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万見
- PDB-7d8i: Crystal structure of nucleoside phosphatase Sa1684 complex with A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d8i
タイトルCrystal structure of nucleoside phosphatase Sa1684 complex with ATP analogue from staphylococus aureus
要素UPF0374 protein SA1684
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN (細胞質基質) / nucleotide phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside diphosphate phosphatase / nucleoside-triphosphate phosphatase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Uncharacterised protein family UPF0374 / Domain of unknown function DUF402 / FomD-like superfamily / Protein of unknown function (DUF402)
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / Nucleoside triphosphate/diphosphate phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Wang, Z. / Li, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971124 中国
引用
ジャーナル: Febs J. / 年: 2021
タイトル: The structural mechanism for the nucleoside tri- and diphosphate hydrolysis activity of Ntdp from Staphylococcus aureus.
著者: Wang, Z. / Shen, H. / He, B. / Teng, M. / Guo, Q. / Li, X.
#1: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2016
タイトル: Novel Nucleoside Diphosphatase Contributes to Staphylococcus aureus Virulence
著者: Kenta, I. / Yuki, S.
履歴
登録2020年10月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0374 protein SA1684
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3384
ポリマ－21,7351
非ポリマー6033
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area9250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.298, 36.478, 56.074
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.520, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 UPF0374 protein SA1684


分子量: 21734.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 (黄色ブドウ球菌)
株: N315 / 遺伝子: SA1684 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7A4T2
#2: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.08 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 20% PEG400, 0.1M sodium citrate pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 1.2809 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→50 Å / Num. obs: 24142 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 23.05
反射 シェル解像度: 1.62→1.65 Å / Num. unique obs: 1219 / CC1/2: 0.96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.62→42.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 1.616 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1963 1248 5.2 %RANDOM
Rwork0.1773 ---
obs0.1783 22883 99.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 61.37 Å2 / Biso mean: 21.087 Å2 / Biso min: 9.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.45 Å20 Å2-0.28 Å2
2---0.95 Å20 Å2
3---0.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.62→42.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1477 0 33 107 1617
Biso mean--22.64 32.71 -
残基数----174
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0131553
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171362
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7131.6512111
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4381.5853172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6195173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.36822.96791
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.51315267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.012158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2197
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021699
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02336
LS精密化 シェル解像度: 1.622→1.664 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 93 -
Rwork0.222 1646 -
all-1739 -
obs--96.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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