PDB-2nv0: Structure of the glutaminase subunit Pdx2 (YaaE) of PLP synthase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2nv0

タイトル

Structure of the glutaminase subunit Pdx2 (YaaE) of PLP synthase from Bacillus subtilis

要素

Glutamine amidotransferase subunit pdxT

キーワード

TRANSFERASE / 3-Layer(aba) Sandwich / Rossmann fold / Glutaminase

機能・相同性

機能・相同性情報

pyridoxine metabolic process / glutaminase complex / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) activity / pyridoxal phosphate biosynthetic process / glutamine catabolic process / glutaminase / glutaminase activity / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.73 Å

データ登録者

Strohmeier, M. / Tews, I. / Sinning, I.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Structure of a bacterial pyridoxal 5'-phosphate synthase complex
著者: Strohmeier, M. / Raschle, T. / Mazurkiewicz, J. / Rippe, K. / Sinning, I. / Fitzpatrick, T.B. / Tews, I.

履歴

登録	2006年11月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年12月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2nv0.cif.gz	95.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2nv0.ent.gz	72.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2nv0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2nv0_validation.pdf.gz	432.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2nv0_full_validation.pdf.gz	437.6 KB	表示
XML形式データ	2nv0_validation.xml.gz	20.8 KB	表示
CIF形式データ	2nv0_validation.cif.gz	31.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nv/2nv0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nv/2nv0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2nv1C 2nv2C 1r9gS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6v1m-d 6d1g-d 7d8l-d 5ypm-4 6tt8-d 6d1j-d 5onk-d 1dr4-d 1hfq-d 6d1a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamine amidotransferase subunit pdxT

B: Glutamine amidotransferase subunit pdxT

42.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutamine amidotransferase subunit pdxT

登録者が定義した集合体
21.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glutamine amidotransferase subunit pdxT

登録者が定義した集合体
21.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.440, 81.606, 117.285
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Glutamine amidotransferase subunit pdxT / Glutamine amidotransferase glutaminase subunit pdxT 分子量: 21470.607 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: strain 168 / 遺伝子: pdxT / プラスミド: pET-BsPdx2, pET-BsYaaE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 [DE3] / 参照: UniProt: P37528, EC: 2.6.-.-
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Glutamine amidotransferase subunit pdxT / Glutamine amidotransferase glutaminase subunit pdxT

分子量: 21470.607 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: strain 168 / 遺伝子: pdxT / プラスミド: pET-BsPdx2, pET-BsYaaE / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 [DE3] / 参照: UniProt: P37528, EC: 2.6.-.-

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.4 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 12.4% PEG 8000, 6% ethylene glycol, 100mM cacodylic acid, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月25日 / 詳細: ESRF
放射	モノクロメーター: ESRF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.73→50 Å / Num. all: 46456 / Num. obs: 45697 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.3 % / B_iso Wilson estimate: 28 Å² / R_sym value: 0.065 / Net I/σ(I): 17.3
反射シェル	解像度: 1.73→1.75 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / R_sym value: 0.492 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1R9G

1r9g

解像度: 1.73→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 4.686 / SU ML: 0.078 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21579	2310	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17956	-	-	-
obs	0.18147	43316	98.37 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.489 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.84 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.34 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.213 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.73→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2892	0	0	405	3297

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	3042
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2083
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.706	1.969	4111
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.007	3	5094
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.761	5	373
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.867	24.267	150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.578	15	543
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.338	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	478
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3354
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	598
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.249	0.2	642
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.239	0.2	2224
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	1482
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	1670
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.296	0.2	294
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.36	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.363	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.183	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.712	1.5	2054
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.188	1.5	775
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.093	2	3042
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.017	3	1210
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.556	4.5	1069
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.73→1.775 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.301	177	-
R_work	0.228	3171	-
obs	-	-	99.47 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6526	-0.1929	0.179	1.0797	-0.2387	1.1104	-0.004	-0.0011	-0.01	0.0516	0.0159	0.0547	-0.0529	-0.1104	-0.0119	-0.0522	0.0011	-0.0025	-0.0094	0.0217	-0.0323	1.9574	12.5209	-23.8593
2	0.6582	-0.0013	-0.061	1.0345	0.1561	0.8695	-0.0197	0.0145	-0.0014	0.1242	0.0057	-0.0348	-0.0268	0.0074	0.014	-0.0051	0.013	0.0005	-0.0549	0.0146	-0.0331	-16.2143	-9.0814	-5.0789

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 195	1 - 195
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 194	1 - 194

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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