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Yorodumi- PDB-5ftt: Octameric complex of Latrophilin 3 (Lec, Olf) , Unc5D (Ig, Ig2, T... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ftt | ||||||
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Title | Octameric complex of Latrophilin 3 (Lec, Olf) , Unc5D (Ig, Ig2, TSP1) and FLRT2 (LRR) | ||||||
Components |
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Keywords | SIGNALING PROTEIN / SIGNALLING PROTEIN / LEUCINE-RICH REPEAT / LRR / UNC5 / UNC5D / FLRT2 / LPHN3 / LPHN / ADGRL / ADGRL3 / ADGR / GPCR / UNCOORDINATED-5 / NETRIN RECEPTOR / FLRT / LATROPHILIN / ADHESION / REPULSION / GUIDANCE / BETA PROPELLER / IMMUNOGLOBULIN / THROMBOSPONDIN / OLFACTOMEDIN / LECTIN / OCTAMER | ||||||
Function / homology | Function and homology information cell adhesion involved in heart morphogenesis / Downstream signaling of activated FGFR1 / netrin receptor activity / locomotion involved in locomotory behavior / basement membrane organization / regulation of neuron migration / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / fibroblast growth factor receptor binding / maintenance of postsynaptic specialization structure / chemorepellent activity ...cell adhesion involved in heart morphogenesis / Downstream signaling of activated FGFR1 / netrin receptor activity / locomotion involved in locomotory behavior / basement membrane organization / regulation of neuron migration / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / fibroblast growth factor receptor binding / maintenance of postsynaptic specialization structure / chemorepellent activity / pyramidal neuron differentiation / positive regulation of synapse assembly / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / heart morphogenesis / synapse assembly / response to cocaine / axon guidance / G protein-coupled receptor activity / synapse organization / neuron migration / Schaffer collateral - CA1 synapse / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cell-cell junction / presynaptic membrane / carbohydrate binding / postsynaptic membrane / cell surface receptor signaling pathway / neuron projection / axon / focal adhesion / glutamatergic synapse / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / apoptotic process / cell surface / extracellular space / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | RATTUS NORVEGICUS (Norway rat) MUS MUSCULUS (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.4 Å | ||||||
Authors | Jackson, V.A. / Mehmood, S. / Chavent, M. / Roversi, P. / Carrasquero, M. / del Toro, D. / Seyit-Bremer, G. / Ranaivoson, F.M. / Comoletti, D. / Sansom, M.S.P. ...Jackson, V.A. / Mehmood, S. / Chavent, M. / Roversi, P. / Carrasquero, M. / del Toro, D. / Seyit-Bremer, G. / Ranaivoson, F.M. / Comoletti, D. / Sansom, M.S.P. / Robinson, C.V. / Klein, R. / Seiradake, E. | ||||||
Citation | Journal: Nat.Commun. / Year: 2016 Title: Super-Complexes of Adhesion Gpcrs and Neural Guidance Receptors Authors: Jackson, V.A. / Mehmood, S. / Chavent, M. / Roversi, P. / Carrasquero, M. / Del Toro, D. / Seyit-Bremer, G. / Ranaivoson, F.M. / Comoletti, D. / Sansom, M.S.P. / Robinson, C.V. / Klein, R. / Seiradake, E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ftt.cif.gz | 1001.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ftt.ent.gz | 842.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ftt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5ftt_validation.pdf.gz | 537.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5ftt_full_validation.pdf.gz | 566.7 KB | Display | |
Data in XML | 5ftt_validation.xml.gz | 81.8 KB | Display | |
Data in CIF | 5ftt_validation.cif.gz | 109.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/5ftt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ft/5ftt | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 3 types, 8 molecules AEBFCDGH
#1: Protein | Mass: 31940.809 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: IG1 IG2 TSP1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) RATTUS NORVEGICUS (Norway rat) / Plasmid: PHLSEC / Cell line (production host): HEK293 / Production host: HOMO SAPIENS (human) / References: UniProt: F1LW30 #2: Protein | Mass: 38411.934 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: LEUCINE-RICH REPEAT DOMAIN Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) MUS MUSCULUS (house mouse) / Plasmid: PHLSEC / Cell line (production host): HEK293 / Production host: HOMO SAPIENS (human) / References: UniProt: Q8BLU0 #3: Protein | Mass: 43908.012 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) MUS MUSCULUS (house mouse) / Cell line (production host): HEK293 / Production host: HOMO SAPIENS (human) / References: UniProt: Q80TS3 |
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-Sugars , 1 types, 8 molecules
#4: Sugar | ChemComp-NAG / |
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-Non-polymers , 2 types, 8 molecules
#5: Chemical | ChemComp-NA / #6: Chemical | ChemComp-CA / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 4 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.97 Å3/Da / Density % sol: 69.05 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 6 / Details: pH 6.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04-1 / Wavelength: 0.9281 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9281 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.38→133.83 Å / Num. obs: 59624 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 8 % / Biso Wilson estimate: 83.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 7.5 |
Reflection shell | Resolution: 3.38→3.47 Å / Redundancy: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / % possible all: 92.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: NONE Resolution: 3.4→133.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8868 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9093 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.462
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Displacement parameters | Biso mean: 185.16 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 1.347 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.4→133.83 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.4→3.49 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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