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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5kyn | ||||||
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Title | Structure of Sec23 and TANGO1 complex | ||||||
![]() |
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![]() | PROTEIN TRANSPORT / COPII coat / collagen secretion / cargo adapter / vesicle | ||||||
Function / homology | ![]() vesicle cargo loading / negative regulation of lymphocyte migration / protein localization to endoplasmic reticulum exit site / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / COPII-coated vesicle cargo loading / COPII vesicle coat / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / Cargo concentration in the ER / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / negative regulation of cell adhesion ...vesicle cargo loading / negative regulation of lymphocyte migration / protein localization to endoplasmic reticulum exit site / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / COPII-coated vesicle cargo loading / COPII vesicle coat / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / Cargo concentration in the ER / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / negative regulation of cell adhesion / endoplasmic reticulum organization / cell migration involved in sprouting angiogenesis / cargo receptor activity / COPII-mediated vesicle transport / positive regulation of leukocyte migration / lipoprotein transport / exocytosis / endoplasmic reticulum exit site / protein secretion / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / MHC class II antigen presentation / GTPase activator activity / negative regulation of cell migration / protein localization to plasma membrane / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Post-translational protein phosphorylation / intracellular protein transport / wound healing / ER to Golgi transport vesicle membrane / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / protein transport / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / perinuclear region of cytoplasm / zinc ion binding / membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ma, W. / Goldberg, J. | ||||||
![]() | ![]() Title: TANGO1/cTAGE5 receptor as a polyvalent template for assembly of large COPII coats. Authors: Ma, W. / Goldberg, J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 591.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 494.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5kyuC ![]() 5kywC ![]() 5kyxC ![]() 5kyyC ![]() 3egdS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 86249.492 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Production host: Insect cell expression vector pTIE1 (others) References: UniProt: Q15436 #2: Protein/peptide | | Mass: 830.993 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | THE FULL CRYSTALLIZED SEQUENCE CORRESPONDS TO THE FOLLOWING DOMAIN: ...THE FULL CRYSTALLIZ | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.9 Å3/Da / Density % sol: 57.58 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 100mM HEPES PH 7.5, 6% (v/v ) isopropanol and 300 mM sodium citrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Oct 13, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.987 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.55→50 Å / Num. obs: 57059 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 2.9 % / Net I/σ(I): 18.1 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3EGD Resolution: 2.552→47.94 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 30.17 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.552→47.94 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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