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Yorodumi- PDB-2zhx: Crystal structure of Uracil-DNA Glycosylase from Mycobacterium tu... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2zhx | ||||||
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Title | Crystal structure of Uracil-DNA Glycosylase from Mycobacterium tuberculosis in complex with a proteinaceous inhibitor | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / DNA repair / Ung-Ugi complex / Ung-DNA interactions / DNA damage / Glycosidase / Hydrolase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
Function / homology | Function and homology information base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil-DNA glycosylase / uracil DNA N-glycosylase activity / base-excision repair / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria) Bacillus phage PBS2 (virus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.1 Å | ||||||
Authors | Kaushal, P.S. / Talawar, R.K. / Krishna, P.D.V. / Varshney, U. / Vijayan, M. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2008 Title: Unique features of the structure and interactions of mycobacterial uracil-DNA glycosylase: structure of a complex of the Mycobacterium tuberculosis enzyme in comparison with those from other sources Authors: Kaushal, P.S. / Talawar, R.K. / Krishna, P.D.V. / Varshney, U. / Vijayan, M. #1: Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2002 Title: Domain closure and action of uracil DNA glycosylase (UDG): structures of new crystal forms containing the Escherichia coli enzyme and a comparative study of the known structures involving UDG Authors: Saikrishnan, K. / Bidya Sagar, M. / Ravishankar, R. / Roy, S. / Purnapatre, K. / Handa, P. / Varshney, U. / Vijayan, M. #2: Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 1998 Title: X-ray analysis of a complex of Escherichia coli uracil DNA glycosylase (EcUDG) with a proteinaceous inhibitor. The structure elucidation of a prokaryotic UDG Authors: Ravishankar, R. / Bidya Sagar, M. / Roy, S. / Purnapatre, K. / Handa, P. / Varshney, U. / Vijayan, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2zhx.cif.gz | 413.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2zhx.ent.gz | 338.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2zhx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2zhx_validation.pdf.gz | 540.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2zhx_full_validation.pdf.gz | 603.2 KB | Display | |
Data in XML | 2zhx_validation.xml.gz | 86.1 KB | Display | |
Data in CIF | 2zhx_validation.cif.gz | 118.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/2zhx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/2zhx | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25813.543 Da / Num. of mol.: 7 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria) Strain: H37Rv / Gene: ung, Rv2976c / Plasmid: pRSETb MtuUDG-Ugi / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: P67071, UniProt: P9WFQ9*PLUS, uridine nucleosidase #2: Protein | Mass: 9482.674 Da / Num. of mol.: 7 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus phage PBS2 (virus) / Gene: ugi, J04434 / Plasmid: pRSETb MtuUDG-Ugi / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P14739 #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 50.96 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.2 Details: 10%(w/v) PEG 8000 and 0.2M NaCl in 0.1M phosphate buffer pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU RU200 / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Mar 20, 2006 |
Radiation | Monochromator: OSMIC MIRROR / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.1→30 Å / Num. all: 45064 / Num. obs: 43788 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Redundancy: 2.8 % / Rsym value: 0.149 / Net I/σ(I): 8.2 |
Reflection shell | Resolution: 3.1→3.21 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.421 / % possible all: 91.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1UGH, 1UUG and 1UDI Resolution: 3.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.56 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 58.364 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.1→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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