PDBjサービスについて
PDBj ではPDBデータに基づき下記のサービスを提供しています。
- データ登録
- ダウンロード
- 新フォーマット
-
検索サービス
- PDB検索( PDBj Mine )
- PDB詳細検索
- 巨大構造エントリー (巨大構造エントリーの一覧を検索)
- 化合物検索 (化合物エントリを検索)
- BMRB検索 (NMR特有のデータを収めたBMRBエントリーを検索)
- Sequence Navigator (類似配列を検索)
- Structure Navigator (類似構造を検索)
- EM Navigator (電子顕微鏡による分子立体構造の閲覧サービス)
- Omokage検索 (似た形状をもつ生体超分子を検索)
- wwPDB/RDF (RDF形式のPDB情報を検索)
- SeSAW (配列と構造に基づく機能情報提供)
- GIRAF (類似リガンド結合部位を持つ分子を検索)
- 最新の公開エントリー (最新の新規/更新公開されたエントリーを検索)
- 未公開エントリーのステータス(登録データの公開状況を検索)
-
分子ビューア
- jV (PDBj Viewer、分子視覚化し対話的操作するソフトウェア)
- Molmil分子ビューア (ウェブ環境で利用するためにPDBjで開発した、新しい3次元構造ビューア)
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サービス&ソフトウェア
- 万見 (Yorodumi)(生体分子の3次元構造を気軽に眺めて、見て、動かして、回して、学んで、楽しむためのウェブページ)
- ASH (分子の立体構造類似度を算出するプログラム)
- MAFFTash (配列と構造の両方をみて分子の類似度を算出するツール)
- NMRToolBox(NMRの登録やデータの評価などに役立つツール)
- gmfit(原子モデルやや密度マップを重ね合わせるプログラム)
- CRNPRED (アミノ酸配列に基づく立体構造予測)
- Spanner (構造既知の類似配列分子と利用して立体構造予測)
- SFAS (配列比較と構造予測を組み合わせたサービス)
- HOMCOS(複合体の3次元構造検索・作成サービス)
-
二次データベース
- eF-site (蛋白質の機能部位に関する電子表面形状データベース)
- eF-surf (分子の静電ポテンシャルと分子表面を計算)
- eF-seek (類似リガンド結合部位を検索)
- ProMode Elastic(PDBデータの基準振動解析結果のデータベース)
- hGTOP (ヒト、マウス、ラットのゲノムに含まれる蛋白質をアノテーションしたデータベース)
- 教材
作成日: 2016-12-12 (最終更新日: more than 1 year ago)