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Yorodumi- PDB-3u4e: Crystal Structure of PG9 Fab in Complex with V1V2 Region from HIV... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3u4e | ||||||||||||
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Title | Crystal Structure of PG9 Fab in Complex with V1V2 Region from HIV-1 strain CAP45 | ||||||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / NEUTRALIZING ANTIBODIES / LONG CDRH3 / HIV-1 | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information virus-mediated perturbation of host defense response => GO:0019049 / : / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane ...virus-mediated perturbation of host defense response => GO:0019049 / : / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Human immunodeficiency virus 1 Homo sapiens (human) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.185 Å | ||||||||||||
Authors | Gorman, J. / McLellan, J. / Pancera, M. / Kwong, P.D. | ||||||||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2011 Title: Structure of HIV-1 gp120 V1/V2 domain with broadly neutralizing antibody PG9. Authors: McLellan, J.S. / Pancera, M. / Carrico, C. / Gorman, J. / Julien, J.P. / Khayat, R. / Louder, R. / Pejchal, R. / Sastry, M. / Dai, K. / O'Dell, S. / Patel, N. / Shahzad-Ul-Hussan, S. / Yang, ...Authors: McLellan, J.S. / Pancera, M. / Carrico, C. / Gorman, J. / Julien, J.P. / Khayat, R. / Louder, R. / Pejchal, R. / Sastry, M. / Dai, K. / O'Dell, S. / Patel, N. / Shahzad-Ul-Hussan, S. / Yang, Y. / Zhang, B. / Zhou, T. / Zhu, J. / Boyington, J.C. / Chuang, G.Y. / Diwanji, D. / Georgiev, I. / Do Kwon, Y. / Lee, D. / Louder, M.K. / Moquin, S. / Schmidt, S.D. / Yang, Z.Y. / Bonsignori, M. / Crump, J.A. / Kapiga, S.H. / Sam, N.E. / Haynes, B.F. / Burton, D.R. / Koff, W.C. / Walker, L.M. / Phogat, S. / Wyatt, R. / Orwenyo, J. / Wang, L.X. / Arthos, J. / Bewley, C.A. / Mascola, J.R. / Nabel, G.J. / Schief, W.R. / Ward, A.B. / Wilson, I.A. / Kwong, P.D. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3u4e.cif.gz | 619.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3u4e.ent.gz | 521.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3u4e.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3u4e_validation.pdf.gz | 2.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3u4e_full_validation.pdf.gz | 2.1 MB | Display | |
Data in XML | 3u4e_validation.xml.gz | 47.7 KB | Display | |
Data in CIF | 3u4e_validation.cif.gz | 67.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/3u4e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/3u4e | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3tclC 3u1sC 3u2sSC 3u36C 3u46C 3u4bC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules GJ
#1: Protein | Mass: 13722.299 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Human immunodeficiency virus 1 / Plasmid: PVRC8400 / Production host: Homo Sapiens (human) / References: UniProt: Q1PHM9*PLUS |
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-Antibody , 2 types, 4 molecules HALB
#2: Antibody | Mass: 27193.172 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: PVRC8400 / Cell line (production host): HEK 293f / Production host: Homo sapiens (human) #3: Antibody | Mass: 22837.256 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: PVRC8400 / Cell line (production host): HEK 293S GnTI- / Production host: Homo Sapiens (human) |
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-Sugars , 4 types, 5 molecules
#4: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #6: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #7: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source |
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-Non-polymers , 2 types, 498 molecules
#8: Chemical | ChemComp-SO4 / #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.76 Å3/Da / Density % sol: 55.48 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 13% (w/v) PEG 3350, 11% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M imidazole pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-BM / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Aug 14, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal - liquid nitrogen cooled / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.19→50 Å / Num. all: 73822 / Num. obs: 67917 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3U2S Resolution: 2.185→27.693 Å / SU ML: 0.71 / σ(F): 1.91 / Phase error: 25.42 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.73 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.7 Å2 / ksol: 0.304 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.185→27.693 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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