wwPDBは、PDB Exchange Dictionaryのバージョン4.0に準拠した新しいバージョンのファイルを、2011年7月13日に公開します。

本改善には、生物学的単位、残留B因子、ペプチド阻害剤、抗生物質、非標準の結晶フレームを含む複雑な問題が含まれています。 見直し及びその結果行った変更・修正の詳細な説明は、 Description of the review and resulting changes and corrections (PDF) をご覧ください。本公開によって、バージョンが更新され、改訂ログが付与されます。

PDB形式のファイルは、本修正で変更のあったエントリーのみ(17000未満)が更新されます。PDB形式のファイルには、本変更によりバージョン3.3が付与されます。PDBx/mmCIFとPDBML/XML形式のファイルは全て、新しいスキーマが反映されて更新されます。データの如何なる変更も、PDBX_VERSIONデータカテゴリと本公開に対する改訂ログに記録されます。

2011年7月13日以降は、新規に公開されるエントリや更新されるエントリは全て、更新された形式(PDBx/PDBMLバージョン4.0とPDBファイル形式3.3)に従います。wwPDB FTPのローカルコピーを保持するユーザは、rsyncによって、新しいファイルをダウンロードできます。 (詳細は、 http://www.pdbj.org/pdbj_archive_j.html 又は http://www.wwpdb.org/downloads.html を参照して下さい)。

本アーカイブ公開前のタイムスタンプスナップショットは、 ftp://snapshots.pdbj.org/ 又は ftp://snapshots.rcsb.org/ から取得できます。

これらのデータには、世界中のユーザーに正確で詳細なデータを提供するというwwPDBの継続的な方針が示されています。

新しいPDBMLplusスキーマ（pdbMLplus_v40.xsd） を公開しました。詳細は ヘルプページ をご覧下さい。

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PDBML (ver 4.0)をパースできるjVの最新版(jV4.0)がリリースされました。jV 4.0 より以前の版では、PDBML (ver 4.0)をパースできないことがありますので、ご注意ください。最新版は こちら からダウンロードしてお使い下さい。

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wwPDBは、PDB Exchange Dictionaryのバージョン4.0に準拠した新しいバージョンのファイルを公開しました。
新しいバージョンは、 PDB Exchange Dictionary v.4.0 に準拠し、生物学的単位、残留B因子、ペプチド阻害剤、抗生物質、非標準の結晶フレームを含む複雑な問題の改善結果が反映されています。

見直し及びその結果行った変更・修正の説明は、 Description of the review and resulting changes and corrections (PDF) をご覧ください。また、各エントリの変更内容は改訂ログ ( XLS and CSV )に列挙されています。

PDB形式のファイルは、本修正で変更のあったエントリーのみ(17000未満)が更新されます。PDB形式のファイルには、本変更によりバージョン3.3が付与されます。PDBx/mmCIFとPDBML/XML形式のファイルは全て、新しいスキーマが反映されて更新されます。データの如何なる変更も、PDBX_VERSIONデータカテゴリと本公開に対する改訂ログに記録されます。

2011年7月13日以降は、新規に公開されるエントリや更新されるエントリは全て、更新された形式(PDBx/PDBMLバージョン4.0とPDBファイル形式3.3)に従います。wwPDB FTPのローカルコピーを保持するユーザは、rsyncによって、新しいファイルをダウンロードできます。(手順は PDBjウェブサイトの “ PDB Archive/Snapshot Archive ” または、 http://www.wwpdb.org/downloads.html をご覧ください)。

本アーカイブ公開前のタイムスタンプスナップショットは、 ftp://snapshots.pdbj.org/ 又は ftp://snapshots.rcsb.org/ から取得できます。

これらのデータには、世界中のユーザーに正確で詳細なデータを提供するというwwPDBの継続的な方針が示されています。

新しいPDBMLplusスキーマ を公開しました。詳細は ヘルプページ をご覧下さい。

PDBアーカイブの バージョン4.0 が、2011年の夏に公開されます。( wwPDBニュース... )

2011年1月15日(JST)より、次週に公開が予定されているPDB ID一覧を、事前にお知らせします（ wwPDBニュース... ）

PDB/RDFサービス を始めました。詳細は ヘルプページ をご覧ください。

EMデータバンクがPDBアーカイブに追加されます
三次元電子顕微鏡法によって決定したマップの一次アーカイブ、EMデータバンク(EMDB)が、2012年3月7日にPDBアーカイブに追加されます。

EMDBの wwPDB への統合によって、3DEMの結果は全て、一つのアーカイブに追加されます。 wwPDBは、様々な実験手法を網羅するようなCommon DepositionAnnotation Toolの開発を進めており、EMDBの統合は、DA Toolの開発において重要なステップとなります。

EMDBデータの追加によって、wwPDBアーカイブのサイズは現在の130GBからおよそ180GBへ増加します。wwPDBアーカイブのミラーサイトを運営されている方々は、データの増加に応じて容量を増やす必要がありますので、ご注意ください。

3DEMデータの利用者にとっての主な影響は、マップをダウンロードする場所(URL)が変更される点ですが、登録者には直接の影響はなく、マップとモデルの登録は、これまで通りEMdataBankで行います。 3DEMマップの登録にはEMDB IDが付与され、座標エントリの登録にはPDB IDが付与されます。

EMDBの統合とデータへのアクセス方法の詳細は http://wwpdb.org/em/ をご覧ください。