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- PDB-7k0j: Human serine palmitoyltransferase complex SPTLC1/SPLTC2/ssSPTa pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k0j
タイトルHuman serine palmitoyltransferase complex SPTLC1/SPLTC2/ssSPTa protomer
要素
  • Serine palmitoyltransferase 1Serine C-palmitoyltransferase
  • Serine palmitoyltransferase 2Serine C-palmitoyltransferase
  • Serine palmitoyltransferase small subunit ASerine C-palmitoyltransferase
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Sphingolipid (スフィンゴ脂質)
機能・相同性
機能・相同性情報


serine C-palmitoyltransferase complex / regulation of fat cell apoptotic process / sphinganine biosynthetic process / sphingomyelin biosynthetic process / serine C-palmitoyltransferase / serine C-palmitoyltransferase activity / SPOTS complex / sphingosine biosynthetic process / sphingolipid biosynthetic process / ceramide biosynthetic process ...serine C-palmitoyltransferase complex / regulation of fat cell apoptotic process / sphinganine biosynthetic process / sphingomyelin biosynthetic process / serine C-palmitoyltransferase / serine C-palmitoyltransferase activity / SPOTS complex / sphingosine biosynthetic process / sphingolipid biosynthetic process / ceramide biosynthetic process / positive regulation of lipophagy / sphingolipid metabolic process / adipose tissue development / pyridoxal phosphate binding / protein localization / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 / integral component of membrane
Small subunit of serine palmitoyltransferase-like / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase, class-II, pyridoxal-phosphate binding site
Serine palmitoyltransferase 1 / Serine palmitoyltransferase 2 / Serine palmitoyltransferase small subunit A
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Wang, Y. / Niu, Y. / Zhang, Z. / Zhao, H. / Myasnikov, A. / Kalathur, R. / Lee, C.H.
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / : 2021
タイトル: Structural insights into the regulation of human serine palmitoyltransferase complexes.
著者: Yingdi Wang / Yiming Niu / Zhe Zhang / Kenneth Gable / Sita D Gupta / Niranjanakumari Somashekarappa / Gongshe Han / Hongtu Zhao / Alexander G Myasnikov / Ravi C Kalathur / Teresa M Dunn / Chia-Hsueh Lee /
要旨: Sphingolipids are essential lipids in eukaryotic membranes. In humans, the first and rate-limiting step of sphingolipid synthesis is catalyzed by the serine palmitoyltransferase holocomplex, which ...Sphingolipids are essential lipids in eukaryotic membranes. In humans, the first and rate-limiting step of sphingolipid synthesis is catalyzed by the serine palmitoyltransferase holocomplex, which consists of catalytic components (SPTLC1 and SPTLC2) and regulatory components (ssSPTa and ORMDL3). However, the assembly, substrate processing and regulation of the complex are unclear. Here, we present 8 cryo-electron microscopy structures of the human serine palmitoyltransferase holocomplex in various functional states at resolutions of 2.6-3.4 Å. The structures reveal not only how catalytic components recognize the substrate, but also how regulatory components modulate the substrate-binding tunnel to control enzyme activity: ssSPTa engages SPTLC2 and shapes the tunnel to determine substrate specificity. ORMDL3 blocks the tunnel and competes with substrate binding through its amino terminus. These findings provide mechanistic insights into sphingolipid biogenesis governed by the serine palmitoyltransferase complex.
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
履歴
登録2020年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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ムービー
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  • マップデータ: EMDB-22599
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Serine palmitoyltransferase 1
B: Serine palmitoyltransferase 2
C: Serine palmitoyltransferase small subunit A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,0496
ポリマ-124,2823
非ポリマー1,7673
0
1


タイプ名称対称操作
identity operation1_5551
Buried area12290 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area38480 Å2

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要素

#1: タンパク質 Serine palmitoyltransferase 1 / Serine C-palmitoyltransferase / Long chain base biosynthesis protein 1 / LCB 1 / Serine-palmitoyl-CoA transferase 1 / SPT1


分子量: 52806.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPTLC1, LCB1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15269, serine C-palmitoyltransferase
#2: タンパク質 Serine palmitoyltransferase 2 / Serine C-palmitoyltransferase / Long chain base biosynthesis protein 2 / LCB 2 / Long chain base biosynthesis protein 2a / LCB2a / ...Long chain base biosynthesis protein 2 / LCB 2 / Long chain base biosynthesis protein 2a / LCB2a / Serine-palmitoyl-CoA transferase 2 / SPT 2


分子量: 63004.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPTLC2, KIAA0526, LCB2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15270, serine C-palmitoyltransferase
#3: タンパク質 Serine palmitoyltransferase small subunit A / Serine C-palmitoyltransferase / Small subunit of serine palmitoyltransferase A / ssSPTa


分子量: 8471.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPTSSA, C14orf147, SSSPTA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q969W0
#4: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸 / ピリドキサールリン酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C8H10NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-POV / (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / POPC / POホスファチジルコリン


分子量: 760.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C42H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: human serine palmitoyltransferase complexes / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 60.35 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 157895 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
精密化-IDタイプDev ideal
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0067839
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.68910591
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d22.3212913
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0461169
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041360

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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