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Yorodumi- PDB-4xoa: Crystal structure of a FimH*DsG complex from E.coli K12 in space ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xoa | ||||||
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Title | Crystal structure of a FimH*DsG complex from E.coli K12 in space group P1 | ||||||
Components |
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Keywords | CELL ADHESION / type I pilus / catch-bond / lectin / UPEC / bacterial adhesin / UTI / mannose / isomerase | ||||||
Function / homology | Function and homology information pilus tip / mechanosensory behavior / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / cell-substrate adhesion / mannose binding / host cell membrane / cell adhesion Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli K-12 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.541 Å | ||||||
Authors | Jakob, R.P. / Eras, J. / Glockshuber, R. / Maier, T. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2016 Title: Catch-bond mechanism of the bacterial adhesin FimH. Authors: Sauer, M.M. / Jakob, R.P. / Eras, J. / Baday, S. / Eris, D. / Navarra, G. / Berneche, S. / Ernst, B. / Maier, T. / Glockshuber, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4xoa.cif.gz | 602.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4xoa.ent.gz | 511.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4xoa.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/4xoa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/4xoa | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4xo8C 4xo9C 4xobC 4xocC 4xodC 4xoeC 1qunS 3mcyS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein/peptide | Mass: 1416.661 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 24-37 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli K-12 (bacteria) / Gene: fimG / Plasmid: pTRC / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): HM125 / References: UniProt: C4ZT07, UniProt: P08190*PLUS #2: Protein | Mass: 29081.314 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 22-300 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli K-12 (bacteria) / Gene: fimH, b4320, JW4283 / Plasmid: pTRC / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): HM125 / References: UniProt: P08191 #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.52 Å3/Da / Density % sol: 51.12 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 / Details: 0.2M Na Malonate, 20%PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 2, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.541→52.674 Å / Num. obs: 35539 / % possible obs: 90.6 % / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 8.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.541→2.69 Å / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.564 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 5844 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3mcy, 1qun Resolution: 2.541→52.674 Å / SU ML: 0.35 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 31.29 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.541→52.674 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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