PDB-4am6: C-TERMINAL DOMAIN OF ACTIN-RELATED PROTEIN ARP8 FROM S. CEREVISIAE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4am6

タイトル

C-TERMINAL DOMAIN OF ACTIN-RELATED PROTEIN ARP8 FROM S. CEREVISIAE

要素

ACTIN-LIKE PROTEIN ARP8

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / CHROMATIN REMODELLING COMPLEX / ATP-BINDING PROTEIN / NUCLEAR ACTIN-RELATED PROTEIN / TRANSCRIPTION REGULATION / DNA REPAIR

機能・相同性

機能・相同性情報

Ino80 complex / mitotic recombination / double-strand break repair / cytoskeleton / chromatin remodeling / DNA repair / mRNA binding / DNA damage response / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Wuerges, J. / Saravanan, M. / Bose, D. / Cook, N.J. / Zhang, X. / Wigley, D.B.

引用

ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2012
タイトル: Interactions between the nucleosome histone core and Arp8 in the INO80 chromatin remodeling complex.
著者: Matheshwaran Saravanan / Jochen Wuerges / Daniel Bose / Elizabeth A McCormack / Nicola J Cook / Xiaodong Zhang / Dale B Wigley /

要旨: Actin-related protein Arp8 is a component of the INO80 chromatin remodeling complex. Yeast Arp8 (yArp8) comprises two domains: a 25-KDa N-terminal domain, found only in yeast, and a 75-KDa C-terminal ...

履歴

登録	2012年3月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年12月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月16日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2013年3月6日	Group: Data collection
改定 1.3	2019年11月13日	Group: Data collection / Database references / Other / カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_database_status Item: _pdbx_database_related.content_type / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.4	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4am6.cif.gz	519.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4am6.ent.gz	434.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4am6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4am6_validation.pdf.gz	466.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4am6_full_validation.pdf.gz	522 KB	表示
XML形式データ	4am6_validation.xml.gz	48.8 KB	表示
CIF形式データ	4am6_validation.cif.gz	65.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/4am6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/4am6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2224C 2225C 4am7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4am7-1 5cfc-d 4am7-2 7r1r-1 3pbp-2 6ezt-1 5cfd-d 6ezr-2 6mzi-d 4amb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (3) #18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (3) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (3)

登録構造単位

A: ACTIN-LIKE PROTEIN ARP8

B: ACTIN-LIKE PROTEIN ARP8

ヘテロ分子

150 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ACTIN-LIKE PROTEIN ARP8

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ACTIN-LIKE PROTEIN ARP8

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	138.200, 87.859, 149.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.40, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASN	ASN	TRP	TRP	5	A	A	263 - 301	37 - 75
2	1	ASN	ASN	TRP	TRP	5	B	B	263 - 301	37 - 75
1	2	LEU	LEU	GLU	GLU	6	A	A	302 - 318	76 - 92
2	2	LEU	LEU	GLU	GLU	6	B	B	302 - 318	76 - 92
1	3	GLN	GLN	MET	MET	5	A	A	319 - 338	93 - 112
2	3	GLN	GLN	MET	MET	5	B	B	319 - 338	93 - 112
1	4	ARG	ARG	ARG	ARG	6	A	A	339 - 391	113 - 165
2	4	ARG	ARG	ARG	ARG	6	B	B	339 - 391	113 - 165
1	5	CYS	CYS	PRO	PRO	5	A	A	392 - 442	166 - 216
2	5	CYS	CYS	PRO	PRO	5	B	B	392 - 442	166 - 216
1	6	THR	THR	CYS	CYS	4	A	A	443 - 489	217 - 263
2	6	THR	THR	CYS	CYS	4	B	B	443 - 489	217 - 263
1	7	CYS	CYS	SER	SER	4	A	A	499 - 555	273 - 329
2	7	CYS	CYS	SER	SER	4	B	B	499 - 555	273 - 329
1	8	LYS	LYS	PHE	PHE	5	A	A	556 - 584	330 - 358
2	8	LYS	LYS	PHE	PHE	5	B	B	556 - 584	330 - 358
1	9	MET	MET	GLU	GLU	6	A	A	585 - 594	359 - 368
2	9	MET	MET	GLU	GLU	6	B	B	585 - 594	359 - 368
1	10	LYS	LYS	GLN	GLN	5	A	A	595 - 686	369 - 460
2	10	LYS	LYS	GLN	GLN	5	B	B	595 - 686	369 - 460
1	11	ASP	ASP	LEU	LEU	6	A	A	687 - 696	461 - 470
2	11	ASP	ASP	LEU	LEU	6	B	B	687 - 696	461 - 470
1	12	LYS	LYS	SER	SER	5	A	A	697 - 759	471 - 533
2	12	LYS	LYS	SER	SER	5	B	B	697 - 759	471 - 533
1	13	SER	SER	HIS	HIS	6	A	A	760 - 823	534 - 597
2	13	SER	SER	HIS	HIS	6	B	B	760 - 823	534 - 597
1	14	ILE	ILE	ASN	ASN	6	A	A	824 - 837	598 - 611
2	14	ILE	ILE	ASN	ASN	6	B	B	824 - 837	598 - 611
1	15	PRO	PRO	TYR	TYR	5	A	A	838 - 881	612 - 655
2	15	PRO	PRO	TYR	TYR	5	B	B	838 - 881	612 - 655

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.67739, 0.08674, 0.7305), (0.71762, -0.29631, -0.63026), (0.16179, 0.95114, -0.26297)
ベクター: -45.36862, 105.17695, -35.30404)

#1: タンパク質	ACTIN-LIKE PROTEIN ARP8 分子量: 74813.469 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 248-881 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NUCLEOTIDE-FREE STATE OF THE PROTEIN 由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) 株: W303-1A / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI B (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q12386
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	SULFATE ION (SO4): TWO SULPHATE IONS ARE LOCATED IN THE NUCLEOTIDE-BINDING SITE OF CHAIN A
配列の詳細	THE CRYSTALLISED PROTEIN CONTAINS THE ARP8 C-TERMINAL DOMAIN FROM RESIDUE 248 TO 881 AND A N- ...THE CRYSTALLISED PROTEIN CONTAINS THE ARP8 C-TERMINAL DOMAIN FROM RESIDUE 248 TO 881 AND A N-TERMINAL EXPRESSION- TAG, COMPRISING RESIDUES MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHM

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 57 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 詳細: 18% W/V PEG 5000 MME, 0.28 M LI2SO4, 0.1 M NA-CACODYLATE PH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9763
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月12日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→29 Å / Num. obs: 44062 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 83.265 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 20.7
反射シェル	解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0088	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.7→28.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.892 / SU B: 34.253 / SU ML: 0.322 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.649 / ESU R Free: 0.388 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. N-TERMINAL TAG AND RESIDUES 248 TO 258 OF ARP8 HAVE NOT BEEN LOCATED IN THE ELECTRON DENSITY MAP.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28642	2190	5 %	RANDOM
R_work	0.2228	-	-	-
obs	0.226	41860	98.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 86.485 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.06 Å²	0 Å²	0.44 Å²
2-	-	2.53 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→28.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10072	0	10	32	10114

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	10306
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.841	1.958	13980
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.881	5	1244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.944	25.412	510
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	23.675	15	1838
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.128	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.133	0.2	1558
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	7818
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.763	1.5	6250
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.433	2	10196
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.012	3	4056
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.257	4.5	3784
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	2173	medium positional	0.41	0.5
2	B	2173	medium positional	0.41	0.5
1	A	2771	loose positional	1.37	5
2	B	2771	loose positional	1.37	5
1	A	2173	medium thermal	3.37	2
2	B	2173	medium thermal	3.37	2
1	A	2771	loose thermal	3.48	10
2	B	2771	loose thermal	3.48	10

LS精密化シェル

解像度: 2.701→2.771 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.396	148	-
R_work	0.424	2901	-
obs	-	-	93.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.381	-0.9779	0.4367	3.2985	-0.0647	3.0194	0.2323	-0.362	0.0427	0.1002	-0.4569	0.4481	-0.002	-0.3252	0.2247	0.0908	-0.0659	0.0417	0.1971	-0.1806	0.315	-116.2877	7.5903	-9.1342
2	3.4204	-0.2073	-0.2935	4.3455	-1.5844	4.2099	0.1088	0.5457	-0.2514	-0.3015	0.1963	0.3064	0.1262	-0.443	-0.305	0.2123	0.1953	-0.0662	0.3717	-0.051	0.1431	-129.9944	24.9404	-44.4944
3	5.3675	0.9208	1.7036	7.6145	-0.102	10.2002	0.3417	0.7846	0.0019	-0.6138	-0.4602	0.0251	0.1052	0.6643	0.1185	0.1782	0.1665	-0.0658	0.2376	-0.0887	0.1884	-113.666	3.5589	-33.657
4	9.2484	-3.6283	-2.4993	5.5453	1.952	3.0837	0.0158	0.6391	0.6712	0.1148	0.3815	0.1349	-0.4944	-0.7177	-0.3973	0.4465	0.4537	0.1422	0.6893	0.2541	0.318	-145.7344	44.3656	-40.4394
5	4.3395	-1.1333	0.2273	2.2184	0.4262	2.3069	0.1326	-0.5931	-0.2659	0.2236	-0.2712	0.0872	0.202	0.1424	0.1386	0.1762	-0.0777	0.0165	0.2856	0.1551	0.2527	-93.8361	-4.0985	-1.4436
6	3.6319	-0.1864	-1.7556	4.7258	-1.0484	4.4435	0.094	0.7008	-0.0164	-0.4284	-0.0394	-0.4788	-0.2528	0.1499	-0.0546	0.3418	0.1514	0.1097	0.4428	0.0111	0.1903	-110.3417	39.6253	-54.3951
7	5.6205	0.4899	0.941	4.1935	0.1986	3.7763	0.4781	0.5026	-0.6915	-0.6317	-0.5647	0.0182	0.3376	0.3861	0.0866	0.3932	0.2623	-0.0639	0.2051	-0.0438	0.3238	-96.9339	-14.095	-26.5622
8	7.2946	0.9649	-3.3764	1.368	-1.6559	4.6401	0.5299	1.3885	1.0685	-0.2693	0.2789	0.3454	-0.9015	-0.9547	-0.8088	0.9214	0.4968	0.2294	0.7769	0.5234	0.4856	-131.852	56.8699	-57.8972
9	9.1919	-0.28	4.6232	2.9117	-1.2023	6.5676	0.7438	0.5774	-0.9361	-0.8492	-0.8481	-0.0891	1.0429	0.6853	0.1042	0.5951	0.3988	0.048	0.3327	-0.0452	0.3378	-95.5146	-14.4341	-28.0633
10	9.751	3.2733	-3.1084	2.6487	-0.5847	3.0103	-0.0238	0.8166	0.2521	-0.1788	0.3124	0.1581	-0.685	-0.5909	-0.2886	1.0473	0.4751	0.2734	0.6693	0.4615	0.6885	-131.9578	58.8037	-57.3269
11	1.6252	-2.2694	0.1349	3.6021	0.5067	2.0409	0.2415	0.3766	0.7152	-0.3466	-0.6039	-0.7611	-0.4448	0.515	0.3625	0.3051	-0.241	0.0906	0.5275	0.1154	0.5945	-89.6868	13.8201	-7.8889
12	4.566	1.0404	-3.7677	2.2305	-1.7812	3.596	0.3701	-0.9265	0.5249	0.9589	-0.1445	-0.4302	-0.8271	0.8103	-0.2256	0.7664	-0.0007	-0.1042	0.5775	-0.1071	0.3828	-110.7935	41.4331	-34.6484
13	10.5112	1.2456	-0.814	6.6031	2.0399	6.28	0.2585	-0.6317	0.9058	1.1798	0.0473	-0.5031	-0.1393	0.8569	-0.3059	0.3274	-0.1856	-0.2006	0.6979	0.0458	0.3503	-74.6826	9.1337	16.609
14	2.9934	3.504	0.1745	6.7816	3.4812	4.4861	0.1638	-0.3373	-0.9998	0.6026	0.0758	-1.1645	0.2135	1.3994	-0.2396	0.4624	-0.0148	-0.052	1.4931	0.4294	1.1371	-83.2131	38.9266	-41.9368

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	259 - 293
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	403 - 494
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	836 - 881
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	259 - 293
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	403 - 494
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	836 - 881
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	294 - 305
8	X-RAY DIFFRACTION	3	A	381 - 402
9	X-RAY DIFFRACTION	4	B	294 - 305
10	X-RAY DIFFRACTION	4	B	381 - 402
11	X-RAY DIFFRACTION	5	A	495 - 529
12	X-RAY DIFFRACTION	5	A	700 - 759
13	X-RAY DIFFRACTION	5	A	824 - 835
14	X-RAY DIFFRACTION	6	B	495 - 529
15	X-RAY DIFFRACTION	6	B	700 - 759
16	X-RAY DIFFRACTION	6	B	824 - 835
17	X-RAY DIFFRACTION	7	A	530 - 619
18	X-RAY DIFFRACTION	8	B	530 - 619
19	X-RAY DIFFRACTION	9	A	306 - 380
20	X-RAY DIFFRACTION	10	B	306 - 380
21	X-RAY DIFFRACTION	11	A	620 - 699
22	X-RAY DIFFRACTION	12	B	620 - 699
23	X-RAY DIFFRACTION	13	A	760 - 823
24	X-RAY DIFFRACTION	14	B	760 - 823

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)