PDB-2gic: Crystal Structure of a vesicular stomatitis virus nucleocapsid-RN...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gic

タイトル

Crystal Structure of a vesicular stomatitis virus nucleocapsid-RNA complex

要素

45-MER
Nucleocapsid protein

キーワード

VIRUS/VIRAL PROTEIN/RNA / nucleocapsid / protein-rna complex / negative strand virus / VIRUS-VIRAL PROTEIN-RNA COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA replication / helical viral capsid / viral transcription / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vesicular stomatitis Indiana virus (水疱性口内炎インディアナウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.92 Å

データ登録者

Green, T.J. / Zhang, X. / Wertz, G.W. / Luo, M.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2006
タイトル: Structure of the vesicular stomatitis virus nucleoprotein-RNA complex unveils how the RNA is sequestered
著者: Green, T.J. / Zhang, X. / Wertz, G.W. / Luo, M.

履歴

登録	2006年3月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年8月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gic.cif.gz	417.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gic.ent.gz	341.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/2gic ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/2gic	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
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自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (5)
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セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
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オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
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伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
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アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
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カドヘリン (Cadherin)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

R: 45-MER

A: Nucleocapsid protein

B: Nucleocapsid protein

C: Nucleocapsid protein

D: Nucleocapsid protein

E: Nucleocapsid protein

ヘテロ分子

255 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

R: 45-MER

A: Nucleocapsid protein

B: Nucleocapsid protein

C: Nucleocapsid protein

D: Nucleocapsid protein

E: Nucleocapsid protein

ヘテロ分子

R: 45-MER

A: Nucleocapsid protein

B: Nucleocapsid protein

C: Nucleocapsid protein

D: Nucleocapsid protein

E: Nucleocapsid protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
510 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	166.160, 236.316, 75.651
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Refine code: 5

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	SER	SER	GLU	GLU	A	B	2 - 22	2 - 22
2	1	1	SER	SER	GLU	GLU	B	C	2 - 22	2 - 22
3	1	1	SER	SER	GLU	GLU	C	D	2 - 22	2 - 22
4	1	1	SER	SER	GLU	GLU	D	E	2 - 22	2 - 22
5	1	1	SER	SER	GLU	GLU	E	F	2 - 22	2 - 22
6	2	1	ASP	ASP	LYS	LYS	A	B	224 - 270	224 - 270
7	2	1	ASP	ASP	LYS	LYS	B	C	224 - 270	224 - 270
8	2	1	ASP	ASP	LYS	LYS	C	D	224 - 270	224 - 270
9	2	1	ASP	ASP	LYS	LYS	D	E	224 - 270	224 - 270
10	2	1	ASP	ASP	LYS	LYS	E	F	224 - 270	224 - 270
11	3	1	SER	SER	SER	SER	A	B	287 - 340	287 - 340
12	3	1	SER	SER	SER	SER	B	C	287 - 340	287 - 340
13	3	1	SER	SER	SER	SER	C	D	287 - 340	287 - 340
14	3	1	SER	SER	SER	SER	D	E	287 - 340	287 - 340
15	3	1	SER	SER	SER	SER	E	F	287 - 340	287 - 340
16	4	1	ALA	ALA	LYS	LYS	A	B	368 - 422	368 - 422
17	4	1	ALA	ALA	LYS	LYS	B	C	368 - 422	368 - 422
18	4	1	ALA	ALA	LYS	LYS	C	D	368 - 422	368 - 422
19	4	1	ALA	ALA	LYS	LYS	D	E	368 - 422	368 - 422
20	4	1	ALA	ALA	LYS	LYS	E	F	368 - 422	368 - 422
1	1	2	ASP	ASP	LEU	LEU	A	B	23 - 160	23 - 160
2	1	2	ASP	ASP	LEU	LEU	B	C	23 - 160	23 - 160
3	1	2	ASP	ASP	LEU	LEU	C	D	23 - 160	23 - 160
4	1	2	ASP	ASP	LEU	LEU	D	E	23 - 160	23 - 160
5	1	2	ASP	ASP	LEU	LEU	E	F	23 - 160	23 - 160
6	2	2	ASN	ASN	LYS	LYS	A	B	187 - 223	187 - 223
7	2	2	ASN	ASN	LYS	LYS	B	C	187 - 223	187 - 223
8	2	2	ASN	ASN	LYS	LYS	C	D	187 - 223	187 - 223
9	2	2	ASN	ASN	LYS	LYS	D	E	187 - 223	187 - 223
10	2	2	ASN	ASN	LYS	LYS	E	F	187 - 223	187 - 223
11	3	2	ALA	ALA	LYS	LYS	A	B	271 - 286	271 - 286
12	3	2	ALA	ALA	LYS	LYS	B	C	271 - 286	271 - 286
13	3	2	ALA	ALA	LYS	LYS	C	D	271 - 286	271 - 286
14	3	2	ALA	ALA	LYS	LYS	D	E	271 - 286	271 - 286
15	3	2	ALA	ALA	LYS	LYS	E	F	271 - 286	271 - 286
1	1	3	SER	SER	LYS	LYS	A	B	341 - 354	341 - 354
2	1	3	SER	SER	LYS	LYS	B	C	341 - 354	341 - 354
3	1	3	SER	SER	LYS	LYS	C	D	341 - 354	341 - 354
4	1	3	SER	SER	LYS	LYS	D	E	341 - 354	341 - 354
5	1	3	SER	SER	LYS	LYS	E	F	341 - 354	341 - 354

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

詳細

The biological assembly contains a ten-mer of the nucleocapsid protein and a 90-mer of RNA. One-half of the assembly is the contents of the asymmetric unit. The second half is generated by the two fold axis along z.

#1: RNA鎖	45-MER 分子量: 13732.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質	Nucleocapsid protein / Nucleoprotein 分子量: 47463.949 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vesicular stomatitis Indiana virus (水疱性口内炎インディアナウイルス) 属: Vesiculovirus / 遺伝子: N / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03521
#3: 化合物	ChemComp-IUM / URANYL (VI) ION 分子量: 270.028 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₂U

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.4 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 7 % PEG 3350, 250 mM sodium chloride, 100mM sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	PEG 3350	1	1
2	sodium chloride	1	1
3	sodium acetate	1	1
4	H2O	1	1
5	PEG 3350	1	2
6	sodium chloride	1	2
7	sodium acetate	1	2
8	H2O	1	2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.99997 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99997 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.92→44.86 Å / Num. all: 64651 / Num. obs: 59391 / % possible obs: 96.96 %
反射シェル	解像度: 2.92→3.02 Å / % possible all: 91.86

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.92→44.86 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.915 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.883 / SU B: 53.428 / SU ML: 0.49 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.519 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.306	3007	5.1 %	RANDOM
R_work	0.255	-	-	-
all	0.258	59391	-	-
obs	0.258	59391	91.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.477 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	8.07 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.92→44.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16517	900	15	0	17432

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	17880
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.153	2.029	24398
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.165	5	2078
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.854	24.048	756
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.856	15	2930
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.078	15	100
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	2715
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	13196
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	8646
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	12259
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	453
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.181	0.2	168
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.139	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.207	1.5	10558
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.386	2	16753
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.547	3	8393
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.958	4.5	7645

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	708	MEDIUM POSITIONAL	0.24	0.5
1	2	B	708	MEDIUM POSITIONAL	0.22	0.5
1	3	C	708	MEDIUM POSITIONAL	0.24	0.5
1	4	D	708	MEDIUM POSITIONAL	0.24	0.5
1	5	E	708	MEDIUM POSITIONAL	0.25	0.5
1	1	A	687	LOOSE POSITIONAL	0.65	5
1	2	B	687	LOOSE POSITIONAL	0.63	5
1	3	C	687	LOOSE POSITIONAL	0.65	5
1	4	D	687	LOOSE POSITIONAL	0.67	5
1	5	E	687	LOOSE POSITIONAL	0.72	5
1	1	A	708	MEDIUM THERMAL	0.22	2
1	2	B	708	MEDIUM THERMAL	0.23	2
1	3	C	708	MEDIUM THERMAL	0.21	2
1	4	D	708	MEDIUM THERMAL	0.27	2
1	5	E	708	MEDIUM THERMAL	0.24	2
1	1	A	687	LOOSE THERMAL	0.86	10
1	2	B	687	LOOSE THERMAL	0.84	10
1	3	C	687	LOOSE THERMAL	0.77	10
1	4	D	687	LOOSE THERMAL	0.82	10
1	5	E	687	LOOSE THERMAL	0.82	10
2	1	A	764	MEDIUM POSITIONAL	0.38	0.5
2	2	B	764	MEDIUM POSITIONAL	0.36	0.5
2	3	C	764	MEDIUM POSITIONAL	0.42	0.5
2	4	D	764	MEDIUM POSITIONAL	0.42	0.5
2	5	E	764	MEDIUM POSITIONAL	0.34	0.5
2	1	A	758	LOOSE POSITIONAL	0.97	5
2	2	B	758	LOOSE POSITIONAL	0.95	5
2	3	C	758	LOOSE POSITIONAL	1.02	5
2	4	D	758	LOOSE POSITIONAL	1.05	5
2	5	E	758	LOOSE POSITIONAL	0.88	5
2	1	A	764	MEDIUM THERMAL	0.16	2
2	2	B	764	MEDIUM THERMAL	0.16	2
2	3	C	764	MEDIUM THERMAL	0.14	2
2	4	D	764	MEDIUM THERMAL	0.15	2
2	5	E	764	MEDIUM THERMAL	0.14	2
2	1	A	758	LOOSE THERMAL	0.46	10
2	2	B	758	LOOSE THERMAL	0.6	10
2	3	C	758	LOOSE THERMAL	0.49	10
2	4	D	758	LOOSE THERMAL	0.6	10
2	5	E	758	LOOSE THERMAL	0.45	10
3	1	A	56	MEDIUM POSITIONAL	0.15	0.5
3	2	B	56	MEDIUM POSITIONAL	0.16	0.5
3	3	C	56	MEDIUM POSITIONAL	0.23	0.5
3	4	D	56	MEDIUM POSITIONAL	0.14	0.5
3	5	E	56	MEDIUM POSITIONAL	0.25	0.5
3	1	A	47	LOOSE POSITIONAL	0.32	5
3	2	B	47	LOOSE POSITIONAL	0.31	5
3	3	C	47	LOOSE POSITIONAL	0.24	5
3	4	D	47	LOOSE POSITIONAL	0.3	5
3	5	E	47	LOOSE POSITIONAL	0.49	5
3	1	A	56	MEDIUM THERMAL	0.25	2
3	2	B	56	MEDIUM THERMAL	0.19	2
3	3	C	56	MEDIUM THERMAL	0.33	2
3	4	D	56	MEDIUM THERMAL	0.28	2
3	5	E	56	MEDIUM THERMAL	0.64	2
3	1	A	47	LOOSE THERMAL	0.7	10
3	2	B	47	LOOSE THERMAL	0.84	10
3	3	C	47	LOOSE THERMAL	0.84	10
3	4	D	47	LOOSE THERMAL	0.68	10
3	5	E	47	LOOSE THERMAL	1.73	10

LS精密化シェル

解像度: 2.92→2.996 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.416	151	-
R_work	0.353	3083	-
obs	-	3083	80.23 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2986	2.9749	-0.1782	3.7114	-0.7003	1.2646	0.1315	-0.2281	-0.1282	0.1706	-0.029	-0.0948	-0.2145	-0.068	-0.1025	-0.7431	0.2137	0.1478	-0.7865	0.0386	-0.8913	-32.707	29.9569	76.5917
2	5.7089	1.0951	0.5256	1.531	0.0431	0.6958	0.1244	-0.3397	-0.2107	0.3313	-0.0754	-0.0286	-0.3053	0.0398	-0.0489	-0.5453	0.0245	0.1034	-0.8222	-0.0131	-0.829	-8.5248	42.9695	76.6379
3	4.4043	-1.4988	0.13	2.0787	0.1863	0.9233	0.1122	-0.1648	-0.0966	0.293	0.057	0.0737	-0.0475	0.1386	-0.1691	-0.5401	-0.0757	-0.0423	-0.8528	-0.012	-0.8972	18.6973	39.7403	76.5981
4	3.366	-2.3375	0.1152	6.2236	0.1584	0.4311	-0.0646	-0.0822	-0.2564	0.3841	0.2163	0.0496	-0.0101	0.1758	-0.1517	-0.7311	-0.0608	-0.0752	-0.7307	-0.0434	-0.903	39.0331	21.3133	76.5817
5	1.5882	0.3358	-0.2035	8.4922	0.6544	1.2606	0.058	-0.0649	-0.0115	0.1705	0.0702	0.0582	0.0837	-0.2354	-0.1282	-0.8826	0.0354	0.1	-0.6956	0.0869	-0.8875	-44.5035	5.3755	76.6213
6	3.4441	-0.4713	0.9103	5.2419	0.6676	14.8795	0.1014	0.9016	-0.3603	-1.0089	0.0455	0.3093	0.5989	-0.975	-0.1469	-0.4902	0.0447	-0.0238	-0.3978	0.1008	-0.5149	-52.3603	32.175	44.6397
7	4.8824	0.6351	2.6745	4.8902	1.3482	13.3257	-0.258	1.4507	0.0806	-0.8551	0.2117	0.1309	-0.4422	0.1405	0.0462	-0.5839	0.0356	0.0942	-0.4618	0.1251	-0.5712	-22.5564	55.7389	44.581
8	5.4575	-0.517	-0.5139	3.9002	-0.7433	14.0605	0.1975	0.9595	0.2349	-0.6835	0.2102	0.1297	-0.2239	-1.8269	-0.4077	-0.438	-0.0857	0.1565	-0.3184	0.1623	-0.6365	14.6948	59.1986	44.8746
9	4.5025	-0.1943	1.1661	6.175	-2.3841	9.1113	0.3614	1.4697	0.0754	-1.2906	-0.392	-0.2881	0.4283	0.451	0.0306	-0.4389	0.0319	0.1476	-0.245	-0.0044	-0.5566	45.9007	38.9048	44.4457
10	2.9207	-0.9602	1.4269	6.3513	1.6895	13.7605	0.2161	0.8523	0.0109	-1.5131	-0.1786	0.5308	0.862	-0.5511	-0.0374	-0.1325	0.0095	-0.2002	-0.149	0.0802	-0.3397	-61.9842	-4.4064	44.8043
11	12.4745	-4.0016	8.1343	1.761	-0.5268	14.3889	0.9653	-0.1093	-0.6793	1.7084	0.4775	0.845	0.3795	-1.196	-1.4428	-0.3273	0.0084	0.2217	-0.5405	-0.1168	-0.6716	-52.2638	5.5162	88.0322
12	14.6737	-16.9845	9.5573	21.2344	-5.9741	22.6608	0.5814	-0.3093	-0.8542	0.1468	0.4358	1.0098	-1.0267	-0.3345	-1.0171	-0.3223	-0.14	0.0977	-0.6932	-0.0641	-0.7707	-38.7896	34.7536	88.039
13	2.4531	-4.1569	5.5217	23.0988	-4.7139	13.7715	0.5953	-2.0695	0.0814	-0.0367	0.4273	1.2646	-0.4649	-0.2977	-1.0226	-0.285	0.0358	0.0969	-0.4308	-0.0142	-0.5171	-10.5688	50.511	87.994
14	8.8282	9.3671	1.938	9.941	2.2167	12.8262	-0.3607	-0.1155	0.836	0.4022	1.1809	-1.1372	-0.9424	0.6399	-0.8202	-0.4799	-0.0428	-0.1557	-0.2965	0.0339	-0.8679	21.3441	46.8537	88.1003
15	13.4171	7.0851	12.3206	19.6699	9.4469	11.8567	0.9849	-1.9903	1.1161	5.2964	0.8055	3.2943	1.1004	-1.6724	-1.7904	0.1286	-0.004	0.4365	-0.6937	0.3508	-0.8955	-45.5461	-25.8221	87.7897

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	B	2 - 22	2 - 22
2	1	A	B	224 - 270	224 - 270
3	1	A	B	287 - 340	287 - 340
4	1	A	B	368 - 422	368 - 422
5	2	B	C	2 - 22	2 - 22
6	2	B	C	224 - 270	224 - 270
7	2	B	C	287 - 340	287 - 340
8	2	B	C	368 - 422	368 - 422
9	3	C	D	2 - 22	2 - 22
10	3	C	D	224 - 270	224 - 270
11	3	C	D	287 - 340	287 - 340
12	3	C	D	368 - 422	368 - 422
13	4	D	E	2 - 22	2 - 22
14	4	D	E	224 - 270	224 - 270
15	4	D	E	287 - 340	287 - 340
16	4	D	E	368 - 422	368 - 422
17	5	E	F	2 - 22	2 - 22
18	5	E	F	224 - 270	224 - 270
19	5	E	F	287 - 340	287 - 340
20	5	E	F	368 - 422	368 - 422
21	6	A	B	23 - 160	23 - 160
22	6	A	B	187 - 223	187 - 223
23	6	A	B	271 - 286	271 - 286
24	7	B	C	23 - 160	23 - 160
25	7	B	C	187 - 223	187 - 223
26	7	B	C	271 - 286	271 - 286
27	8	C	D	23 - 160	23 - 160
28	8	C	D	187 - 223	187 - 223
29	8	C	D	271 - 286	271 - 286
30	9	D	E	23 - 160	23 - 160
31	9	D	E	187 - 223	187 - 223
32	9	D	E	271 - 286	271 - 286
33	10	E	F	23 - 160	23 - 160
34	10	E	F	187 - 223	187 - 223
35	10	E	F	271 - 286	271 - 286
36	11	A	B	341 - 354	341 - 354
37	12	B	C	341 - 354	341 - 354
38	13	C	D	341 - 354	341 - 354
39	14	D	E	341 - 354	341 - 354
40	15	E	F	341 - 354	341 - 354

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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