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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5kyu | ||||||
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Title | crystal structure of Sec23 and TANGO1 peptide2 complex | ||||||
![]() |
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![]() | PROTEIN TRANSPORT / COPII coat / collagen secretion / cargo adapter / vesicle | ||||||
Function / homology | ![]() vesicle cargo loading / negative regulation of lymphocyte migration / protein localization to endoplasmic reticulum exit site / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / COPII-coated vesicle cargo loading / COPII vesicle coat / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / Cargo concentration in the ER / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / negative regulation of cell adhesion ...vesicle cargo loading / negative regulation of lymphocyte migration / protein localization to endoplasmic reticulum exit site / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / COPII-coated vesicle cargo loading / COPII vesicle coat / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / Cargo concentration in the ER / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / negative regulation of cell adhesion / endoplasmic reticulum organization / cell migration involved in sprouting angiogenesis / cargo receptor activity / COPII-mediated vesicle transport / positive regulation of leukocyte migration / lipoprotein transport / exocytosis / endoplasmic reticulum exit site / protein secretion / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / MHC class II antigen presentation / negative regulation of cell migration / GTPase activator activity / SNARE binding / protein localization to plasma membrane / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Post-translational protein phosphorylation / intracellular protein transport / wound healing / ER to Golgi transport vesicle membrane / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / protein transport / in utero embryonic development / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / perinuclear region of cytoplasm / zinc ion binding / membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ma, W. / Goldberg, J. | ||||||
![]() | ![]() Title: TANGO1/cTAGE5 receptor as a polyvalent template for assembly of large COPII coats. Authors: Ma, W. / Goldberg, J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 504.6 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 466.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 52.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 70.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5kynC ![]() 5kywC ![]() 5kyxC ![]() 5kyyC ![]() 3efoS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 86249.492 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: unp residues 1-765 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Production host: Insect cell expression vector pTIE1 (others) References: UniProt: Q15436 |
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#2: Protein | Mass: 86388.531 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: unp residues 266-1032 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Production host: Insect cell expression vector pTIE1 (others) References: UniProt: O94855 |
#3: Protein/peptide | Mass: 830.993 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() |
#4: Chemical |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.17 Å3/Da / Density % sol: 61.24 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 100 mM HEPES pH 7.5, 5.5 %(w/v) PEG 4000, 100 mM MgSO4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Nov 11, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.987 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.5→50 Å / Num. obs: 27343 / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 4.1 % / Net I/σ(I): 8.4 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3EFO Resolution: 3.512→48.548 Å / SU ML: 0.48 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 29.77 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.512→48.548 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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