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- PDB-7ed9: Crystal structure of selenomethionine-labeled Thermus thermophilu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ed9
タイトルCrystal structure of selenomethionine-labeled Thermus thermophilus FakA ATP-binding domain
要素Probable kinase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / Fatty acid kinase / ATP-binding protein / Lipid metabolism (脂質代謝) / phosphotransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerone kinase activity / glycerol metabolic process / リン酸化
類似検索 - 分子機能
DAK2 domain-containing protein YloV / Uncharacterised protein, DhaK domain / Fatty acid kinase subunit A-like, C-terminal / Dak1_2 / DhaL domain / DhaL domain superfamily / DAK2 domain / DhaL domain profile. / Dak2
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Probable kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01764160944 Å
データ登録者Nakatani, M. / Nakahara, S. / Fukui, K. / Murakawa, T. / Masui, R.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of a nucleotide-binding domain of fatty acid kinase FakA from Thermus thermophilus HB8.
著者: Nakatani, M. / Nakahara, S.Y. / Fukui, K. / Urano, M. / Fujii, Y. / Murakawa, T. / Baba, S. / Kumasaka, T. / Okanishi, H. / Kanai, Y. / Yano, T. / Masui, R.
履歴
登録2021年3月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable kinase
B: Probable kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3478
ポリマ－47,3962
非ポリマー9526
水1,946108
1
A: Probable kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1744
ポリマ－23,6981
非ポリマー4763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1040 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area8850 Å2
手法PISA
2
B: Probable kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1744
ポリマ－23,6981
非ポリマー4763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1040 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area8300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.740, 90.740, 112.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-304-

HOH

21B-301-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAMETMET(chain A and (resseq 4:11 or (resid 12 and (name...AA4 - 6425 - 85
12GLNGLNLEULEU(chain A and (resseq 4:11 or (resid 12 and (name...AA66 - 9187 - 112
13GLYGLYSERSER(chain A and (resseq 4:11 or (resid 12 and (name...AA93 - 119114 - 140
14LYSLYSALAALA(chain A and (resseq 4:11 or (resid 12 and (name...AA122 - 158143 - 179
15GLUGLULEULEU(chain A and (resseq 4:11 or (resid 12 and (name...AA161 - 163182 - 184
16THRTHRPROPRO(chain A and (resseq 4:11 or (resid 12 and (name...AA166 - 167187 - 188
17LEULEULEULEU(chain A and (resseq 4:11 or (resid 12 and (name...AA169 - 173190 - 194
18GLNGLNLEULEU(chain A and (resseq 4:11 or (resid 12 and (name...AA175 - 198196 - 219
29ALAALAMETMET(chain B and (resseq 4:64 or resseq 66:91 or resseq...BB4 - 6425 - 85
210GLNGLNLEULEU(chain B and (resseq 4:64 or resseq 66:91 or resseq...BB66 - 9187 - 112
211GLYGLYSERSER(chain B and (resseq 4:64 or resseq 66:91 or resseq...BB93 - 119114 - 140
212LYSLYSALAALA(chain B and (resseq 4:64 or resseq 66:91 or resseq...BB122 - 158143 - 179
213GLUGLULEULEU(chain B and (resseq 4:64 or resseq 66:91 or resseq...BB161 - 163182 - 184
214THRTHRPROPRO(chain B and (resseq 4:64 or resseq 66:91 or resseq...BB166 - 167187 - 188
215LEULEULEULEU(chain B and (resseq 4:64 or resseq 66:91 or resseq...BB169 - 173190 - 194
216GLNGLNLEULEU(chain B and (resseq 4:64 or resseq 66:91 or resseq...BB175 - 198196 - 219

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要素

#1: タンパク質 Probable kinase / FakA


分子量: 23697.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
遺伝子: TTHA0214 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SLS9
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 2.2M sodium chloride, 0.1M tris-HCl pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.0176→47.939 Å / Num. obs: 31444 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 35.9817979205 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.02→2.09 Å / 冗長度: 14.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.18 / Num. unique obs: 3068 / CC1/2: 0.765 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSdata processing
XDSデータスケーリング
PHENIX1.10.1_2155位相決定
PHENIX1.10.1_2155モデル構築
Coot0.7.2モデル構築
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7ED6

7ed6


解像度: 2.01764160944→47.8397910997 Å / SU ML: 0.260464862152 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3434917436 / 位相誤差: 25.8674484197
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247934236065 1568 4.98664292075 %
Rwork0.226847345998 29876 -
obs0.227919186825 31444 99.5378284267 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 41.0891061531 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01764160944→47.8397910997 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2892 0 58 108 3058
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002270378278982999
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6579774836114077
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0365539563146466
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0037196713034527
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.02058661061783
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.01765-2.08280.3371528258351360.3514127176362617X-RAY DIFFRACTION98.5325697924
2.0828-2.15720.3334673568581390.3092655322162677X-RAY DIFFRACTION99.3648553282
2.1572-2.24360.2955786790841400.2927995029882650X-RAY DIFFRACTION99.7140814868
2.2436-2.34570.2953994571471400.2586805829712669X-RAY DIFFRACTION99.0130419457
2.3457-2.46930.2962579366291430.2516165288592687X-RAY DIFFRACTION99.61281239
2.4693-2.6240.2543685550581400.2418423883692686X-RAY DIFFRACTION99.6473906911
2.624-2.82660.3095089502751420.2480420106142714X-RAY DIFFRACTION99.6510816469
2.8266-3.1110.2415238979721430.2352780812842714X-RAY DIFFRACTION99.7904296193
3.111-3.56110.2261358212051440.2175311543662749X-RAY DIFFRACTION99.8619261305
3.5611-4.48610.2087743969291470.1901746567282776X-RAY DIFFRACTION99.9316239316
4.4861-47.8390.2280143974171540.2006260236622937X-RAY DIFFRACTION99.8062641266
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8375640022910.8860571582670.01591516831461.029191108350.1976577276331.825464928830.03335314224720.0223747483279-0.04399819724610.120326754215-0.02826910047820.0202575486250.294738896405-0.0598331969493-9.88692537502E-50.3154957282610.01451117857070.001018923255370.245591204816-0.01882397920760.29165895093923.9711418508-24.8700767066-13.0311040699
20.7861474987851.050463606320.2788498408561.569027863440.6258276881112.225402747180.130865279487-0.151759959281-0.002765793609280.148217115602-0.1789319218560.01381084437620.27139665587-0.392157619604-0.007676082808260.284762793796-0.07769692449830.03510005103170.3401183597-0.01042801428320.30189913701516.4332831728-17.201503558313.1999575915
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq -1:198)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 4:198)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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