化合物辞書（CCD）から取り込まれた原子ペア、結合次数、芳香族フラグ、立体化学が含まれます。 ユーザーはNextGenアーカイブのPDBx/mmCIFフォーマットファイルの_chem_comp_bond と _chem_comp_atomカテゴリーから この情報を抽出することができます。

レガシーPDBフォーマットからPDBx/mmCIFに移行するため、ファイル名とデータは、 「最後から3文字目」と「最後から2文字目」の2文字のハッシュコードを持つ 拡張PDB IDに基づいて構造化されています。 このハッシュコードは、PDB IDコードがpdb_接頭辞付きで5文字以上に拡張されても一貫性を保ちます。例えば PDBエントリー8alyのcifファイルは以下になります。 https://files-nextgen.wwpdb.org/pdb_nextgen/data/entries/divided/al/pdb_00008aly/pdb_00008aly_xyz-enrich.cif.gz。

ユーザーはできるだけ早くPDBx/mmCIFフォーマットの利用に切り替えてください。 PDBx/mmCIFフォーマットと関連ソフトウェアの詳細についてはmmcif.wwpdb.orgをご覧ください。

将来的には、PDB NextGenアーカイブは、PDBアーカイブ（files.wwpdb.org や PDBjのfiles.pdbj.org） の構造モデルファイルで既に提供されている内容を基に、 メタデータに外部のデータベースリソースからのより充実したアノテーションを追加して更新され続ける予定です。

[ wwPDB News ]

NMRデータファイルは、多くの異なるソフトウェア固有のフォーマットでNMRデータを持つPDBエントリに対して、 NEFおよび NMR-STARフォーマット [Ulrich, 2019]で標準化されています。 この改善プロジェクトでは、PDBエントリーのNMRデータを1つのNMR-STAR/NEFファイルに統合して提供します。 wwPDBでは、NMRデータ（距離制限、化学シフト、場合によってはピークリスト）のNMR-STAR/NEF形式での単一ファイルのアップロードを 進めており、将来的にはOneDepでのソフトウェア固有の形式でのアップロードを段階的に廃止する予定です。 移行期間中、OneDepは特定の距離制限形式を登録時にNMR-STAR/NEFに変換し、 化学シフトと合理的な制限を割り当てたNMRエントリーのwwPDB検証レポートにおいて、 以下のサポート形式でNMR距離制限の検証を ユーザーに提供します：

AMBER, BIOSYM, CHARMM, CNS, CYANA, DYNAMO/TALOS/PALES, GROMACS, ISD, ROSETTA, SYBYL, XPLOR-NIH

距離制限の複雑さとスペクトルピークリストの登録の有無により、初回の公開では、 サポートされているフォーマットで単純な距離制限を持つNMRエントリーだけが含まれ、 スペクトルピークリストは含まれません。 次の公開では、スペクトルピークリストを持つエントリーが含まれる予定です。 以下の条件を満たしたエントリーは、改善対象となります：

• 割り当てられた化学シフトと距離制限の両方がPDBに登録されていること
• 特定のフォーマット（AMBER、CHARMM、GROMACSなど）の距離制限ファイルを解釈するために、有効なトポロジーファイルまたは特定のコメントが存在する必要があります。
• NMRデータに記述されたすべての原子（割り当てられた化学シフトと制限）がモデルの原子と一致すること
• モデルと距離制限の間の配列アライメントが一致し、末端配列の拡張が可能であること

NMR-STARフォーマットは、本NMR距離制限改善プロジェクトにおいて、多種多様な制限を扱うために使用されるマスターフォーマットです。 Auth_asym_ID」「Auth_seq_ID」「Auth_comp_ID」「Auth_atom_ID」で始まるデータ項目、すなわち 「_Gen_dist_constraint.Auth_seq_ID_1」は、mmCIFの同等のデータ項目「_atom_site.auth_asym_id」「_atom_site.auth_seq_id」 「_atom_site.auth_comp_id」「_atom_site.auth_atom_id」をそれぞれ指します。 完全な原子名マッピング情報は、「_Assembly」および「_Entity」カテゴリを使用して組み込まれます。 化学的平面性、平衡結合角、非結晶学的対称性など、構造決定ソフトウェアで使用されるがNMR-STARオントロジーで カバーされていないNMR距離制限は、修復中に情報が失われないように、JSONデータとして 「_Other_constraint_list.text_data」タグに格納されます。　 さらに、改善された距離制限に関する統計も利用できます。 NEFデータファイルは、マスターNMR-STARデータファイルからできる限り変換して提供されます。

既存のNMRエントリーのNEFおよびNMR-STAR形式の新しい統一NMRデータファイルは、 単一のNMRデータファイルを伴うエントリーと同様に、PDBアーカイブの 「nmr_data」ディレクトリ (https://files.wwpdb.org/pub/pdb/data/structures/divided/nmr_data/) 及び BMRBアーカイブ （ https://bmrb.io/ftp/pub/bmrb/nmr_pdb_integrated_data/coordinates_restraints_chemshifts/remediated_restraints) で配布されます。 PDBアーカイブディレクトリ 「nmr_chemical_shifts」と「nmr_restraints」にある既存のデータファイルは、そのまま残されています。

NMRデータの取得は、../nmr_dataディレクトリにあるユニファイドNMRデータファイルを主に取得する必要があります。 統一NMRデータがない場合は、従来の化学シフトと距離制限を使用することができます。

従来のNMRデータファイルが別々の新規登録のNMRエントリについて、OneDepは割り当てられた化学シフトと距離制限を 1つのデータファイルに統合し、OneDepアップロードの概要ページでアクセスできるようになりました。 登録後、従来の形式に戻すことはできません。

wwPDB検証レポートは、対象エントリーのNMR距離制限の検証を行うために再計算されます。 NMR距離制限は、構造計算の際に様々なソフトウェアによって異なる解釈や重み付けをされることがあります。 NMR距離制限の検証ソフトは、NMR-VTFが推奨するより一般的なアプローチを採用し、すべてのモデルで各距離制限の満足度を独立して検証しています。 このため、実際の構造決定ソフトウェアが異なるアプローチを採用したり、構造計算時の重み付けを少なくしたりすると、 多数の違反が発生することがあります。

NMRデータ改善についてのご意見・ご質問は、deposit-help@mail.wwpdb.org まで英語でお問い合わせください。

[ wwPDB News ]

PDBアーカイブの継続的な増加に伴い、全ディレクトリの内容を一覧できるファイル （現在はhttps://files.wwpdb.org/pub/pdb/ls-lR） のサイズが長期的なメンテナンスの課題となります。 wwPDBでは、このファイルを2023年7月12日00時00分（UTC）にPDBアーカイブから削除する予定です。 今後は、同じデータを含むファイル （https://files.wwpdb.org/pub/pdb/holdings/ 配下） を活用してください。

これらの一覧データファイルを参照すれば、アーカイブ内のデータを簡単に概観することができます。 一覧ファイルは拡張性のあるJSON形式で、新しい/pdb/holdings/アーカイブツリーの下にあります。

一覧ファイルには、以下の種類があります。

• current_file_holdings.json.gz ・・・公開済みPDBエントリーと、PDBコアアーカイブ内の各エントリーに存在するファイル種別 （例：座標データ、実験データ、検証レポート等）のリスト
• refdata_id_list.json.gz ・・・公開済みの化学物質参照エントリー、内容種別（例えば、化合物、BIRD）、参照ファイルの最終更新日時のリスト
• released_structures_last_modified_dates.json.gz ・・・公開済みのPDBエントリーとPDBx/mmCIFファイルの最終更新日時のリスト
• released_experimental_data_last_modified_dates.json.gz ・・・公開済みの実験データファイルと最終更新日時のリスト
• obsolete_structures_last_modified_dates.json.gz ・・・廃止されたPDBエントリーとPDBx/mmCIFファイルの最終更新日時のリスト
• obsolete_experimental_data_last_modified_dates.json.gz ・・・廃止された実験データファイルと最終更新日時のリスト
• all_removed_entries.json.gz ・・・廃止されたPDBエントリーと登録者、エントリーのタイトル、公開日、廃止された日、そして（もしあれば）置換後のPDB ID等の情報のリスト
• unreleased_entries.json.gz ・・・未公開のPDBエントリーとステータス、登録日、事前公開配列情報のリスト

ユーザーの皆様は、新しい一覧ファイルをご利用ください。 例えば、/pub/pdb/holdings/ にある current_file_holdings.json.gz や released_structures_last_modified_dates.json.gz を使って、PDB アーカイブの更新をチェックすることができます。

ご質問などございましたら、info@wwpdb.org まで英語でお問い合わせください。

[ wwPDB News ]

PDBj開始以来約23年間に渡ってPDBjで処理してきたPDB登録処理件数が5万件に達しました！ この数は全登録数の約1/4に相当します。 詳細は以下のプレスリリースを参照ください（日本語のみ）。

-大阪大学が世界の蛋白質構造データバンク（PDB）を運営して20年- 世界のPDBデータの4分の１相当　5万件に到達！｜研究成果｜大阪大学蛋白質研究所

pdb_extractは、構造決定プログラムの出力ファイルから、座標データ、登録者が提供するメタデータ、 データ処理情報を統合し、OneDepシステムでの容易な登録に利用できる完全なPDBx/mmCIFファイルを生成できます。 オンラインフォーム又は、再設計され簡単にインストールできる コマンドラインインターフェイス （Python）をご利用ください。

座標データ

アップロードされた座標ファイル（PDBx/mmCIFまたはPDB）は、PDBx/mmCIF辞書と照合されます。 レガシーPDBフォーマットのファイルは、OneDep標準のPDBx/mmCIFデータファイルへ変換されます。

メタデータ

PDBjのCIFエディタを使えば、テンプレートファイルを簡単に編集し、対応するメタデータ（配列、結晶化条件など）を 含めることができますので、登録者はご利用ください。 PDBj CIFエディターには、 X線、 電子顕微鏡、 NMR など、実験手法固有のテンプレートがあらかじめ用意されています。 左上のメニュー（薄灰色のウィジェットアイコン）をクリックすると、編集したメタデータファイルをPDBx/mmCIFで保存できます。 この完成したファイルをpdb_extractでアップロードして、単一または複数の関連構造を登録用に準備できます。

構造決定出力ファイル

データ処理中に生成されたログファイルをアップロードすると、pdb_extract が関連する回折メタデータを解析します。 各種スタンドアロンパッケージからのログファイル、CCP4やautoPROCパイプラインからのログファイルに対応していて、 以下のパッケージも含まれます。

• Aimless
• DIALS
• d*TREK
• HKL-2000
• HKL-3000
• Pointless
• Scala
• Scalepack
• XDS
• Xia2
• Xscale

[ wwPDB News ]

2023年5月18日(木)、第27回台湾生物物理学会にて下記の通りランチョンセミナーを開催します。

日時

2023年5月18日（木）13:00 ～ 13:50（CST = UTC+8）

会場

台湾、花蓮、慈濟大学、和敬樓演藝廳 (B106)
Performance Hall (B106) , He-Jing Building, Tzu Chi University, Hualien, Taiwan

定員

240名

参加費

無料（別途学会参加費は必要）

講演言語

英語

開催方式

対面

演題・演者

• 「Recent Activities and Activity Plan of PDBj and wwPDB」
  栗栖 源嗣（大阪大学蛋白質研究所)
• 「OneDep: Unified System for Deposition, Biocuration, and Validation of Macromolecular Structures AND Ligand Library based on CSD data 」
  中川 敦史（大阪大学蛋白質研究所)

プログラム・日程表

こちらをご確認ください

PDBアーカイブの継続的な増加に伴い、全ディレクトリの内容を一覧できるファイル （現在はhttps://files.wwpdb.org/pub/pdb/ls-lR） のサイズが長期的なメンテナンスの課題となります。 wwPDBでは、このファイルを2023年7月12日00時00分（UTC）にPDBアーカイブから削除する予定です。 今後は、同じデータを含むファイル （https://files.wwpdb.org/pub/pdb/holdings/） のを活用してください。

これらの一覧データファイルを参照すれば、アーカイブ内のデータを簡単に概観することができます。 一覧ファイルは拡張性のあるJSON形式で、新しい/pdb/holdings/アーカイブツリーの下にあります。

一覧ファイルには、以下の種類があります。

• all_removed_entries.json.gz ・・・削除されたPDBエントリー（廃止、モデル）、登録者、エントリーのタイトル、公開日、廃止された日、そして（もしあれば）置換後のPDB IDが記載されたリスト
• current_file_holdings.json.gz ・・・公開済みPDBエントリーと、PDBコアアーカイブ内の各エントリーに存在するファイル種別 （例：座標データ、実験データ、検証レポート等）のリスト
• obsolete_structures_last_modified_dates.json.gz ・・・廃止されたPDBエントリーとPDBx/mmCIFファイルの最終更新日時のリスト
• refdata_id_list.json.gz ・・・公開済みの化学物質参照エントリー、内容種別（例えば、化合物、BIRD）、参照ファイルの最終更新日時のリスト
• released_structures_last_modified_dates.json.gz ・・・公開済みのPDBエントリーとPDBx/mmCIFファイルの最終更新日時のリスト
• unreleased_entries.json.gz ・・・未公開のPDBエントリーとステータス、登録日、事前公開配列情報のリスト

ユーザーの皆様は、新しい一覧ファイルをご利用ください。 例えば、/pub/pdb/holdings/ にある current_file_holdings.json.gz や released_structures_last_modified_dates.json.gz を使って、PDB アーカイブの更新をチェックすることができます。

ご質問などございましたら、info@wwpdb.org まで英語でお問い合わせください。

[ wwPDB News ]

コンタクトオーサーがORCiDsを使用して、OneDepにログインできるようになりましたのでお知らせいたします。 この認証方法により、各コンタクトオーサーはパスワードを共有することなくOneDepにログインし、 すべての登録エントリーを閲覧したり、アクセスすることができます。

登録セッションID・パスワードによるOneDepへのログインは引き続き可能ですが、特定の登録セッションにしかアクセスできません。

ORCiDをOneDepで使用すると、コンタクトオーサーにORCiDが提供されているエントリーの一覧が表示されます。 登録者はさらに、登録セッションIDやパスワードを使用して再度ログインすることなく、 各エントリーの登録インターフェースにアクセスすることができます。

ORCiDのサインインボタンは、既存のログイン入力欄の下にあります。

ORCiDでログイン後、そのORCiDに紐づく全ての登録セッションがOneDepパネルに表示されます。

初めてORCiDでOneDepにログインする場合、新しい登録を開始する前に ORCiDにログインせずに新しい登録セッションを作成するのと同様に、 メールアドレスを認証する必要があります。

OneDepの 「Admin > Contact information」 ページで、コンタクトオーサーにORCiDを追加すると、このオーサーには登録セッションへのアクセス権が付与されますので、 ORCiDが間違っていないかご注意ください。

OneDepコンタクトオーサーにORCiDを提供することは、 2018年より必須となっています。

[ wwPDB News ]

PDBjが行った最近の活動などを紹介したPDBj Newsletter Vol.23（日本語版・英語版）を公開しました。

wwPDBは、大英帝国勲章受賞者で王立協会フェローであるOlga Kennard博士の 訃報に接し、追悼の意を表します。 結晶学データベースの開発における彼女の先駆的な研究は、現代の分子構造データアーカイブの基礎を築き、 その後のデータ駆動型研究に大きな進歩をもたらしました。

画像は英国結晶学会（British Crystallographic Association）より引用

Olga博士は、低分子のケンブリッジ結晶構造データベース（CSD）を維持するために、 ケンブリッジ結晶構造データセンター（Cambridge Crystallographic Data Centre, CCDC） を設立したことで知られています。 CSDは、Olga博士が1965年に自身の研究グループでの活動を基に設立した もので、低分子の有機および有機金属結晶構造の世界的なリポジトリとなりました。 Olga博士は、結晶がどのように形成されるかを研究するためにこれらのデータを収集し、その調査は「結晶工学」の発展の基礎となりました。 現在、X線・中性子回折分析による100万個以上の構造が収録されており、正確な3次元構造のデータベースとして、 世界中の科学者に欠かせないものとなっています。

CSDの延長線上にある蛋白質構造データへの関心の高まりは、蛋白質構造データバンク（Protein Data Bank, PDB）の設立につながりました。 Olga博士はブルックヘブン国立研究所（Brookhaven National Laboratory, BNL）の Walter Hamilton氏とともにPDBアーカイブの設立を支援し、 当初はブルックヘブン国立研究所とケンブリッジ結晶構造データセンターが 共同でアーカイブを運営しました （1971年の『Nature New Biology』でのPDB発表参照）。 データ処理はブルックヘブン国立研究所で、データアーカイブの整理はケンブリッジ結晶構造データセンターが担当し、 Olga博士とケンブリッジ結晶構造データセンターのデータアーカイブの経験が大いに役立ちました。 現在では、PDBに保存された生体構造に含まれる低分子の検証は、CSDに収蔵されたデータを使ったCCDCのソフトウェアで行われています。

左から、Helen M. Berman, Janet Thornton, Shoshana Wodak, Olga Kennard（1996年エルサレムでのPDB-SwissProtシンポジウムにて）

1980年代に大阪大学蛋白質研究所がCSDとPDBのデータ配布を開始した当時の担当者である安岡則武名誉教授（兵庫県立大学）によると、 Olga博士は非常に誠実で意欲的な人であったそうです。 1980年代に大阪大学を訪問されて、CSDとPDBの利用について建設的な議論が交わされました。 コンピュータがまだ発達していない時代に、低分子の相互作用を支配する原理を導き出すために、 データを横断的に分析することの価値を見いだしました。 自分の仕事が何千もの論文や調査を可能にしたと主張できる科学者は多くはありません。 CSDの設立と維持に対するOlga博士の先見の明と決意は、今日他の多くの科学者が恩恵を受けている偉人の一人であることを意味しています。

ケンブリッジ結晶構造データベースの創設者であるOlga Kennard OBE FRS博士(1924 - 2023)を記念して もご覧ください。

[ wwPDB News ]

wwPDBは、PDBx/mmCIFワーキンググループと協力して、 PDBおよびCCD（化合物辞書、Chemical Component Dictionary）のIDについて、コードの文字数を将来的に拡張します。 これらの拡張IDを含むエントリーは、従来のPDBファイルフォーマットではサポートされません。 過去のニュースもご覧ください。

CCD IDの拡張

現在、CCDエントリーは3文字の英数字で識別されています。 しかし現在の増加率で想定すると、2024年より前に３文字の利用可能な新しいコードがなくなってしまうことが予想されます。 この時点で、wwPDBはOneDepシステムにおいて、CCD IDとして5文字の英数字コードを発行するようになります。 現在の4文字のPDB IDとの混同を避けるため、4文字のコードは使用されません。 従来のPDBフォーマットは制約により新しい5文字のIDコードを表記できませんので、PDBx/mmCIFフォーマットでのみ提供されるようになります。

また、wwPDBでは、CCD IDのうち、01-99、DRG、INH、LIGを予約済みとしてPDBでは使用しないことにしました。 これらの予約コードは、構造決定時に新しいリガンドに使用することで、登録時に新しいリガンドとして識別し、 バイオキュレーションをする際にCCDに新しいコードで追加することができます。

PDB IDの拡張

さらにwwPDBは、PDB IDの長さを、例えばpdb_00001abcのように、「pdb」を先頭に持つ8文字に拡張する予定です。 各PDB IDには対応するデジタルオブジェクト識別子（DOI）があり、これは多くの学術誌で原稿を投稿する際に必要とされ、論文に記載されます。 2021年8月以降、新規および再公開されたすべてのエントリーのPDBx/mmCIF形式の原子座標ファイルに、 拡張PDB IDと対応するPDB DOIが含まれるようになりました。

例えば、4文字のPDB ID、1abcで発行されたPDBエントリーは、拡張PDB ID (pdb_00001abc) と対応するPDB DOI (10.2210/pdb1abc/pdb) を持つことになります。 これらはPDBx/mmCIFのdatabase_2カテゴリに記載されています。

loop_
_database_2.database_id
_database_2.database_code
_database_2.pdbx_database_accession
_database_2.pdbx_DOI
PDB 1abc pdb_00001abc 10.2210/pdb1abc/pdb

例えば、4文字のPDB IDを全て消費した後に、8文字のPDB ID、pdb_00099xyzでPDBエントリーが発行される場合は以下のようになります。

loop_
_database_2.database_id
_database_2.database_code
_database_2.pdbx_database_accession
_database_2.pdbx_DOI
PDB pdb_00099xyz pdb_00099xyz 10.2210/pdb_00099xyz/pdb

4文字のPDB IDがすべて消費された後、新たに登録されるPDBエントリには拡張PDB IDコードのみが発行され、 PDBエントリはPDBx/mmCIFフォーマットでのみ配布されます。 すでに4文字のPDB IDを持つPDBエントリーは変更されません。

リソース

wwPDBはユーザーとソフトウェア開発者に、PDBとCCD IDの長さに関する現在の制限を取り除き、 PDBx/mmCIFフォーマットファイルを使用できるようにコードを見直すよう求めています。 拡張したPDB IDやCCDのIDをもつファイルの例をgithubで公開していますので、コードの修正にお役立てください （https://github.com/wwPDB/extended-wwPDB-identifier-examples） 。 PDBx/mmCIFについての情報は、https://mmcif.wwpdb.org/をご覧ください。

ご質問などは、info@wwpdb.orgまで英語でお問い合わせください。

利用可能な３文字のCCD ID数の年推移

[ wwPDB ニュース ]

ファイルをダウンロードする際に使用されるFTPプロトコルは、HTTP/Sに取って代わられ、年々利用者が減っています。 HTTP/Sには、速度、ステートレス、セキュリティ（HTTPS）、より良いサポートなど、多くの利点があります。 重要なのは、過去2～3年の間に、主要なウェブブラウザ（ChromeとFirefox）がFTPプロトコルのサポートを終了したことで、 一般のユーザーにとっては、FTPプロトコルが事実上廃止されたのです。

インターネット上のファイルダウンロードの大部分がHTTP/Sに移行したことを考慮して、 wwPDBは2024年11月1日にFTPダウンロードプロトコルを廃止する予定です。

これまでwwPDBは、HTTP/SやRSYNCとともにFTPをサポートしてきました。 FTPプロトコルは徐々に廃止され、HTTP/HTTPSプロトコルに移行していきますが、他の2つのプロトコルに比べ付加機能を持つRSYNCプロトコルのサポートは継続します。

以前のニュースでお知らせしたように 、プロトコルに応じたDNS名を導入しました。

• files.wwpdb.org （HTTP/S用）
• ftp.wwpdb.org （FTP用） 2024年11月1日に廃止する予定です。2023年9月以降は、このDNS名はHTTP/Sトラフィックを受け付けません。
• rsync.wwpdb.org （RSYNC用）

wwPDBは、FTPプロトコルの廃止に備えて、2023年9月よりプロトコルに応じて区別した新しいDNS名のみが使用できるようになります。

ご質問等はinfo@wwpdb.orgまで英語でご連絡ください。

[ wwPDB News ]

PDBの次世代アーカイブリポジトリのプロトタイプを公開しました。 「NextGen」と呼ばれるこのアーカイブは、PDBx/mmCIFおよびPDBML形式の構造モデルファイルを提供し、 新しいサイトfiles-nextgen.wwpdb.org （PDBj:https://ftp-nextgen.pdbj.org）で公開しています。 このPDBアーカイブは、 PDBメインアーカイブ（files.wwpdb.org / https://ftp.pdbj.org） の構造モデルファイルの内容に加え、 外部のデータベースリソースからのアノテーションをメタデータとして提供できる拡張版PDBアーカイブです。

プロトタイプは、UniProt, SCOP2, Pfamなどの外部リソースから原子、残基、鎖レベルで一時配列のアノテーションを提供するものです。 このマッピング情報は、EMBL-EBIのPDBeチームとUniProtチームが開発・維持するサービスである Structure Integration with Function, Taxonomy and Sequence (SIFTS) プロジェクト (https://www.ebi.ac.uk/pdbe/docs/sifts/) から得られたものです。 配列マッピングは、各セグメントについて _pdbx_sifts_unp_segments および _pdbx_sifts_xref_db_segments カテゴリ、 残基レベルの _pdbx_sifts_xref_db および原子レベルの _atom_site カテゴリで提供されています。

PDB NextGenリポジトリは、現在、毎月第１水曜日の日本時間９時（UTC 0時）に更新されていますが、将来変更される可能性があります。 NextGenのファイルは、以下のサイトからご利用頂けます。

• wwPDB: https://files-nextgen.wwpdb.org, rsync://rsync-nextgen.wwpdb.org
• RCSB PDB (USA): https://files-nextgen.rcsb.org, rsync://rsync-nextgen.rcsb.org
• PDBe (UK): ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/pdb_nextgen/
• PDBj (Japan): https://ftp-nextgen.pdbj.org

データはエントリーIDに基づき、「最後から3文字目」と「最後から2文字目」の2文字のハッシュコードで構造化されています。 このハッシュコードは、PDB IDコードに接頭語"pdb_"が付いて4文字以上に拡張されても、一貫性を保つことができます。

以下に例を示します。

• エントリー pdb_00008alyは、 https://files-nextgen.wwpdb.org/data/entries/divided/al/pdb_00008aly/ でアクセスできます。
• PDBx/mmCIF と PDBML フォーマット両方のファイルがこの場所で提供され、 エントリー pdb_00008aly の場合は、以下のファイル名となります。
  • pdb_00008aly_xyz-enrich.cif.gz
  • pdb_00008aly_xyz-no-atom-enrich.xml.gz

ご質問などございましたら、info@wwpdb.orgまで、英語でお問い合わせください。

[ wwPDB News ]

この度、新しい PDBx/mmCIF カテゴリ、_pdbx_initial_refinement_model を導入し、 X 線、電子顕微鏡、NMR 法の初期モデルに関する情報収集を改善しました。

これにより、実験的に得られたモデルと計算で得られたモデルが区別されます。 初期モデルが得られたリソースの出どころ（例えば、PDB、AlphaFoldDB、RoseTTAFoldなど）と そのアクセッションコード又は識別子が公開されている場合は、その情報を取得できます。

詳細な定義については、 pdbx_initial_refinement_modelをご覧ください。 以下はその例です。

 _pdbx_initial_refinement_model.id 1
 _pdbx_initial_refinement_model.entity_id_list 1
 _pdbx_initial_refinement_model.type 'experimental model'
 _pdbx_initial_refinement_model.source_name PDB
 _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 3LTQ      

wwPDBは、すべてのPDBユーザーとソフトウェア開発者がコードを見直し、 将来のアプリケーションに対してはこの定義を採用することをお勧めします。

[ wwPDB News ]

PDBへ構造を登録された方へ：この画像をダウンロードして、登録した構造の数を記載し、写真にタグ付けしてください

今週の公開で、PDBアーカイブのエントリ数は200,069件となりました。 2019年には15万件 (wwPDB News) を、 2014年には10万件 (wwPDB News) の節目を達成してきました。

1971年に創設されたこのPDBアーカイブは、 実験で決定したタンパク質や核酸の膨大な構造データを、世界中の構造生物学者が登録してくださったおかげで、 大きな節目を迎えることができました。

wwPDBを構成するデータセンターでは、生体高分子の三次元構造のオンラインアクセスを提供しています。 これらPDBのサービスは臨床医学、農業、基礎生物学において、病気や健康に関わる蛋白質から生物エネルギー変換反応に至るまで さまざまな事象を研究者が理解することにつながっています。 2014年にアーカイブが10万件目の構造を公開して以来、多くの節目を達成することができました。 PDBデータはSARS-CoV-2の理解に決定的な役割を果たし、蛋白質の構造を予測するAI/ML技術の開発について基礎を築きました。 2021年にはPDBは50周年を迎えました。

現在、アーカイブのサイズは非常に大きくなり、PDBエントリーに関連する300万以上のファイルが含まれており 1086 GB 以上の保管場所を必要とします。PDB構造には、18億個以上の非水素原子が含まれています。

Function follows form（機能は形態に従う）

1950年代に、科学者は初めて、X線結晶解析によって原子レベルで蛋白質やDNAの立体構造を解析し始め、 これら初期の構造解析が構造生物学の新たな時代を切り開きました。 解析されたデータを蓄積し共有することの重要性は明白であり、 米国と英国を中心とする国際的な連携によって運営される蛋白質構造データバンク（PDB）が 最初のオープンアクセス・デジタルリソースとして、1971年に設立されました。

PDBに登録された初期の構造には、ノーベル賞受賞者であるジョン・ケンドリューとマックス・ペルーツ両博士によって 1958年に解かれたミオグロビンと酸素が結合した構造もあります。 今週の週次更新で、PDBには266個の構造エントリーが新たに追加されました。 これらの構造は他のデータとともに創薬、情報生物学とその教育に極めて重要な役割を果たすこととなります。

PDBは急速に成長しており、2011年以降データサイズが~13%増加しています。 2022年には、毎週平均275の新しい構造が公開されました。 このデータベースには、異なる蛋白質が互いにどう関係しているのかを突き止め、生物学的なメカニズムを明らかにし、 さらには新薬を開発する、という目的を持った研究者や学生、教育に携わる方々からの数億ものアクセスが毎年あります。

20年にわたる協力関係

発足当初からPDBは研究者コミュニティーによって運営されるデータバンクであり、 生物学研究への国際的に重要な情報資源として運営されてきました。 wwPDBパートナーシップは、2003年7月にPDBe、PDBj、RCSB PDBの間で設立されましたが、現在では、BMRB（2006年参加）およびEMDB（2021年参加）がパートナーとして加わっています。

wwPDBは、これらの貴重なPDBデータを安全に保管し、専門家が管理し、世界中の科学者や教育者のために自由に利用できるようにしています。 wwPDBのメンバーは、登録と編集の方針やデータの表示に関する問題、またデータ検証の基準等について、 専門家たちと緊密に連携し運営を行っております。 加えて、wwPDBは、構造生物学をより多くの人々に知ってもらうための活動も行っています。

データバンクに登録される構造は、それぞれ公開前にwwPDBのスタッフによって注意深く検証されます。 新たに登録されたデータは精査され、付加価値の高いアノテーションにより信頼性が高められ、 また他の重要な生物学データとクロスリンクされて関係付けられ、広い分野において様々な研究の背景や目的を有するユーザーの目にとまり易くなるよう整備されます。

wwPDBは、次なる10万件の構造とそれら新しいデータがもたらす貴重な知識に対し大きな期待を寄せています。

[ wwPDB News ]

A snapshot of the PDB Core Archive as of January 2, 2023 is available.

2023年1月2日現在のPDBアーカイブ (ftp://ftp.wwpdb.org、https://s3.rcsb.org/又は PDBj:ftp://ftp.pdbj.org)のスナップショットを、 スナップショットサイト （wwPDB:ftp://snapshots.wwpdb.org、https://s3snapshots.rcsb.org/（AWS）又は PDBj:ftp://snapshots.pdbj.org）に追加しました。 2005年以来、毎年、スナップショットをアーカイブし、PDBアーカイブに関する研究に役立つデータセットを提供し続けています。

ディレクトリ 20230102は、2023年1月2日時点での199,755件の実験的に決定された 座標ファイルと、関連する実験データを含んでいます。 座標及び関連データのファイルは、PDBx/mmCIFフォーマット、PDBフォーマット、XMLフォーマットファイルで、それぞれご利用頂けます。 各ファイルの日付とタイムスタンプは、そのファイルが最後に更新された日付を表しています。 上記ディレクトリ内のPDBアーカイブのスナップショットのサイズは、1086 GBとなっています。

2023年1月2日現在のEMDBアーカイブ(ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/emdb)のスナップショットは、 ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/emdb_vault/20230102/と、 ftp://snapshots.pdbj.org/20230102/からご利用頂けます。 公開済みエントリー(24,186件）と廃止されたエントリー（262件）に対する、マップファイルとメタデータのXMLファイルを含んでおり、 スナップショットのサイズは、8.9 TBとなっています。

[ wwPDB News ]