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Yorodumi- PDB-2yib: Structure of the RNA polymerase VP1 from Infectious Pancreatic Ne... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2yib | ||||||
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Title | Structure of the RNA polymerase VP1 from Infectious Pancreatic Necrosis Virus | ||||||
Components | (RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE) x 2 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / REVERSE TRANSCRIPTASE / IPNV | ||||||
Function / homology | Function and homology information viral genome replication / virion component / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / GTP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | INFECTIOUS PANCREATIC NECROSIS VIRUS | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.8 Å | ||||||
Authors | Graham, S.C. / Sarin, L.P. / Bahar, M.W. / Myers, R.A. / Stuart, D.I. / Bamford, D.H. / Grimes, J.M. | ||||||
Citation | Journal: Plos Pathog. / Year: 2011 Title: The N-Terminus of the RNA Polymerase from Infectious Pancreatic Necrosis Virus is the Determinant of Genome Attachment. Authors: Graham, S.C. / Sarin, L.P. / Bahar, M.W. / Myers, R.A. / Stuart, D.I. / Bamford, D.H. / Grimes, J.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2yib.cif.gz | 1.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2yib.ent.gz | 1001.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2yib.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2yib_validation.pdf.gz | 457.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2yib_full_validation.pdf.gz | 474.1 KB | Display | |
Data in XML | 2yib_validation.xml.gz | 95.4 KB | Display | |
Data in CIF | 2yib_validation.cif.gz | 131.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/2yib ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/2yib | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2yi8C 2yi9SC 2yiaC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 95632.492 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) INFECTIOUS PANCREATIC NECROSIS VIRUS / Strain: JASPER / Plasmid: PDEST14 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): ROSETTA PLYSS References: UniProt: P22173, RNA-directed RNA polymerase, RNA-directed DNA polymerase #2: Protein | | Mass: 83999.883 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) INFECTIOUS PANCREATIC NECROSIS VIRUS / Strain: JASPER / Plasmid: PDEST14 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): ROSETTA PLYSS References: UniProt: P22173, RNA-directed RNA polymerase, RNA-directed DNA polymerase Sequence details | GIVEN THE LOW RESOLUTION OF THE DIFFRACTION DATA THE AUTHORS WERE UNABLE TO RELIABLY BUILD A MAIN ...GIVEN THE LOW RESOLUTION | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.02 Å3/Da / Density % sol: 63.66 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Method: vapor diffusion, sitting drop Details: CRYSTALS OF FULL-LENGTH VP1 WERE GROWN IN SITTING DROPS CONTAINING 100 NL PROTEIN (5.3 MG/ML) PLUS 5 MM MNCL2 AND 100 NL RESERVOIR SOLUTION (20% W/V PEG3350, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE PH 7.5, 0. ...Details: CRYSTALS OF FULL-LENGTH VP1 WERE GROWN IN SITTING DROPS CONTAINING 100 NL PROTEIN (5.3 MG/ML) PLUS 5 MM MNCL2 AND 100 NL RESERVOIR SOLUTION (20% W/V PEG3350, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE PH 7.5, 0.2 M SODIUM CITRATE, 20 MM ATP, 5% V/V MPD, 10 MM NAOH) EQUILIBRATED AGAINST 95 UL RESERVOIRS AT 20.5 C. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-2 / Wavelength: 0.933 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4r / Detector: CCD / Date: Dec 16, 2006 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.933 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.8→45.24 Å / Num. obs: 45508 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 51.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.3 / Net I/σ(I): 4.5 |
Reflection shell | Resolution: 3.8→4.01 Å / Redundancy: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2YI9 Resolution: 3.8→44.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8795 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 Details: RESIDUES D688 TO 770, CORE SEGMENT OF CHAIN D, COULD NOT BE DOCKED INTO SEQUENCE. AS SUCH THEY WERE OMITTED FROM REFINEMENT AND ARE SHOWN FOR ILLUSTRATIVE PURPOSES ONLY. IDEAL-DIST CONTACT ...Details: RESIDUES D688 TO 770, CORE SEGMENT OF CHAIN D, COULD NOT BE DOCKED INTO SEQUENCE. AS SUCH THEY WERE OMITTED FROM REFINEMENT AND ARE SHOWN FOR ILLUSTRATIVE PURPOSES ONLY. IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY.
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Displacement parameters | Biso mean: 99.51 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.735 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.8→44.43 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.8→3.9 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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