+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4l8i | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of RSV epitope scaffold FFL_005 | ||||||
Components | RSV epitope scaffold FFL_005 | ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / three-helix bundle | ||||||
Function / homology | Ribosome-recycling factor / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha Function and homology information | ||||||
Biological species | synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Jardine, J. / Correnti, C. / Holmes, M.A. / Strong, R.K. / Schief, W.R. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2014 Title: Proof of principle for epitope-focused vaccine design. Authors: Correia, B.E. / Bates, J.T. / Loomis, R.J. / Baneyx, G. / Carrico, C. / Jardine, J.G. / Rupert, P. / Correnti, C. / Kalyuzhniy, O. / Vittal, V. / Connell, M.J. / Stevens, E. / Schroeter, A. ...Authors: Correia, B.E. / Bates, J.T. / Loomis, R.J. / Baneyx, G. / Carrico, C. / Jardine, J.G. / Rupert, P. / Correnti, C. / Kalyuzhniy, O. / Vittal, V. / Connell, M.J. / Stevens, E. / Schroeter, A. / Chen, M. / Macpherson, S. / Serra, A.M. / Adachi, Y. / Holmes, M.A. / Li, Y. / Klevit, R.E. / Graham, B.S. / Wyatt, R.T. / Baker, D. / Strong, R.K. / Crowe, J.E. / Johnson, P.R. / Schief, W.R. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4l8i.cif.gz | 105.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb4l8i.ent.gz | 82.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4l8i.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4l8i_validation.pdf.gz | 424.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 4l8i_full_validation.pdf.gz | 424.9 KB | Display | |
Data in XML | 4l8i_validation.xml.gz | 11.5 KB | Display | |
Data in CIF | 4l8i_validation.cif.gz | 16.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/4l8i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/4l8i | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 13709.756 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: Escherichia coli (E. coli) #2: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.68 Å3/Da / Density % sol: 54.11 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 278 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 22% PEG 3350, 0.2M ammonium citrate tribasic, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K |
-Data collection
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.1 / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. obs: 20776 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Χ2: 1.007 / Net I/σ(I): 15.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2→46.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 9.115 / SU ML: 0.114 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.16 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 96.55 Å2 / Biso mean: 40.8097 Å2 / Biso min: 10.29 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→46.25 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.003→2.055 Å / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|