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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7r5s | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the human CCAN bound to alpha satellite DNA | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | CELL CYCLE (細胞周期) / Chromosome (染色体) / kinetochore (動原体) / cell division (細胞分裂) / centromere (セントロメア) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of protein localization to kinetochore / Mis6-Sim4 complex / FANCM-MHF complex / centromere complex assembly / kinetochore organization / metaphase chromosome alignment / Fanconi anaemia nuclear complex / inner kinetochore / kinetochore binding / sex differentiation ...positive regulation of protein localization to kinetochore / Mis6-Sim4 complex / FANCM-MHF complex / centromere complex assembly / kinetochore organization / metaphase chromosome alignment / Fanconi anaemia nuclear complex / inner kinetochore / kinetochore binding / sex differentiation / CENP-A containing chromatin assembly / resolution of meiotic recombination intermediates / chordate embryonic development / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / kinetochore assembly / replication fork processing / mitotic sister chromatid segregation / chromosome, centromeric region / centriolar satellite / chromosome organization / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / interstrand cross-link repair / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / NRIF signals cell death from the nucleus / mitotic spindle organization / positive regulation of protein ubiquitination / positive regulation of epithelial cell proliferation / chromosome segregation / RHO GTPases Activate Formins / Fanconi Anemia Pathway / PKR-mediated signaling / 動原体 / nuclear matrix / Separation of Sister Chromatids / マイクロフィラメント / mitotic cell cycle / 染色体 / nuclear body / 細胞接着 / protein heterodimerization activity / 細胞分裂 / DNA修復 / apoptotic process / DNA damage response / chromatin binding / クロマチン / 核小体 / regulation of DNA-templated transcription / シグナル伝達 / DNA binding / 核質 / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.83 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Yatskevich, S. / Muir, K.W. / Bellini, D. / Zhang, Z. / Yang, J. / Tischer, T. / Predin, M. / Dendooven, T. / McLaughlin, S.H. / Barford, D. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, ドイツ, 3件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2022 タイトル: Structure of the human inner kinetochore bound to a centromeric CENP-A nucleosome. 著者: Stanislau Yatskevich / Kyle W Muir / Dom Bellini / Ziguo Zhang / Jing Yang / Thomas Tischer / Masa Predin / Tom Dendooven / Stephen H McLaughlin / David Barford / 要旨: Kinetochores assemble onto specialized centromeric CENP-A (centromere protein A) nucleosomes (CENP-A) to mediate attachments between chromosomes and the mitotic spindle. We describe cryo-electron ...Kinetochores assemble onto specialized centromeric CENP-A (centromere protein A) nucleosomes (CENP-A) to mediate attachments between chromosomes and the mitotic spindle. We describe cryo-electron microscopy structures of the human inner kinetochore constitutive centromere associated network (CCAN) complex bound to CENP-A reconstituted onto α-satellite DNA. CCAN forms edge-on contacts with CENP-A, and a linker DNA segment of the α-satellite repeat emerges from the fully wrapped end of the nucleosome to thread through the central CENP-LN channel that tightly grips the DNA. The CENP-TWSX histone-fold module further augments DNA binding and partially wraps the linker DNA in a manner reminiscent of canonical nucleosomes. Our study suggests that the topological entrapment of the linker DNA by CCAN provides a robust mechanism by which kinetochores withstand both pushing and pulling forces exerted by the mitotic spindle. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7r5s.cif.gz | 638.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7r5s.ent.gz | 509.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7r5s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/7r5s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/7r5s | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 14336MC 7pb4C 7pb8C 7piiC 7pknC 7r5rC 7r5vC 7ywxC 7yyhC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Centromere protein ... , 15種, 15分子 HIKLMNOPQURTWSX
#1: タンパク質 | 分子量: 28520.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPH, ICEN35 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9H3R5 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 86820.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPI, FSHPRH1, ICEN19, LRPR1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q92674 |
#4: タンパク質 | 分子量: 31696.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPK, ICEN37, FKSG14 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9BS16 |
#5: タンパク質 | 分子量: 39039.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPL, C1orf155, ICEN33 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8N0S6 |
#6: タンパク質 | 分子量: 19761.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPM, C22orf18, ICEN39, PANE1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9NSP4 |
#7: タンパク質 | 分子量: 39609.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPN, C16orf60, ICEN32, BM-309 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96H22 |
#8: タンパク質 | 分子量: 33830.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPO, ICEN36, MCM21R / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9BU64 |
#9: タンパク質 | 分子量: 33210.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPP / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6IPU0 |
#10: タンパク質 | 分子量: 30648.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPQ, C6orf139 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q7L2Z9 |
#11: タンパク質 | 分子量: 47609.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPU, ICEN24, KLIP1, MLF1IP, PBIP1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q71F23 |
#12: タンパク質 | 分子量: 20228.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGB3BP, CENPR, NRIF3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q13352 |
#13: タンパク質 | 分子量: 60502.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPT, C16orf56, ICEN22 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96BT3 |
#14: タンパク質 | 分子量: 10087.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPW, C6orf173, CUG2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q5EE01 |
#15: タンパク質 | 分子量: 15917.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPS, APITD1, FAAP16, MHF1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8N2Z9 |
#16: タンパク質 | 分子量: 8972.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPX, FAAP10, MHF2, STRA13 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A8MT69 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 Ji
#3: DNA鎖 | 分子量: 16459.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 36349 |
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#17: DNA鎖 | 分子量: 16197.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 36349 |
-非ポリマー , 1種, 1分子
#18: 水 | ChemComp-HOH / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human CCAN complex with bound alpha-satellite DNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#16 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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緩衝液 | pH: 7.8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 2.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 123677 / 対称性のタイプ: POINT |