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万見
- PDB-3gbo: Crystal structure of BmooMPalpha-I, a non-hemorrhagic metalloprot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gbo
タイトルCrystal structure of BmooMPalpha-I, a non-hemorrhagic metalloproteinase isolated from Bothrops moojeni snake venom
要素Zinc metalloproteinase BmooMPalfa-I
キーワードHYDROLASE / snake venom metalloproteinase / Metal-binding / Metalloprotease / Protease / Secreted / Toxin / Zinc
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / metalloendopeptidase activity / toxin activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Reprolysin domain, adamalysin-type / Reprolysin (M12B) family zinc metalloprotease / Peptidase M12B, ADAM/reprolysin / ADAM type metalloprotease domain profile. / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Snake venom metalloproteinase BmooMPalpha-I
類似検索 - 構成要素
生物種Bothrops moojeni (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Akao, P.K. / Tonoli, C.C.C. / Murakami, M.T.
引用ジャーナル: Toxicon / 年: 2010
タイトル: Structural studies of BmooMPalpha-I, a non-hemorrhagic metalloproteinase from Bothrops moojeni venom.
著者: Akao, P.K. / Tonoli, C.C. / Navarro, M.S. / Cintra, A.C. / Neto, J.R. / Arni, R.K. / Murakami, M.T.
履歴
登録2009年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc metalloproteinase BmooMPalfa-I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8043
ポリマ－22,6991
非ポリマー1052
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.074, 48.732, 54.393
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.56, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Zinc metalloproteinase BmooMPalfa-I


分子量: 22698.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bothrops moojeni (ヘビ) / 組織: Venom
参照: UniProt: P85314, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: PEG 8000, Tris buffer, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.428 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月10日
放射モノクロメーター: Sagital Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.428 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→20.8 Å / Num. all: 19460 / Num. obs: 19308 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 1.76→1.83 Å / % possible all: 66.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.77→20.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 2.508 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2182 990 5.1 %RANDOM
Rwork0.17179 ---
all0.179 19460 --
obs0.17412 18472 93.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.737 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.58 Å20 Å20.81 Å2
2--0.68 Å20 Å2
3---0.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→20.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1588 0 2 144 1734
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0211627
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8981.922205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6565199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.07624.3982
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.81315277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.921159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.340.2240
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211246
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2511.5995
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2921608
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.643632
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.7344.5597
LS精密化 シェル解像度: 1.77→1.81 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 60 -
Rwork0.338 880 -
obs--61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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