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万見
- PDB-7k22: Murine polyomavirus pentavalent capsomer with 8A7H5 Fab, subparti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k22
タイトルMurine polyomavirus pentavalent capsomer with 8A7H5 Fab, subparticle reconstruction
要素
  • 8A7H5 Fab heavy chain
  • 8A7H5 Fab light chain
  • Capsid protein VP1
キーワードVIRAL PROTEIN / polyomavirus / capsomer
機能・相同性
機能・相同性情報


T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus capsid protein VP1 superfamily / Polyomavirus coat protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus polyomavirus 1 (ウイルス)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Goetschius, D.J. / Hafenstein, S.L.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS088367 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS092662 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI107121 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)F32NS106730 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)F31NS083336 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)T32CA060395 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Antibody escape by polyomavirus capsid mutation facilitates neurovirulence.
著者: Matthew D Lauver / Daniel J Goetschius / Colleen S Netherby-Winslow / Katelyn N Ayers / Ge Jin / Daniel G Haas / Elizabeth L Frost / Sung Hyun Cho / Carol M Bator / Stephanie M Bywaters / ...著者: Matthew D Lauver / Daniel J Goetschius / Colleen S Netherby-Winslow / Katelyn N Ayers / Ge Jin / Daniel G Haas / Elizabeth L Frost / Sung Hyun Cho / Carol M Bator / Stephanie M Bywaters / Neil D Christensen / Susan L Hafenstein / Aron E Lukacher /
要旨: JCPyV polyomavirus, a member of the human virome, causes progressive multifocal leukoencephalopathy (PML), an oft-fatal demyelinating brain disease in individuals receiving immunomodulatory therapies. ...JCPyV polyomavirus, a member of the human virome, causes progressive multifocal leukoencephalopathy (PML), an oft-fatal demyelinating brain disease in individuals receiving immunomodulatory therapies. Mutations in the major viral capsid protein, VP1, are common in JCPyV from PML patients (JCPyV-PML) but whether they confer neurovirulence or escape from virus-neutralizing antibody (nAb) in vivo is unknown. A mouse polyomavirus (MuPyV) with a sequence-equivalent JCPyV-PML VP1 mutation replicated poorly in the kidney, a major reservoir for JCPyV persistence, but retained the CNS infectivity, cell tropism, and neuropathology of the parental virus. This mutation rendered MuPyV resistant to a monoclonal Ab (mAb), whose specificity overlapped the endogenous anti-VP1 response. Using cryo-EM and a custom sub-particle refinement approach, we resolved an MuPyV:Fab complex map to 3.2 Å resolution. The structure revealed the mechanism of mAb evasion. Our findings demonstrate convergence between nAb evasion and CNS neurovirulence in vivo by a frequent JCPyV-PML VP1 mutation.
履歴
登録2020年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年10月7日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年10月7日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年10月7日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年10月7日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年10月7日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年10月7日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年10月7日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年10月7日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年10月7日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年10月7日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年10月7日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update
改定 1.22025年5月21日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月21日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-22640
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22640
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L1: 8A7H5 Fab light chain
H1: 8A7H5 Fab heavy chain
F1: Capsid protein VP1
L2: 8A7H5 Fab light chain
H2: 8A7H5 Fab heavy chain
F2: Capsid protein VP1
L3: 8A7H5 Fab light chain
H3: 8A7H5 Fab heavy chain
F3: Capsid protein VP1
L4: 8A7H5 Fab light chain
H4: 8A7H5 Fab heavy chain
F4: Capsid protein VP1
L5: 8A7H5 Fab light chain
H5: 8A7H5 Fab heavy chain
F5: Capsid protein VP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)338,98715
ポリマ－338,98715
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area46980 Å2
ΔGint-289 kcal/mol
Surface area127960 Å2

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要素

#1: 抗体
8A7H5 Fab light chain


分子量: 12086.437 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Plasmid details: hybridoma
#2: 抗体
8A7H5 Fab heavy chain


分子量: 13217.701 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Plasmid details: hybridoma
#3: タンパク質
Capsid protein VP1


分子量: 42493.172 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mus musculus polyomavirus 1 (ウイルス)
発現宿主: Mus musculoides (ネズミ) / 参照: UniProt: A0A247D727
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
18A7H5 Fab light chain, 8A7H5 Fab heavy chain, Capsid protein VP1COMPLEXFab fragment generated from rat IgGall0RECOMBINANT
28A7H5 Fab light chain, 8A7H5 Fab heavy chainCOMPLEX#1-#21NATURAL
3Capsid protein VP1COMPLEX#31RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
23Murine polyomavirus strain A2 (ウイルス)10636
12Rattus norvegicus (ドブネズミ)10116
由来(組換発現)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞: NMuMG
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
ウイルス殻直径: 450 nm / 三角数 (T数): 7
緩衝液pH: 7.9
詳細: 10 mM HEPES pH 7.9, 1 mM CaCl2, 1 mM MgCl2, 5 mM KCl
試料濃度: 2.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: MuPyV (2.8 mg/mL) was incubated with 8A7H5 Fab (1.1 mg/mL) for 30 m at room temperature
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 45 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1-3660_3260: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
8PHENIXモデル精密化
13RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 109752 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00722225
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.71930290
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d19.0112995
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0473335
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0053905

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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