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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7dhp | ||||||
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Title | Crystal structure of MazF from Deinococcus radiodurans | ||||||
![]() | Endoribonuclease MazF | ||||||
![]() | TOXIN / Toxin-antitoxin / ribonuclease | ||||||
Function / homology | mRNA interferase PemK-like / PemK-like, MazF-like toxin of type II toxin-antitoxin system / Plasmid maintenance toxin/Cell growth inhibitor / Hydrolases; Acting on ester bonds; Endoribonucleases producing 3'-phosphomonoesters / hydrolase activity / DNA binding / Endoribonuclease MazF![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhao, Y. / Dai, J. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: MazEF Toxin-Antitoxin System-Mediated DNA Damage Stress Response in Deinococcus radiodurans. Authors: Dai, J. / Chen, Z. / Hou, J. / Wang, Y. / Guo, M. / Cao, J. / Wang, L. / Xu, H. / Tian, B. / Zhao, Y. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 120.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 81 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 449.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 450.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 12.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 17.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6kysS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 14636.585 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: mazF / Plasmid: Pet28a / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: A0A6G9BVQ8, Hydrolases; Acting on ester bonds; Endoribonucleases producing 3'-phosphomonoesters #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.36 Å3/Da / Density % sol: 47.93 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 / Details: ammonium sulfate, BIS-TRIS, PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Dec 12, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.3→30 Å / Num. obs: 66360 / % possible obs: 96.1 % / Redundancy: 4.179 % / Biso Wilson estimate: 13.42 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rrim(I) all: 0.068 / Χ2: 0.958 / Net I/σ(I): 14.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6KYS Resolution: 1.3→27.83 Å / SU ML: 0.0884 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 15.5877 / Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.64 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.3→27.83 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -25.1792162903 Å / Origin y: -1.70515737433 Å / Origin z: -6.02644325283 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |