FTPサイトのディレクトリ構造を変更します

「 ダウンロード 」のページでもお知らせしておりますとおり、remediation project適用前の20070731スナップショットは当面の間上記URLで入手可能としておりました。同スナップショットは、現在では PDBjスナップショットサイト から入手可能であることから、同スナップショットを削除した上で、以下のとおりディレクトリ構造を変更致します。

変更前

現在のPDBアーカイブ

ftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/ v3/ pub/pdb/

remediation project適用前の20070731スナップショット

ftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/pub/pdb/

2009-01-27以降

現在のPDBアーカイブ

ftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/ v3/ pub/pdb/

remediation project適用前の20070731スナップショット

ftp://snapshots.pdbj.org/20070731/

なお、バージョン3.15アーカイブの公開後は以下のように変更されます。

バージョン3.15 PDBアーカイブ

ftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/pub/pdb/

remediation project適用前の20070731スナップショット

ftp://snapshots.pdbj.org/20070731/

現在のftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/v3/は、変更後のftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/へのシンボリックリンクとして、当面の間維持されます。PDBjのPDBアーカイブを利用したサービス/ソフトウェア等を提供されている方におかれましては、お手数をおかけ致しますが、何卒ご理解の上、対応戴きますようお願い致します。

バージョン3.15アーカイブの公開時期については、後日お知らせ致します。

PDBアーカイブバージョン3.15が、2009年3月18日に公開されます

wwPDBは、2009年3月18日 (日本時間) の更新で、新たに標準化し拡張されたバージョンのPDBアーカイブを ftp://ftp.protein.osaka-u.ac.jp/ および ftp://ftp.wwpdb.org/ で公開します。

2008年12月2日以前に公開されたファイルは、PDBフォーマット バージョン3.15に準拠します。それ以降に公開されたファイルは、PDBフォーマット バージョン3.20に準拠します。フォーマットに関する文書は http://www.wwpdb.org/docs.html をご覧ください。

本リリース前のタイムスタンプスナップショットは、 ftp://snapshots.pdbj.org/ および ftp://snapshot.wwpdb.org/ から入手可能となる予定です。

wwPDBのFTPのローカルコピーを作成しているユーザーは、アーカイブ全体をダウンロードする必要があります。手順は PDBjウェブサイトの PDB Archive/Snapshot Archive または、 http://www.wwpdb.org/downloads.html をご覧ください。また、 PDBjのFTPサイト からローカルコピーを作成しているユーザーは、 2009-01-23のニュース も併せてご覧ください。

これらのデータは、世界中のユーザーにデータを正確かつ詳細に提供する上で、 wwPDBの継続的コミットメントを反映しています。

ご質問は、PDBjの 「 お問い合わせ 」または info@wwpdb.org にお寄せください。

PDBアーカイブ バージョン3.15が公開されました

新しく標準化と拡張がされたバージョンのPDBアーカイブが ftp://ftp.protein.osaka-u.ac.jp/ および ftp://ftp.wwpdb.org/ で公開されました。

2008年12月2日以前に公開されたファイルはPDBフォーマット バージョン3.15準拠で、それ以降に公開されたファイルはバージョン3.2準拠で公開されます。

本アーカイブ公開前のタイムスタンプ スナップショットは、 ftp://snapshots.pdbj.org/ および ftp://snapshots.rcsb.org/ の20090316ディレクトリからから入手できます。

wwPDBのFTPのローカルコピーを作成しているユーザーは、アーカイブ全体をダウンロードする必要があります。手順は PDBjウェブサイトの “ PDB Archive/Snapshot Archive ” または、 http://www.wwpdb.org/downloads.html をご覧ください。また、 PDBjのFTPサイト からローカルコピーを作成しているユーザーは、 2009-01-23のニュース も併せてご覧ください。

これらのデータは、世界中のユーザーにデータを正確かつ詳細に提供する上での、 wwPDBの継続的コミットメントを反映しています。 本リリースには、ポリマーやそれに結合するリガンドの化学, 生物学的会合状態, リガンドや金属イオンの結合サイトに関する改善や拡張が含まれています。 概要 はwwPDBのウェブサイトで提供されています。

ご質問は、PDBjの 「 お問い合わせ 」または info@wwpdb.org にお寄せください。

2009年10月14日（水）から、wwPDBでは、毎週のデータアプデートを、原則として、日本時間の毎水曜日午前9時（UTC0時）に行います。
このデータ更新は、米国のRCSB-PDB、欧州のPDBe、PDBjにおいて、同時刻に行われます。

---

2009年10月14日（水）から、PDBjにおけるデータ検索システムとして新たに開発した「 PDBj Mine 」の稼動を始めます。
PDBj Mineは、relational DBを用いているため、XPath/XQueryの利用はできなくなります。また、これまでの検索システム「xPSSS」も、しばらくの間はご利用できます。

wwPDBのFTPサイトについての変更がありましたので、 wwPDBのページ に、"The advisory notice"として掲載されております。 （2009年9月25日）

2009年10月22日（木）から、PDBjでは、主要なページおよびデータ登録に関するページについて、 繁体中国語 のページを公開しました。

2009年11月25日（水）から、PDBjのデータ検索システムxPSSSは、PDBj Mineに統合されます。

2009年10月14日より、PDBjで開発してまいりましたデータ検索システムを、従来のNative XML-DBを利用する方法（xPSSS）から、 RDB (PostgreSQL)を利用する方式に変更し、PDBj Mineという名称で運営を始めております。

2009年11月25日午前9時以降は、これまでのデータ検索ビューア「xPSSS」に対するアクセスは、自動的にPDBj Mineへのアクセスに切り替わります。ただし、PDBj MineはRDBですので、XQueryと XPathを用いた検索は実施できません。そのため、xPSSSは今後とも稼働を続け、XQueryとXPath による検索は、従来通りxPSSSサーバxPSSS、 http://service.pdbj.org/xPSSS/ にて行われるようにしております。