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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7k24 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Murine polyomavirus pentavalent capsomer, subparticle reconstruction | |||||||||||||||||||||
要素 | Capsid protein VP1カプシド | |||||||||||||||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / polyomavirus (ポリオーマウイルス科) / capsomer (カプソメア) | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus capsid protein VP1 superfamily / Polyomavirus coat protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid / T=7 icosahedral viral capsid / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / Capsid protein VP1 機能・相同性情報 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Mus musculus polyomavirus 1 (ウイルス) | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Goetschius, D.J. / Hafenstein, S.L. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 6件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: Antibody escape by polyomavirus capsid mutation facilitates neurovirulence. 著者: Matthew D Lauver / Daniel J Goetschius / Colleen S Netherby-Winslow / Katelyn N Ayers / Ge Jin / Daniel G Haas / Elizabeth L Frost / Sung Hyun Cho / Carol M Bator / Stephanie M Bywaters / ...著者: Matthew D Lauver / Daniel J Goetschius / Colleen S Netherby-Winslow / Katelyn N Ayers / Ge Jin / Daniel G Haas / Elizabeth L Frost / Sung Hyun Cho / Carol M Bator / Stephanie M Bywaters / Neil D Christensen / Susan L Hafenstein / Aron E Lukacher / 要旨: JCPyV polyomavirus, a member of the human virome, causes progressive multifocal leukoencephalopathy (PML), an oft-fatal demyelinating brain disease in individuals receiving immunomodulatory therapies. ...JCPyV polyomavirus, a member of the human virome, causes progressive multifocal leukoencephalopathy (PML), an oft-fatal demyelinating brain disease in individuals receiving immunomodulatory therapies. Mutations in the major viral capsid protein, VP1, are common in JCPyV from PML patients (JCPyV-PML) but whether they confer neurovirulence or escape from virus-neutralizing antibody (nAb) in vivo is unknown. A mouse polyomavirus (MuPyV) with a sequence-equivalent JCPyV-PML VP1 mutation replicated poorly in the kidney, a major reservoir for JCPyV persistence, but retained the CNS infectivity, cell tropism, and neuropathology of the parental virus. This mutation rendered MuPyV resistant to a monoclonal Ab (mAb), whose specificity overlapped the endogenous anti-VP1 response. Using cryo-EM and a custom sub-particle refinement approach, we resolved an MuPyV:Fab complex map to 3.2 Å resolution. The structure revealed the mechanism of mAb evasion. Our findings demonstrate convergence between nAb evasion and CNS neurovirulence in vivo by a frequent JCPyV-PML VP1 mutation. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7k24.cif.gz | 305.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7k24.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7k24.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/7k24 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/7k24 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42493.172 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mus musculus polyomavirus 1 (ウイルス) 発現宿主: Mus musculoides (ネズミ) / 参照: UniProt: A0A247D727 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Murine polyomavirus strain A2 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Murine polyomavirus strain A2 (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Mus musculoides (ネズミ) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
ウイルス殻 | 直径: 450 nm / 三角数 (T数): 7 |
緩衝液 | pH: 7.9 詳細: 10 mM HEPES pH 7.9, 1 mM CaCl2, 1 mM MgCl2, 5 mM KCl |
試料 | 濃度: 2.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: MuPyV (2.8 mg/mL) |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 45 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア | 名称: RELION / バージョン: 3.1 / カテゴリ: 3次元再構成 | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 185988 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.56 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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