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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5xy3 | ||||||
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タイトル | Large subunit of Trichomonas vaginalis ribosome | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / Trichomonas vaginalis ribosome / rRNA / rprotein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein-RNA complex assembly / maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / assembly of large subunit precursor of preribosome / ribosomal large subunit biogenesis / ribosomal large subunit assembly / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding ...protein-RNA complex assembly / maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / assembly of large subunit precursor of preribosome / ribosomal large subunit biogenesis / ribosomal large subunit assembly / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / translation / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / RNA binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Li, Z. / Guo, Q. / Zheng, L. / Ji, Y. / Xie, Y. / Lai, D. / Lun, Z. / Suo, X. / Gao, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2017 タイトル: Cryo-EM structures of the 80S ribosomes from human parasites Trichomonas vaginalis and Toxoplasma gondii. 著者: Zhifei Li / Qiang Guo / Lvqin Zheng / Yongsheng Ji / Yi-Ting Xie / De-Hua Lai / Zhao-Rong Lun / Xun Suo / Ning Gao / 要旨: As an indispensable molecular machine universal in all living organisms, the ribosome has been selected by evolution to be the natural target of many antibiotics and small-molecule inhibitors. High- ...As an indispensable molecular machine universal in all living organisms, the ribosome has been selected by evolution to be the natural target of many antibiotics and small-molecule inhibitors. High-resolution structures of pathogen ribosomes are crucial for understanding the general and unique aspects of translation control in disease-causing microbes. With cryo-electron microscopy technique, we have determined structures of the cytosolic ribosomes from two human parasites, Trichomonas vaginalis and Toxoplasma gondii, at resolution of 3.2-3.4 Å. Although the ribosomal proteins from both pathogens are typical members of eukaryotic families, with a co-evolution pattern between certain species-specific insertions/extensions and neighboring ribosomal RNA (rRNA) expansion segments, the sizes of their rRNAs are sharply different. Very interestingly, rRNAs of T. vaginalis are in size comparable to prokaryotic counterparts, with nearly all the eukaryote-specific rRNA expansion segments missing. These structures facilitate the dissection of evolution path for ribosomal proteins and RNAs, and may aid in design of novel translation inhibitors. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5xy3.cif.gz | 2.6 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5xy3.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 5xy3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5xy3_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5xy3_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5xy3_validation.xml.gz | 174.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5xy3_validation.cif.gz | 297.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/5xy3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/5xy3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 134
#1: RNA鎖 | 分子量: 892223.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし) 参照: GenBank: 7243609 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 37963.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし) 参照: GenBank: 68235680 |
#3: RNA鎖 | 分子量: 52173.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし) 参照: GenBank: 461415 |
+Ribosomal protein ... , 23種, 23分子 ADFGHLMNOPTWXYZdefghijk
-Uncharacterized ... , 3種, 3分子 Bap
#5: タンパク質 | 分子量: 46904.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし) 参照: UniProt: A2DD62 |
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#29: タンパク質 | 分子量: 17006.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし) 参照: UniProt: A2DHU7 |
#43: タンパク質 | 分子量: 10051.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし) 参照: UniProt: A2DEM7 |
-Ribosomal protein, ... , 2種, 2分子 CI
#6: タンパク質 | 分子量: 40320.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし) 参照: UniProt: A2E4D0 |
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#12: タンパク質 | 分子量: 23800.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし) 参照: UniProt: A2FVZ6 |
-60S ribosomal protein ... , 11種, 11分子 EJQRSUVbclo
#8: タンパク質 | 分子量: 16045.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし) 参照: UniProt: A2FXW1 |
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#13: タンパク質 | 分子量: 19373.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし) 参照: UniProt: A2E7L8 |
#19: タンパク質 | 分子量: 21122.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし) 参照: UniProt: A2D7Q5 |
#20: タンパク質 | 分子量: 21056.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし) 参照: UniProt: A2D8G1 |
#21: タンパク質 | 分子量: 19853.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし) 参照: UniProt: A2EP03 |
#23: タンパク質 | 分子量: 12237.054 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし) 参照: UniProt: A2DNV5 |
#24: タンパク質 | 分子量: 14840.554 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし) 参照: UniProt: A2DP51 |
#30: タンパク質 | 分子量: 6823.724 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし) 参照: UniProt: A2DM33 |
#31: タンパク質 | 分子量: 12316.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし) 参照: UniProt: A2E6Z9 |
#40: タンパク質 | 分子量: 6297.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし) 参照: UniProt: A2D9N4 |
#42: タンパク質 | 分子量: 12471.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし) 参照: UniProt: A2DAI6 |
-タンパク質 , 1種, 1分子 m
#41: タンパク質 | 分子量: 15101.515 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 35-166 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし) 参照: UniProt: A2DGL5 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Large subunit of Trichomonas vaginalis ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 2 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 57162 / 対称性のタイプ: POINT |