ファイルをダウンロードする際に使用されるFTPプロトコルは、HTTP/Sに取って代わられ、年々利用者が減っています。 HTTP/Sには、速度、ステートレス、セキュリティ（HTTPS）、より良いサポートなど、多くの利点があります。 重要なのは、過去2～3年の間に、主要なウェブブラウザ（ChromeとFirefox）がFTPプロトコルのサポートを終了したことで、 一般のユーザーにとっては、FTPプロトコルが事実上廃止されたのです。
インターネット上のファイルダウンロードの大部分がHTTP/Sに移行したことを考慮して、 wwPDBは2024年11月1日にFTPダウンロードプロトコルを廃止する予定です。
これまでwwPDBは、HTTP/SやRSYNCとともにFTPをサポートしてきました。 FTPプロトコルは徐々に廃止され、HTTP/HTTPSプロトコルに移行していきますが、他の2つのプロトコルに比べ付加機能を持つRSYNCプロトコルのサポートは継続します。
以前のニュースでお知らせしたように 、プロトコルに応じたDNS名を導入しました。
wwPDBは、FTPプロトコルの廃止に備えて、2023年9月よりプロトコルに応じて区別した新しいDNS名のみが使用できるようになります。
ご質問等はinfo@wwpdb.orgまで英語でご連絡ください。
[ wwPDB News ]
蛋白質構造データバンク（PDB）はGlobal Biodata Coalition（GBC）が認定する Global Core Biodata Resource（GCBR）の一つに認定されました。 GBCRには、世界中のライフサイエンスおよび生物医学研究にとって長期的に持続性が重要と考えられる 37のリソースが含まれます。
PDBは、Worldwide Protein Data Bank (wwPDB)パートナーシップによって共同運営されている3つのコアアーカイブのうちの1つです。 wwPDBのメンバーであるRCSB蛋白質構造データバンク（RCSB PDB）、欧州蛋白質構造データバンク（PDBe）、 日本蛋白質構造データバンク（PDBj）の 3つの拠点は、アーカイブを管理するため、 登録・バイオキュレーション・データ検証の全てに責任を分担し、PDBアーカイブを世界的に管理しています。
世界中の研究者は、適切にキュレーションされた上で自由に利用できる専門的に管理された研究データリソースに依存している と言っても過言ではありません。 これらのリソースには、保存される一次研究データとしての登録データと、 専門家のキュレーションとアノテーションが施されて、 関連データと紐づけられた付加価値の高いメタデータとが含まれ，研究の進展に幅広く活用されています。
今回選定されたGCBR（GCBRs）は、ライフサイエンス分野のデータ基盤の中で最も重要で， グローバルなデータインフラストラクチャーと位置付けられます。 もしGCBRsに不具合が生じるような事態となれば，世界的な研究に決定的な悪影響を与えるでしょう。 したがってGCBRsは、含まれるデータに世界中の研究者が制限なくアクセスして利用できる環境を整備する必要があります。 これはまさに、PDBアーカイブが50年以上の歴史で守り続けてきた原則でもあります。
GBCは、主要な（政府系）研究資金提供機関が結集しパートナーシップを組んで、現在短期間で不安定な資金調達に頼っている バイオデータリソースを支援し、持続可能な資金調達を可能にする仕組み作りに取り組んでいます。
今回の第１回GCBRsは、世界中のバイオデータリソースを対象に募集が行われて，公正で厳正な2段階の選考プロセスによって選ばれました。 ( Global Core Biodata Resources: Concept and Selection Processをご参照ください)。 60以上のデータリソースが関心を示して応募し、様々な基準で審査が行われました。 選考プロセスの各段階で、候補となるバイオデータリソースに対して、50 人以上の独立した専門家による審査が行われ、 その科学的ビジョンや利用者コミュニティの規模・範囲、サービスの質、運営形態、 世界的な研究への影響を含む一連の基準に対して評価されたことを申し添えます。
[ wwPDB News ]
2022年11月26日(土)、令和4年(2022年)度 日本結晶学会年会にて下記の通りランチョンセミナーを開催します。
2022年10月31日(月)、2022年アジア結晶学会にて下記の通りランチョンセミナーを開催します。
2003年に設立されたWorldwide Protein Data Bank (wwPDB）は、構造生物学データのアーカイブ、管理、一般公開を目的とし、 パブリックドメイン情報の責任ある管理の象徴であるFAIR原則（見つけやすさ、アクセス性、相互運用性、再利用性）を掲げています。
wwPDBの運営は、直近2021年に更新されたwwPDB定款（PDF） により規定されています。更新された規約では、2種類のwwPDBメンバー（正規メンバーおよび準メンバー）が規定されています。
現在のwwPDB正規メンバーには、3つの創設メンバー［Research Collaboratory for Structural Bioinformatics Protein Data Bank (RCSB PDB, 米国)、 Protein Data Bank in Europe (PDBe, イギリス)、Protein Data Bank Japan (PDBj, 日本)] と 2つの専門データリソースメンバー [Biological Magnetic Resonance Bank (BMRB, 米国と日本; 2006年に加盟) と Electron Microscopy Data Bank (EMDB, イギリス; 2021年加盟) ]が含まれています。
正規メンバーは、蛋白質構造データバンク(PDB)、生体磁気共鳴データバンク(BMRB)、電子顕微鏡データバンク(EMDB)を含む3つのwwPDBコアアーカイブを共同で運営しています。 データの安全性とセキュリティ、定期的なアーカイブの更新は、wwPDBの各アーカイブキーパーが主に責任を担っており、 蛋白質構造データバンクはRCSB PDBが、生物学的磁気共鳴バンクはBMRBが、電子顕微鏡データバンクはEMDBが含まれます。
wwPDBは、データの登録やデータへのアクセスにおいて世界的な公平性が重要であること、 wwPDBコアアーカイブの維持における国際的な関与と協力の必要性を認識しています。
更新されたwwPDB定款には準メンバー制度が記載されており、 準メンバーはwwPDBの活動の一部（1つ以上のwwPDBコアアーカイブに保存されているパブリックドメインの構造生物学データに関して 登録、検証、バイオキュレーション、修正、保存、普及）に貢献することが期待されています。 一つ以上のwwPDBコアアーカイブに保存されているパブリックドメインの構造生物学データについて、 登録、検証、バイオキュレーション、修正、保存、および／または普及に関する個々のwwPDB準メンバーの責任は、 すべてのwwPDB正規メンバーの同意が必要です。
wwPDB正規メンバーの判断で、外部組織は、事前協議と適切な注意力に成功し、 十分な技術的専門知識、適切なインフラ、持続可能な資金調達を実証した後、wwPDB準メンバーへの申請を行うことができます。 新しいwwPDB準メンバーを承認する決定は、既存のwwPDB正規メンバーの現在の責任者による全会一致が必要で、 wwPDB諮問委員会の投票権を持つメンバーの単純多数決で支持されなければなりません。
詳細な取り決めは、wwPDB定款（PDF）に記載されています。
[ wwPDB News ]
2022年9月13日(火)、2022年日本バイオインフォマティクス学会年会、第11回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2022）にて下記の通りランチョンセミナーを開催します。
wwPDBは、PDBx/mmCIFワーキンググループと協力して、 PDBおよびCCD（化合物辞書、Chemical Component Dictionary）のIDについて、コードの文字数を将来的に拡張します。 これらの拡張IDを含むエントリーは、従来のPDBファイルフォーマットではサポートされません。 過去のニュースもご覧ください。
現在、CCDエントリーは3文字の英数字で識別されています。 しかし現在の増加率で想定すると、2024年より前に３文字の利用可能な新しいコードがなくなってしまうことが予想されます。 この時点で、wwPDBはOneDepシステムにおいて、CCD IDとして5文字の英数字コードを発行するようになります。 現在の4文字のPDB IDとの混同を避けるため、4文字のコードは使用されません。 従来のPDBフォーマットは制約により新しい5文字のIDコードを表記できませんので、PDBx/mmCIFフォーマットでのみ提供されるようになります。
また、wwPDBでは、CCD IDのうち、01-99、DRG、INH、LIGを予約済みとしてPDBでは使用しないことにしました。 これらの予約コードは、構造決定時に新しいリガンドに使用することで、登録時に新しいリガンドとして識別し、 バイオキュレーションをする際にCCDに新しいコードで追加することができます。
さらにwwPDBは、PDB IDの長さを、例えばpdb_00001abcのように、「pdb」を先頭に持つ8文字に拡張する予定です。 各PDB IDには対応するデジタルオブジェクト識別子（DOI）があり、これは多くの学術誌で原稿を投稿する際に必要とされ、論文に記載されます。 2021年8月以降、新規および再公開されたすべてのエントリーのPDBx/mmCIF形式の原子座標ファイルに、 拡張PDB IDと対応するPDB DOIが含まれるようになりました。
例えば、4文字のPDB ID、1abcで発行されたPDBエントリーは、拡張PDB ID (pdb_00001abc) と対応するPDB DOI (10.2210/pdb1abc/pdb) を持つことになります。 これらはPDBx/mmCIFのdatabase_2カテゴリに記載されています。
loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 1abc pdb_00001abc 10.2210/pdb1abc/pdb
例えば、4文字のPDB IDを全て消費した後に、8文字のPDB ID、pdb_00099xyzでPDBエントリーが発行される場合は以下のようになります。
loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB pdb_00099xyz pdb_00099xyz 10.2210/pdb_00099xyz/pdb
4文字のPDB IDがすべて消費された後、新たに登録されるPDBエントリには拡張PDB IDコードのみが発行され、 PDBエントリはPDBx/mmCIFフォーマットでのみ配布されます。 すでに4文字のPDB IDを持つPDBエントリーは変更されません。
wwPDBはユーザーとソフトウェア開発者に、PDBとCCD IDの長さに関する現在の制限を取り除き、 PDBx/mmCIFフォーマットファイルを使用できるようにコードを見直すよう求めています。 拡張したPDB IDやCCDのIDをもつファイルの例をgithubで公開していますので、コードの修正にお役立てください （https://github.com/wwPDB/extended-wwPDB-identifier-examples） 。 PDBx/mmCIFについての情報は、https://mmcif.wwpdb.org/をご覧ください。
ご質問などは、info@wwpdb.orgまで英語でお問い合わせください。
[ wwPDB ニュース ]
wwPDBでは、PDBアーカイブのデータをダウンロードするときにプロトコルとホスト名の対応をわかりやすくするため、新たなホスト名を導入しました。
詳細は、wwPDBサイトのPDBアーカイブのダウンロードページをご覧ください。
2023年9月より、wwPDBからのダウンロードでは上記更新後のホスト名しか使えなくなり、 別のプロトコル用のホスト名を使ったURL（例：https://ftp.wwpdb.org、ftp://files.wwpdb.org）ではアクセスできなくなります。
プログラムを使ってPDBアーカイブデータをダウンロードしているユーザーは、できるだけ早く新しいホスト名を使ったURLに変更することをお勧めします。 個々のファイルをダウンロードするときは、（FTPよりも）HTTPSプロトコルを使うことを推奨します。
ご質問などがあるときは、info@wwpdb.orgまで英語でお問い合わせください。
[ wwPDB News ]
Starting September 23, wwPDB validation of 3DEM structures for which there is both a model and an EM volume will include the Q-score metric (Pintilie, G., et al., 2020, Nat. Methods). This follows recommendations from the wwPDB/EMDB workshop on cryo-EM data management, deposition and validation in 2020 (white paper in preparation), as well as EM Validation Challenge events (Lawson C., et al., 2020, Struct. Dyn.; Lawson, et al., 2021, Nat. Methods). This will be the first quantitative parameter of residue and chain resolvability for EM maps in wwPDB validation reports and will provide an additional map-model assessment criterion.
The Q-score calculates the resolvability of atoms by measuring similarity of the map values around each atom relative to a Gaussian-like function for a well resolved atom. Q-score of 1 indicates that the similarity is perfect whilst closer to 0 indicates the similarity is low. If the atom is not well placed in the map then a negative Q-score value may be reported. Therefore, Q-score values in the reports will be in a range of -1 to +1.
The wwPDB EM validation reports will provide Q-scores for single particle, helical reconstruction, electron crystallography and subtomogram averaging entries for which both an EM map and coordinate model have been deposited.
Validation reports (PDF files) will contain images of the average per-residue Q-scores color-mapped onto ribbon models with views from three orthogonal directions. Similar images will also be introduced to visualize the per-residue atom-inclusion scores. Comparison of these two sets of images will assist in visual assessment of the model-to-map fit and quality.
The images below show the model with each residue colored according to its Q-score.
Example showing mostly cyan colors indicating Q-score closer to 1 and a good resolvability of atoms
Example showing mostly red colors indicating Q-score closer to 0 and not a good resolvability of atoms
The validation reports will also contain a table of average per-chain values of both metrics (Q-score and atom inclusion) as well as their overall average values for the entire model.
The per-residue and the per-chain average atom-inclusion and Q-score values will also be provided in the mmCIF and XML formatted validation files. The mmCIF categories _pdbx_vrpt_summary_entity_fit_to_map and _pdbx_vrpt_model_instance_map_fitting will be introduced to include both the Q-scores and atom-inclusion values. The existing items, _pdbx_vrpt_summary_entity_geometry.average_residue_inclusion and _pdbx_vrpt_model_instance_geometry.residue_inclusion for atom inclusion will no longer be used.
The PDB Core Archive holds validation reports that assess each 3DEM model in the PDB along with the associated experimental 3D volume in EMDB. Validation reports of 3DEM structures (map and model) can be downloaded at the following wwPDB mirrors:
The EMDB Core Archive holds validation reports that assess each EMDB map/tomogram entry. Validation reports for all EMDB volumes can be downloaded at the following wwPDB mirrors:
Additional information about validation reports is available for EM map+model, EM map-only, and EM tomograms.
If you have any questions or queries about wwPDB validation, please contact us at validation@mail.wwpdb.org.
[ wwPDB News ]
wwPDBとPDBx/mmCIFワーキンググループによる新しい論文では、 PDBアーカイブに不可欠な構造生物学データについて、コミュニティ主導のデータ表現を説明しています。 ファイル規格とガバナンスについて説明し、データ処理とチェックのためのソフトウェアツールについてまとめています。
PDBx/mmCIF Ecosystem: Foundational Semantic Tools for Structural Biology
John D. Westbrook, Jasmine Y. Young, Chenghua Shao, Zukang Feng, Vladimir Guranovic, Catherine L. Lawson, Brinda Vallat, Paul D. Adams, John M. Berrisford, Gerard Bricogne, Kay Diederichs, Robbie P. Joosten, Peter Keller, Nigel W. Moriarty, Oleg V. Sobolev, Sameer Velankar, Clemens Vonrhein, David G. Waterman, Genji Kurisu, Helen M. Berman, Stephen K. Burley, Ezra Peisach
(2022) Journal of Molecular Biology 434: 167599 doi: 10.1016/j.jmb.2022.167599
この論文は、PDBx/mmCIFデータ辞書とフォーマットを確立し、 現代の蛋白質データバンク（PDB）アーカイブ（wwPDB.org）の基礎をつくった John D. Westbrookに捧げるものです。
[ wwPDB News ]
2022年6月9日(木)、第22回日本蛋白質科学会年会にて下記の通りランチョンセミナーを開催します。
2022年5月3日より、PDBアーカイブではPDBx/mmCIF形式で生物学的単位のファイルを提供し、 全てのPDBエントリーの生物学的単位に直接アクセスし、可視化することができるようになりました。
これまでは、PDB形式変換不可(non-PDB compliant)の構造については、PDBx/mmCIF形式の生物学的単位ファイルを提供してきました。 しかし、この座標は、複製されたPDBの鎖名を区別するためにモデル番号を使用します。 この方法は、現在のPDBx/mmCIF形式では理想的ではなく、また必要でもないため、 これまでは、ソフトウェア・ツールでのPDBx/mmCIF形式の生物学的単位ファイルの使用は限られたものとなっていました。 この問題やwwPDB諮問委員会の勧告を受け、wwPDBは、すべてのPDBエントリーの生物学的単位ファイルを作成するために、新しい標準的な方法を実施しました。
新しいPDBx/mmCIF形式の生物学的単位ファイルでは、生物学的単位データの構成が改善されており、ソフトウェア等の使用をサポートしています。 ファイルには、1つのモデル内で対称操作で生成された各鎖のコピーがすべて含まれ、個別の鎖ID (_atom_site.auth_asym_id と _atom_site.label_asym_id) がそれぞれ割り当てられています。 ファイル内の個別の鎖IDは、以下の規則に基づいて生成されています。
また、エンティティID、鎖IDのマッピングカテゴリ（pdbx_entity_remapping と _pdbx_chain_remapping）が追加されます。
新しいPDBx/mmCIF形式の生物学的単位ファイルを配布するために、 新しいディレクトリ (ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/assemblies/mmCIF/)が作成される予定です。 既存のPDB形式変換不可エントリー用の生物学的単位ファイルを格納するディレクトリ (ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/biounit/mmCIF/)は削除されます。
wwPDBは、すべてのPDBユーザーとソフトウェア開発者に、PDBの生物学的単位に関連するコードの見直しと制限がある場合には対処をお願いしています。 生物学的単位のサンプルファイルは、Github(GitHub.com/wwpdb/assembly-mmcif-examples) で公開しています。
ただし、これら生物学的単位ファイルを使用してビューアなどで表示する場合、 お使いの可視化ソフトウェア（PyMol、ChimeraXなど）が原子座標ファイル（_struct_assembly関連カテゴリ）から 直接、生物学的単位の作成をサポートしているかどうかを確認してください。 サポートしている場合は、生物学的単位ファイルを読み込むよりも効率が良いので、生物学的単位ファイルを使用する必要はありません。
ご質問・コメントなどございましたら、info@wwpdb.orgまで、英語でお問い合わせください。
[ wwPDB News ]
PDB50記念のバーチャル号「Protein Data Bank 50th Anniversary Virtual Issue: Featured structural articles from The Journal of Biochemistry」がThe Journal of Biochemistry （JB）誌で公開されました。
このオンラインバーチャル号では、PDB50周年を記念して、1971年以降JB誌に掲載された論文のうち、引用数が多い上位10件、分解能の高い上位5件を取り上げ、JB誌における最初のNMR構造に関する論文2件とデータベースに関する論文1件を合わせて紹介しています。
計算構造モデルに対してPDBx/mmCIFを拡張した ModelCIFがご利用頂けるようになりました。 PDBx/mmCIFは、国際蛋白質構造データバンク（wwPDB）が共同で管理する 蛋白質構造データバンク（PDB）コアアーカイブを支えるデータ標準です。 ModelCIFをサポートするためにpython-modelcif というソフトウェアライブラリが開発され、ModelCIFに準拠したmmCIFファイルの読み書きができるようになりました。
ModelCIFは、計算機で得られた高分子の構造モデルを表現するためのデータ標準を提供します。 これら計算構造モデルは、ホモロジーモデリングにより既存の構造テンプレートから得られる場合と、 ab initioのモデリング手法から得られる場合があります。 ModelCIFデータ標準は、 ModelArchiveやMODBASE、 AlphaFoldDB Protein Structure Databaseで、計算構造モデル用に使用されています。 ModelCIFはSWISS-MODELプロジェクトでも部分的にサポートされており、 近々SWISS-MODEL リポジトリに追加される予定です。
ModelCIFは、wwPDBと計算構造生物学のコミュニティの代表からなる wwPDBのModelCIFワーキンググループ(WG)によって開発・維持されています。 ワーキンググループは、計算構造モデルのアーカイブと可視化のための、共通のデータ標準とソフトウェアツールの開発に重点を置いています。 また、計算モデル化コミュニティにおけるModelCIFデータ標準の採用を促進し、 ModelCIFをサポートするソフトウェアツールの開発にも携わっています。 計算構造モデルを独自のウェブポータルで公開している研究チームは、ModelCIFデータ標準を使用して行い、 3D-Beaconsネットワークに統合することが強く推奨されます。 構造生物学者は、長期保存と一般公開を確実にするために、計算された構造モデルをModelArchiveに登録してください。 計算された構造モデルを関連するメタデータと共に登録する方法についてのガイドラインは、 構造バイオインフォマティクスのための ELIXIRのRDMkitページでもご覧いただけます。
[ wwPDB News ]
CASP (Critical Assessment of protein Structure Prediction) は、来るべきCASP15モデリング実験（2022年5月開始）のターゲットを探しています。CASPコミュニティ実験は、 蛋白質構造モデリングの技術水準を向上させることを目的としています。 1994年以来2年毎に、CASPは、公開間近の実験的構造に関する情報を収集し、配列データを構造モデルコミュニティに伝え、 構造に関するブラインド予測を収集して評価しています。 通常、世界中から約100のモデリンググループが参加しています。 CASP実験の結果は、その分野のリーダー(Independent Assessors) によって評価され、PROTEINS誌の特集号に掲載されます （PROTEINS）。
2020年のCASP14実験に続き、特にAlphaFoldや最近のRosettaFoldによる、蛋白質構造のモデリングにおける深層学習手法の成功について 知らない構造生物学者はいないでしょう。 これらの進歩の結果、計算された蛋白質構造は、より広範な用途に使われるようになってきています。 CASP14以降、蛋白質モデリングコミュニティはこれらの手法の開発を強化し、蛋白質複合体や蛋白質アンサンブルのモデリングにも その適用範囲を広げています。 CASP15では、これらの新しい開発がどの程度成功しているのか、決定的な洞察を得ることができるでしょう。
CASP15の成功は、計算方法を評価するための基礎データとしてターゲットを提供してくれる実験コミュニティの寛容さのおかげです。 これまで150以上の構造決定グループが、1100以上のターゲットをCASPチャレンジに提供してきました。 CASP15では、X線結晶構造解析、低温電子顕微鏡、NMRなどによるあらゆる種類の実験的構造の提出をお願いしていますが、 特に以下のようなものに関心があります。
また、CASPでは、NMR、SAXS、架橋質量分析などの実験グループと共同で、疎な実験データに支援されたモデリングを行う予定です。 そのためには、蛋白質の材料が必要です（これはほとんどのターゲットで想定されていませんが、もしあれば、非常にありがたいです！）。
もし、これらの分野で適切なターゲットをお持ちでしたら、このメールに返信していただくか、 casp@predictioncenter.org までご連絡いただくか、CASP15ターゲットエントリーページ から直接ターゲットをご提案いただければ幸いです。
なお、CASPのターゲット提供者は、定期的にCASP特集号論文への寄稿を依頼されており (例 Computational models in the service of X-ray and cryo-electron microscopy structure determination (2021) Proteins 89: 1633-1646; Target highlights in CASP14: Analysis of models by structure providers (2021) Proteins 89: 1647-1672 )、今後もこの慣習を継続する予定です。
[ wwPDB News ]
PDB50周年の記念号がThe Journal of Biochemistry誌で発刊されました。
以前お知らせした通り、2022年2月25日より、単粒子、単粒子ベースのヘリカル、およびサブトモグラムの平均化再構成法によるエントリーについて、 ハーフマップをEMデータバンク（EMDB）に登録することが必須になりました。 この変更はwwPDB EMDBコアアーカイブに対する長年の要望に応えたものであり、 2020年のwwPDB単粒子クライオ電子顕微鏡データ管理ワークショップ（準備中の論文）からの提言でもあります。 このワークショップで得られたいくつかの提言は、すでにwwPDB OneDepシステムに実装されています。 これには、wwPDB検証レポートの改善や、 登録インターフェイスを介したメタデータの取り込みの強化などが含まれます。
必須のハーフマップは、フィルタなし、マスクなし、シャープニングなしで、一次マップと重なり合うよう同じ座標空間と方向に配置されている必要があります。 ハーフマップの利用は、wwPDBの検証レポートに反映されているように、EM構造の検証の向上に貢献します。
wwPDBは、対象となる様式のクライオ電子顕微鏡処理ソフトウェアの開発者に対して、 （まだサポートされていない場合は）このようなハーフマップの出力をサポートするよう強く求めています。
このポリシーの変更についてご質問などございましたら、info@wwpdb.orgまで英語でお問い合わせください。
[ wwPDB News ]
2022年5月3日より、PDBアーカイブではPDBx/mmCIF形式で生物学的単位のファイルを提供する予定で、 全てのPDBエントリーの生物学的単位に直接アクセスし、可視化することができるようになります。
現在、PDB形式変換不可(non-PDB compliant)の構造については、PDBx/mmCIF形式の生物学的単位ファイルを提供しています。 しかし、この座標は、複製されたPDBの鎖名を区別するためにモデル番号を使用しています。 この方法は、現在のPDBx/mmCIF形式では理想的ではなく、また必要でもないため、 これまでは、ソフトウェア・ツールでのPDBx/mmCIF形式の生物学的単位ファイルの使用は限られたものとなっていました。 この問題やwwPDB諮問委員会の勧告を受け、wwPDBは、すべてのPDBエントリーの生物学的単位ファイルを作成するために、新しい標準的な方法を実施しました。
新しいPDBx/mmCIF形式の生物学的単位ファイルでは、生物学的単位データの構成が改善されており、ソフトウェア等の使用をサポートしています。 ファイルには、1つのモデル内で対称操作で生成された各鎖のコピーがすべて含まれ、個別の鎖ID (_atom_site.auth_asym_id と _atom_site.label_asym_id) がそれぞれ割り当てられています。 ファイル内の個別の鎖IDは、以下の規則に基づいて生成されています。
また、エンティティID、鎖IDのマッピングカテゴリ（pdbx_entity_remapping と _pdbx_chain_remapping）が追加されます。
新しいPDBx/mmCIF形式の生物学的単位ファイルを配布するために、 新しいディレクトリ (ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/assemblies/mmCIF/)が作成される予定です。 既存のPDB形式変換不可エントリー用の生物学的単位ファイルを格納するディレクトリ (ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/biounit/mmCIF/)は削除されます。
wwPDBは、すべてのPDBユーザーとソフトウェア開発者に、PDBの生物学的単位に関連するコードの見直しと制限がある場合には対処をお願いしています。 生物学的単位のサンプルファイルは、Github(GitHub.com/wwpdb/assembly-mmcif-examples) で公開しています。
ただし、これら生物学的単位ファイルを使用してビューアなどで表示する場合、 お使いの可視化ソフトウェア（PyMol、ChimeraXなど）が原子座標ファイル（_struct_assembly関連カテゴリ）から 直接、生物学的単位の作成をサポートしているかどうかを確認してください。 サポートしている場合は、生物学的単位ファイルを読み込むよりも効率が良いので、生物学的単位ファイルを使用する必要はありません。
ご質問・コメントなどございましたら、info@wwpdb.orgまで、英語でお問い合わせください。
[ wwPDB News ]
2022年1月3日現在のPDBアーカイブ (wwPDB:ftp://ftp.wwpdb.org、 PDBj:ftp://ftp.pdbj.org)のスナップショットを、スナップショットサイト （wwPDB:ftp://snapshots.wwpdb.org、PDBj:ftp://snapshots.pdbj.org"）に追加しました。 2005年以来、毎年、スナップショットをアーカイブし、PDBアーカイブに関する研究に役立つデータセットを提供し続けています。
ディレクトリ 20220103は、2022年1月3日時点での185,541件の実験的に決定された座標ファイルと、 関連する実験データを含んでいます。 座標及び関連データのファイルは、PDBx/mmCIFフォーマット、PDBフォーマット、XMLフォーマットファイルで、それぞれご利用頂けます。 各ファイルの日付とタイムスタンプは、そのファイルが最後に更新された日付を表しています。 上記ディレクトリ内のPDBアーカイブのスナップショットのサイズは、923 GBとなっています。
2022年1月3日現在のEMDBアーカイブ(ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/emdb)のスナップショットは、 ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/emdb_vault/20220103/と、 ftp://snapshots.pdbj.org/20220103/からご利用頂けます。 公開済みエントリー(18,059件）と廃止されたエントリー（254件）に対する、マップファイルとメタデータのXMLファイルを含んでおり、 スナップショットのサイズは、4.5 TBとなっています。
[ wwPDB News ]
230744
件を2025-01-29に公開中
