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万見
- PDB-6n8r: Crystal structure of the human cell polarity protein Lethal Giant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n8r
タイトルCrystal structure of the human cell polarity protein Lethal Giant Larvae 2 (Lgl2). aPKC phosphorylated, crystal form 2.
要素Lethal(2) giant larvae protein homolog 2
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Lgl / Polarity / beta propeller
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of spindle orientation / establishment or maintenance of polarity of embryonic epithelium / regulation of establishment or maintenance of cell polarity / L-leucine transport / myosin II binding / regulation of Notch signaling pathway / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / Golgi to plasma membrane transport / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / cortical actin cytoskeleton organization ...establishment of spindle orientation / establishment or maintenance of polarity of embryonic epithelium / regulation of establishment or maintenance of cell polarity / L-leucine transport / myosin II binding / regulation of Notch signaling pathway / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / Golgi to plasma membrane transport / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / cortical actin cytoskeleton organization / labyrinthine layer blood vessel development / cortical actin cytoskeleton / exocytosis / GTPase activator activity / post-embryonic development / adherens junction / PDZ domain binding / multicellular organism growth / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lethal(2) giant larvae protein / Lethal giant larvae homologue 2 / LLGL2 / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / WD40 repeats ...Lethal(2) giant larvae protein / Lethal giant larvae homologue 2 / LLGL2 / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LLGL scribble cell polarity complex component 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Almagor, L. / Weis, W.I.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)MH58570 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Structural insights into the aPKC regulatory switch mechanism of the human cell polarity protein lethal giant larvae 2.
著者: Almagor, L. / Ufimtsev, I.S. / Ayer, A. / Li, J. / Weis, W.I.
履歴
登録2018年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年6月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lethal(2) giant larvae protein homolog 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,4033
ポリマ－109,2751
非ポリマー1282
水5,909328
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area390 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area34470 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)173.570, 46.562, 137.228
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.840, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1001-

CL

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要素

#1: タンパク質 Lethal(2) giant larvae protein homolog 2 / HGL


分子量: 109275.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Human Lgl2(13-978) aPKC phosphorylated at S641, S645, S649, S653, S660, S663 and S680. The phosphorylated residues are all positioned in an unstructered loop.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LLGL2 / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q6P1M3
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.14 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 25% PEG 1500, 100 mM SPG pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→39.05 Å / Num. obs: 66987 / % possible obs: 86.9 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 429153 / Scaling rejects: 2
反射 シェル解像度: 1.91→1.95 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 10.548 / Num. unique obs: 2420 / CC1/2: 0.117 / Rpim(I) all: 5.476 / Rrim(I) all: 11.922 / % possible all: 47.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.91→34.272 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.47
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2192 1888 5 %
Rwork0.1961 --
obs0.1973 37726 48.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 128.77 Å2 / Biso mean: 39.6811 Å2 / Biso min: 6.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.91→34.272 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6472 0 7 328 6807
Biso mean--30.65 34.73 -
残基数----831
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9102-1.96180.3937100.31231441543
1.9618-2.01950.365290.3512302394
2.0195-2.08470.3465240.30284574818
2.0847-2.15920.3018480.289279183914
2.1592-2.24560.3028970.28221567166428
2.2456-2.34780.32281100.30692156226639
2.3478-2.47160.3061440.27952542268645
2.4716-2.62640.28691560.2743008316453
2.6264-2.82910.29961790.25543651383065
2.8291-3.11360.27352560.24464526478280
3.1136-3.56370.22522820.19825397567995
3.5637-4.48840.16472980.15475602590098
4.4884-34.27780.18222750.1585767604298
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1069-0.0268-0.050.02680.06690.1662-0.0114-0.05230.0599-0.1164-0.1043-0.0069-0.20730.2225-0.06680.2303-0.1154-0.01780.1030.08960.1393126.9632-50.9747145.914
20.0209-0.03130.02780.0790.01280.0806-0.07020.00920.05830.08910.0609-0.1731-0.04640.27730.00070.2165-0.02920.01010.27620.02990.2095139.7048-57.5882171.6218
30.13770.0168-0.05480.0215-0.01810.0435-0.0624-0.1676-0.0030.0766-0.02140.041-0.06940.0018-0.02250.23270.006-0.01170.0915-0.00960.1372116.341-54.8752167.441
40.1610.00330.13410.165-0.10210.2091-0.0173-0.2262-0.00120.1593-0.0150.0774-0.2436-0.3389-0.00020.22020.05260.02810.2602-0.04830.214494.6512-54.3104151.6395
50.1524-0.0999-0.03390.1514-0.03920.4826-0.05070.0124-0.02970.1297-0.04140.0303-0.2344-0.6346-0.2327-0.05170.12040.04310.2706-0.04150.168989.5625-54.0663131.0781
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 126 )A1 - 126
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 127 through 285 )A127 - 285
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 286 through 375 )A286 - 375
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 376 through 551 )A376 - 551
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 552 through 926 )A552 - 926

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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