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- EMDB-22643: Murine polyomavirus hexavalent capsomer, subparticle reconstruction -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22643
タイトルMurine polyomavirus hexavalent capsomer, subparticle reconstruction
マップデータMurine polyomavirus hexavalent capsomer, subparticle reconstruction
試料
  • ウイルス: Murine polyomavirus strain A2 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
キーワードpolyomavirus / capsomer / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus capsid protein VP1 superfamily / Polyomavirus coat protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein VP1 / Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus polyomavirus 1 (ウイルス) / Murine polyomavirus strain A2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Goetschius DJ / Hafenstein SL
資金援助 米国, 6件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS088367 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS092662 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI107121 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)F32NS106730 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)F31NS083336 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)T32CA060395 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Antibody escape by polyomavirus capsid mutation facilitates neurovirulence.
著者: Matthew D Lauver / Daniel J Goetschius / Colleen S Netherby-Winslow / Katelyn N Ayers / Ge Jin / Daniel G Haas / Elizabeth L Frost / Sung Hyun Cho / Carol M Bator / Stephanie M Bywaters / ...著者: Matthew D Lauver / Daniel J Goetschius / Colleen S Netherby-Winslow / Katelyn N Ayers / Ge Jin / Daniel G Haas / Elizabeth L Frost / Sung Hyun Cho / Carol M Bator / Stephanie M Bywaters / Neil D Christensen / Susan L Hafenstein / Aron E Lukacher /
要旨: JCPyV polyomavirus, a member of the human virome, causes progressive multifocal leukoencephalopathy (PML), an oft-fatal demyelinating brain disease in individuals receiving immunomodulatory therapies. ...JCPyV polyomavirus, a member of the human virome, causes progressive multifocal leukoencephalopathy (PML), an oft-fatal demyelinating brain disease in individuals receiving immunomodulatory therapies. Mutations in the major viral capsid protein, VP1, are common in JCPyV from PML patients (JCPyV-PML) but whether they confer neurovirulence or escape from virus-neutralizing antibody (nAb) in vivo is unknown. A mouse polyomavirus (MuPyV) with a sequence-equivalent JCPyV-PML VP1 mutation replicated poorly in the kidney, a major reservoir for JCPyV persistence, but retained the CNS infectivity, cell tropism, and neuropathology of the parental virus. This mutation rendered MuPyV resistant to a monoclonal Ab (mAb), whose specificity overlapped the endogenous anti-VP1 response. Using cryo-EM and a custom sub-particle refinement approach, we resolved an MuPyV:Fab complex map to 3.2 Å resolution. The structure revealed the mechanism of mAb evasion. Our findings demonstrate convergence between nAb evasion and CNS neurovirulence in vivo by a frequent JCPyV-PML VP1 mutation.
履歴
登録2020年9月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年10月7日-
マップ公開2020年10月7日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7k25
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7k25
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22643.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22643.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Murine polyomavirus hexavalent capsomer, subparticle reconstruction
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å		1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å		1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.0 / ムービー #1: 3
最小 - 最大-23.310552999999999 - 30.466882999999999
平均 (標準偏差)0.000000001481236 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-150-150-150
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 330.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z330.000330.000330.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ510510510
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-150-150-150
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-23.31130.4670.000

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添付データ

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ハーフマップ: Murine polyomavirus hexavalent capsomer, subparticle reconstruction

ファイルemd_22643_half_map_1.map
注釈Murine polyomavirus hexavalent capsomer, subparticle reconstruction
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Murine polyomavirus hexavalent capsomer, subparticle reconstruction

ファイルemd_22643_half_map_2.map
注釈Murine polyomavirus hexavalent capsomer, subparticle reconstruction
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Murine polyomavirus strain A2

全体名称: Murine polyomavirus strain A2 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Murine polyomavirus strain A2 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1

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超分子 #1: Murine polyomavirus strain A2

超分子名称: Murine polyomavirus strain A2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10636 / 生物種: Murine polyomavirus strain A2 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 450.0 Å / T番号(三角分割数): 7

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分子 #1: Capsid protein VP1

分子名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus polyomavirus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 42.493172 KDa
組換発現生物種: Mus musculoides (ネズミ)
配列文字列: APKRKSGVSK CETKCTKACP RPAPVPKLLI KGGMEVLDLV TGPDSVTEIE AFLNPRMGQP PTPESLTEGG QYYGWSRGIN LATSDTEDS PENNTLPTWS MAKLQLPMLN EDLTCDTLQM WEAVSVKTEV VGSGSLLDVH GFNKPTDTVN TKGISTPVEG S QYHVFAVG ...文字列:
APKRKSGVSK CETKCTKACP RPAPVPKLLI KGGMEVLDLV TGPDSVTEIE AFLNPRMGQP PTPESLTEGG QYYGWSRGIN LATSDTEDS PENNTLPTWS MAKLQLPMLN EDLTCDTLQM WEAVSVKTEV VGSGSLLDVH GFNKPTDTVN TKGISTPVEG S QYHVFAVG GEPLDLQGLV TDARTKYKEE GVVTIKTITK KDMVNKDQVL NPISKAKLDK DGMYPVEIWH PDPAKNENTR YF GNYTGGT TTPPVLQFTN TLTTVLLDEN GVGPLCKGEG LYLSCVDIMG WRVTRNYDVH HWRGLPRYFK ITLRKRWVKN PYP MASLIS SLFNNMLPQV QGQPMEGENT QVEEVRVYDG TEPVPGDPDM TRYVDRFGKT KTVFPGN

UniProtKB: Capsid protein VP1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.9
構成要素:
濃度式
10.0 mMHEPES
1.0 mMCaCl2
1.0 mMMgCl2
5.0 mMKCl

詳細: 10 mM HEPES pH 7.9, 1 mM CaCl2, 1 mM MgCl2, 5 mM KCl
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 %
詳細MuPyV (2.8 mg/mL)

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Initial model generated ab initio in cryoSPARC with I1 symmetry imposed. Initial model for subvolume reconstruction was generated using 10,000 subparticles using ISECC_subpaticle_extract.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 929940
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
詳細: I1-constrained angles for whole capsid derived using 3D Refinement in RELION. Subparticle initial angles and offsets were mathematically derived from icosahedral parameters using ISECC_subpaticle_extract.
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
詳細: Local search for angles and offsets in RELION from the icosahedrally-derived subparticle parameters.
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

1sie

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3gk8

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
詳細Homology model for Fab was generated using SwissModel. Initial models were docked into density in Chimera. Fab CDR loops were manually rebuilt in Coot. Iterative rounds of real space refinements (PHENIX) and manual adjustment (coot) were conducted to improve fit to density.
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-7k25:
Murine polyomavirus hexavalent capsomer, subparticle reconstruction

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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