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Yorodumi- PDB-6q5r: Crystal structure of a CC-Hex mutant that forms an antiparallel f... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6q5r | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Title | Crystal structure of a CC-Hex mutant that forms an antiparallel four-helix coiled coil CC-Hex*-LL-KgEb | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components | CC-Hex*Keywords | DE NOVO PROTEIN / coiled coil / tetramer / synthetic / antiparallel / cc-hex | Biological species | synthetic construct (others) | Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.61 Å | Authors | Beesley, J.L. / Rhys, G.G. / Wood, C.W. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N. | Funding support | United Kingdom, Belgium, 5items |
Citation | Journal: J.Am.Chem.Soc. / Year: 2019 | Title: Navigating the Structural Landscape of De Novo alpha-Helical Bundles. Authors: Rhys, G.G. / Wood, C.W. / Beesley, J.L. / Zaccai, N.R. / Burton, A.J. / Brady, R.L. / Thomson, A.R. / Woolfson, D.N. History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6q5r.cif.gz | 151.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6q5r.ent.gz | 129.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6q5r.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6q5r_validation.pdf.gz | 508.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6q5r_full_validation.pdf.gz | 513.5 KB | Display | |
Data in XML | 6q5r_validation.xml.gz | 17.8 KB | Display | |
Data in CIF | 6q5r_validation.cif.gz | 26.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/6q5r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/6q5r | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6q5hC 6q5iC 6q5jC 6q5kC 6q5lC 6q5mC 6q5nC 6q5oC 6q5pC 6q5qC 6q5sC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein/peptide | Mass: 3234.871 Da / Num. of mol.: 12 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.57 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.63 M ammonium sulfate, 0.1 M lithium sulfate, 50 mM Tris |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I24 / Wavelength: 0.9686 Å | |||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 15, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9686 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.61→42.34 Å / Num. obs: 43409 / % possible obs: 97.1 % / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 14.89 Å2 / CC1/2: 0.945 / Rmerge(I) obs: 0.173 / Rpim(I) all: 0.173 / Rrim(I) all: 0.244 / Χ2: 0.75 / Net I/σ(I): 4.8 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Redundancy: 3.4 %
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.61→39.974 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / Phase error: 25.47 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.61→39.974 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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