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Yorodumi- PDB-6h6m: CR10 murine norovirus protruding domain in complex with the CD300... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6h6m | ||||||
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Title | CR10 murine norovirus protruding domain in complex with the CD300lf receptor and glycochenodeoxycholate (GCDCA) | ||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN / CR10 / sCD300lf / GCDCA / bile acid / glycochenodeoxycholate | ||||||
Function / homology | Function and homology information interleukin-13-mediated signaling pathway / negative regulation of MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of apoptotic cell clearance / interleukin-4 receptor binding / positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / negative regulation of mast cell activation / ceramide binding / positive regulation of apoptotic cell clearance / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / phosphatidylserine binding ...interleukin-13-mediated signaling pathway / negative regulation of MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of apoptotic cell clearance / interleukin-4 receptor binding / positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / negative regulation of mast cell activation / ceramide binding / positive regulation of apoptotic cell clearance / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / phosphatidylserine binding / osteoclast differentiation / virus receptor activity / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Murine norovirus GV/CR10/2005/USA Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.38 Å | ||||||
Authors | Kilic, T. / Hansman, G.S. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structures of murine norovirus protruding domain with conjugated bile acid reveal a novel binding pocket. Authors: Kilic, T. / Koromyslova, A. / Malak, V. / Hansman, G.S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6h6m.cif.gz | 564.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6h6m.ent.gz | 466.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6h6m.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6h6m_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6h6m_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | 6h6m_validation.xml.gz | 54.9 KB | Display | |
Data in CIF | 6h6m_validation.cif.gz | 75.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/6h6m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/6h6m | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6h6lC 5or7S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 6 molecules ABCDEF
#1: Protein | Mass: 33138.375 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Murine norovirus GV/CR10/2005/USA / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A7YK37 #2: Protein | Mass: 12554.189 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Cd300lf, Clm1, Lmir3 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q6SJQ7 |
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-Non-polymers , 6 types, 536 molecules
#3: Chemical | ChemComp-CHO / #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | ChemComp-NA / #6: Chemical | ChemComp-PEG / | #7: Chemical | ChemComp-PGE / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.09 Å3/Da / Density % sol: 60.21 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.1 M Citric Acid pH 4.0, 30%(w/v) PEG 6000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID30B / Wavelength: 0.97472 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 1, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97472 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.38→46.66 Å / Num. obs: 75003 / % possible obs: 97.94 % / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 31.86 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.1066 / Rpim(I) all: 0.06797 / Rrim(I) all: 0.1268 / Net I/σ(I): 8.74 |
Reflection shell | Resolution: 2.38→2.47 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.539 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 6866 / CC1/2: 0.794 / Rpim(I) all: 0.3468 / Rrim(I) all: 0.6427 / % possible all: 89.99 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5OR7 Resolution: 2.38→46.66 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 23.94
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.38→46.66 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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