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万見
- PDB-6zyh: Crystal structure of GRP78 (70kDa heat shock protein 5 / BiP) ATP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zyh
タイトルCrystal structure of GRP78 (70kDa heat shock protein 5 / BiP) ATPase domain in complex with ADP and calcium
要素Endoplasmic reticulum chaperone BiP
キーワードCHAPERONE (シャペロン) / BiP / HSP70 (Hsp70) / GRP78 (BiP (タンパク質)) / ATPase domain (ATPアーゼ) / NBD / ADP (アデノシン二リン酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / post-translational protein targeting to membrane, translocation / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / negative regulation of protein-containing complex assembly / ATP-dependent protein folding chaperone / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / メラノソーム / 小胞体 / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process ...negative regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / post-translational protein targeting to membrane, translocation / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / negative regulation of protein-containing complex assembly / ATP-dependent protein folding chaperone / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / メラノソーム / 小胞体 / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / 細胞膜 / ATP hydrolysis activity / ミトコンドリア / ATP binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Endoplasmic reticulum chaperone BIP, nucleotide-binding domain / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Endoplasmic reticulum chaperone BiP
類似検索 - 構成要素
生物種Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Yan, Y. / Preissler, S. / Ron, D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome TrustWellcome 200848/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Calcium depletion challenges endoplasmic reticulum proteostasis by destabilising BiP-substrate complexes.
著者: Preissler, S. / Rato, C. / Yan, Y. / Perera, L.A. / Czako, A. / Ron, D.
履歴
登録2020年8月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoplasmic reticulum chaperone BiP
B: Endoplasmic reticulum chaperone BiP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,7528
ポリマ－83,7372
非ポリマー1,0156
水3,927218
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3280 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area32590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.359, 51.862, 93.082
Angle α, β, γ (deg.)78.070, 86.720, 62.280
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Endoplasmic reticulum chaperone BiP / 78 kDa glucose-regulated protein / GRP-78 / Binding-immunoglobulin protein / BiP / Heat shock ...78 kDa glucose-regulated protein / GRP-78 / Binding-immunoglobulin protein / BiP / Heat shock protein 70 family protein 5 / HSP70 family protein 5 / Heat shock protein family A member 5 / Immunoglobulin heavy chain-binding protein


分子量: 41868.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
遺伝子: HSPA5, GRP78, I79_019946 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: G3I8R9, non-chaperonin molecular chaperone ATPase
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 26% PEG6000, 0.2M CaCl2, 0.1MNaOAc Ph5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97628 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97628 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→29.14 Å / Num. obs: 62200 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 8.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 1.88→1.92 Å / Rmerge(I) obs: 0.989 / Num. unique obs: 3792 / CC1/2: 0.669

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IUC

3iuc


解像度: 1.88→29.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 3.557 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2249 3141 5.1 %RANDOM
Rwork0.2088 ---
obs0.2097 59027 97.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 73.74 Å2 / Biso mean: 32.466 Å2 / Biso min: 21.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1 Å20.04 Å21.21 Å2
2---0.49 Å2-0.54 Å2
3----0.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.88→29.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5802 0 58 218 6078
Biso mean--23.71 34.64 -
残基数----758
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0136016
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175680
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1631.6498143
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1011.58413176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3975770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.26722.997297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.591151064
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.5991536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0380.2812
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.026772
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021210
LS精密化 シェル解像度: 1.88→1.929 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 241 -
Rwork0.288 4209 -
all-4450 -
obs--93.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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