PDBjサービスについて

PDBj ではPDBデータに基づき下記のサービスを提供しています。

• データ登録
  • PDBへの登録 （X線結晶構造・電子顕微鏡（EM）構造・NMR構造の登録）【チュートリアル】
• ダウンロード
  • PDBアーカイブからのデータダウンロード
• 新フォーマット
  • PDBx/mmCIFについて
  • フォーマット変換
• 検索サービス
  • PDB検索（ PDBj Mine ）
  • PDB詳細検索
  • 巨大構造エントリー (巨大構造エントリーの一覧を検索)
  • 化合物検索 (化合物エントリを検索)
  • BMRB検索 (NMR特有のデータを収めたBMRBエントリーを検索)
  • Sequence Navigator （類似配列を検索）
  • Structure Navigator （類似構造を検索）
  • EM Navigator （電子顕微鏡による分子立体構造の閲覧サービス）
  • Omokage検索 （似た形状をもつ生体超分子を検索）
  • wwPDB/RDF （RDF形式のPDB情報を検索）
  • SeSAW （配列と構造に基づく機能情報提供）
  • GIRAF （類似リガンド結合部位を持つ分子を検索）
  • 最新の公開エントリー (最新の新規/更新公開されたエントリーを検索)
  • 未公開エントリーのステータス（登録データの公開状況を検索）
• 分子ビューア
  • jV （PDBj Viewer、分子視覚化し対話的操作するソフトウェア）
  • Molmil分子ビューア (ウェブ環境で利用するためにPDBjで開発した、新しい3次元構造ビューア)
• サービス＆ソフトウェア
  • 万見 (Yorodumi)（生体分子の3次元構造を気軽に眺めて、見て、動かして、回して、学んで、楽しむためのウェブページ）
  • ASH （分子の立体構造類似度を算出するプログラム）
  • MAFFTash （配列と構造の両方をみて分子の類似度を算出するツール）
  • NMRToolBox（NMRの登録やデータの評価などに役立つツール）
  • gmfit（原子モデルやや密度マップを重ね合わせるプログラム）
  • CRNPRED （アミノ酸配列に基づく立体構造予測）
  • Spanner （構造既知の類似配列分子と利用して立体構造予測）
  • SFAS （配列比較と構造予測を組み合わせたサービス）
  • HOMCOS（複合体の３次元構造検索・作成サービス）
• 二次データベース
  • eF-site （蛋白質の機能部位に関する電子表面形状データベース）
  • eF-surf （分子の静電ポテンシャルと分子表面を計算）
  • eF-seek （類似リガンド結合部位を検索）
  • ProMode Elastic（PDBデータの基準振動解析結果のデータベース）
  • hGTOP (ヒト、マウス、ラットのゲノムに含まれる蛋白質をアノテーションしたデータベース)
• 教材
  • eProtS（蛋白質構造百科事典）
  • 今月の分子（話題の事項に関わる分子を紹介する記事）
  • 万見プライム（生体分子を気軽に見るページ「万見」を、より一般向けにしたもの）
  • 過去の講習会 (過去に行われた講習会の講演資料などを掲載）
  • PDBj ゲーム (アミノ酸のスネークゲームとアミノ酸・たんぱく質の神経衰弱ゲーム)
  • ペーパーモデル (紙を使って分子を作る)