5V58

Crystal structure of human prolyl-tRNA synthetase in complex with Aze-SA

5V58 の概要

関連するPDBエントリー5V59
分子名称Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase, 5'-O-{[(2S)-azetidine-2-carbonyl]sulfamoyl}adenosine, ZINC ION, ... (4 entities in total)
機能のキーワードligase, aminoacyl-trna synthetase, non-proteinogenic amino acids
由来する生物種Homo sapiens (Human)
細胞内の位置Cytoplasm, cytosol  P07814
ポリマー鎖数1
分子量合計59558.27
構造登録者
Zhou, H.,Song, Y.,Schimmel, P. (登録日: 2017-03-13, 公開日: 2018-01-10)
主引用文献
Song, Y.,Zhou, H.,Vo, M.N.,Shi, Y.,Nawaz, M.H.,Vargas-Rodriguez, O.,Diedrich, J.K.,Yates, J.R.,Kishi, S.,Musier-Forsyth, K.,Schimmel, P.
Double mimicry evades tRNA synthetase editing by toxic vegetable-sourced non-proteinogenic amino acid.
Nat Commun, 8:2281-2281, 2017
PubMed: 29273753 (主引用文献が同じPDBエントリー)
DOI: 10.1038/s41467-017-02201-z
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実験手法
X-RAY DIFFRACTION (2.59 Å)
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構造検証レポート

RfreeClashscoreRamachandran outliersSidechain outliersRSRZ outliers0.270103.3%3.6%MetricValuePercentile RanksWorseBetterPercentile relative to all X-ray structuresPercentile relative to X-ray structures of similar resolution
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(*)表面構造(coarse surface)で表現されている場合、非対称単位は、赤色のリボンモデルで表示されています。
生物学的単位の座標ファイル (5v58.pdb1.gz [152.97 KB])