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- PDB-7pkn: Structure of the human CCAN deltaCT complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pkn
タイトルStructure of the human CCAN deltaCT complex
要素(Centromere protein ...セントロメア) x 11
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / Kinetochore (動原体) / chromosome segregation / centromere (セントロメア)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein localization to kinetochore / Mis6-Sim4 complex / centromere complex assembly / kinetochore organization / metaphase chromosome alignment / inner kinetochore / kinetochore binding / sex differentiation / CENP-A containing chromatin assembly / chordate embryonic development ...positive regulation of protein localization to kinetochore / Mis6-Sim4 complex / centromere complex assembly / kinetochore organization / metaphase chromosome alignment / inner kinetochore / kinetochore binding / sex differentiation / CENP-A containing chromatin assembly / chordate embryonic development / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / kinetochore assembly / mitotic sister chromatid segregation / centriolar satellite / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / NRIF signals cell death from the nucleus / mitotic spindle organization / positive regulation of epithelial cell proliferation / chromosome segregation / RHO GTPases Activate Formins / 動原体 / Separation of Sister Chromatids / マイクロフィラメント / 染色体 / nuclear body / 細胞接着 / 細胞分裂 / apoptotic process / 核小体 / regulation of DNA-templated transcription / シグナル伝達 / 核質 / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Centromere subunit L / Kinetochore complex Sim4 subunit Fta1 / Centromere protein R / Centromere protein Q / Centromere protein U / Centromere protein P / Centromere protein H / Kinetochore component, CENP-R / CENP-Q, a CENPA-CAD centromere complex subunit / CENP-A-nucleosome distal (CAD) centromere subunit, CENP-P ...Centromere subunit L / Kinetochore complex Sim4 subunit Fta1 / Centromere protein R / Centromere protein Q / Centromere protein U / Centromere protein P / Centromere protein H / Kinetochore component, CENP-R / CENP-Q, a CENPA-CAD centromere complex subunit / CENP-A-nucleosome distal (CAD) centromere subunit, CENP-P / CENP-A nucleosome associated complex (NAC) subunit / Centromere protein H, C-terminal / Centromere protein Cenp-M / Centromere protein Cenp-K / Centromere protein H (CENP-H) / Centromere protein M (CENP-M) / Centromere-associated protein K / Centromere protein I / Mis6 / Centromere protein O / Cenp-O kinetochore centromere component / Centromere protein Chl4/mis15/CENP-N / Kinetochore protein CHL4 like / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Centromere protein R / Centromere protein P / Centromere protein U / Centromere protein Q / Centromere protein L / Centromere protein I / Centromere protein N / Centromere protein K / Centromere protein O / Centromere protein H / Centromere protein M
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Muir, K.W. / Yatskevich, S. / Bellini, D. / Barford, D.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
Cancer Research UK ドイツ
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) ドイツ
Boehringer Ingelheim Fonds (BIF) ドイツ
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Structure of the human inner kinetochore bound to a centromeric CENP-A nucleosome.
著者: Stanislau Yatskevich / Kyle W Muir / Dom Bellini / Ziguo Zhang / Jing Yang / Thomas Tischer / Masa Predin / Tom Dendooven / Stephen H McLaughlin / David Barford /
要旨: Kinetochores assemble onto specialized centromeric CENP-A (centromere protein A) nucleosomes (CENP-A) to mediate attachments between chromosomes and the mitotic spindle. We describe cryo-electron ...Kinetochores assemble onto specialized centromeric CENP-A (centromere protein A) nucleosomes (CENP-A) to mediate attachments between chromosomes and the mitotic spindle. We describe cryo-electron microscopy structures of the human inner kinetochore constitutive centromere associated network (CCAN) complex bound to CENP-A reconstituted onto α-satellite DNA. CCAN forms edge-on contacts with CENP-A, and a linker DNA segment of the α-satellite repeat emerges from the fully wrapped end of the nucleosome to thread through the central CENP-LN channel that tightly grips the DNA. The CENP-TWSX histone-fold module further augments DNA binding and partially wraps the linker DNA in a manner reminiscent of canonical nucleosomes. Our study suggests that the topological entrapment of the linker DNA by CCAN provides a robust mechanism by which kinetochores withstand both pushing and pulling forces exerted by the mitotic spindle.
履歴
登録2021年8月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Centromere protein H
I: Centromere protein I
K: Centromere protein K
L: Centromere protein L
M: Centromere protein M
N: Centromere protein N
O: Centromere protein O
P: Centromere protein P
Q: Centromere protein Q
U: Centromere protein U
R: Centromere protein R


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)410,97611
ポリマ－410,97611
非ポリマー00
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Centromere protein ... , 11種, 11分子 HIKLMNOPQUR

#1: タンパク質 Centromere protein H / セントロメア / CENP-H / Interphase centromere complex protein 35


分子量: 28520.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPH, ICEN35 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9H3R5
#2: タンパク質 Centromere protein I / セントロメア / CENP-I / FSH primary response protein 1 / Follicle-stimulating hormone primary response protein / ...CENP-I / FSH primary response protein 1 / Follicle-stimulating hormone primary response protein / Interphase centromere complex protein 19 / Leucine-rich primary response protein 1


分子量: 86820.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPI, FSHPRH1, ICEN19, LRPR1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q92674
#3: タンパク質 Centromere protein K / セントロメア / CENP-K / Interphase centromere complex protein 37 / Protein AF-5alpha / p33


分子量: 31696.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPK, ICEN37, FKSG14 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9BS16
#4: タンパク質 Centromere protein L / セントロメア / CENP-L / Interphase centromere complex protein 33


分子量: 39039.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPL, C1orf155, ICEN33 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8N0S6
#5: タンパク質 Centromere protein M / CENPM / CENP-M / Interphase centromere complex protein 39 / Proliferation-associated nuclear element protein 1


分子量: 19761.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPM, C22orf18, ICEN39, PANE1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9NSP4
#6: タンパク質 Centromere protein N / セントロメア / CENP-N / Interphase centromere complex protein 32


分子量: 39609.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPN, C16orf60, ICEN32, BM-309 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96H22
#7: タンパク質 Centromere protein O / CENPO / CENP-O / Interphase centromere complex protein 36


分子量: 33830.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPO, ICEN36, MCM21R / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9BU64
#8: タンパク質 Centromere protein P / セントロメア / CENP-P


分子量: 33210.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPP / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6IPU0
#9: タンパク質 Centromere protein Q / セントロメア / CENP-Q


分子量: 30648.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPQ, C6orf139 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q7L2Z9
#10: タンパク質 Centromere protein U / セントロメア / CENP-U / Centromere protein of 50 kDa / CENP-50 / Interphase centromere complex protein 24 / KSHV ...CENP-U / Centromere protein of 50 kDa / CENP-50 / Interphase centromere complex protein 24 / KSHV latent nuclear antigen-interacting protein 1 / MLF1-interacting protein / Polo-box-interacting protein 1


分子量: 47609.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPU, ICEN24, KLIP1, MLF1IP, PBIP1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q71F23
#11: タンパク質 Centromere protein R / セントロメア / CENP-R / Beta-3-endonexin / Integrin beta-3-binding protein / Nuclear receptor-interacting factor 3


分子量: 20228.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGB3BP, CENPR, NRIF3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q13352

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非ポリマー , 1種, 1分子

#12: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human inner kinetochore CCAN / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#11 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 569755 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 187.12 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002218959
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.503925585
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03762949
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0033212
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.52292446

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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