PDB-3tjl: Crystal Structure of a Novel OYE from the Xylose-fermenting Fungu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tjl

タイトル

Crystal Structure of a Novel OYE from the Xylose-fermenting Fungus P. stipitis

要素

NADPH dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Old yellow enzyme / Flavin mononucleotide / TIM barrel / NADPH oxidoreductase / Enone Reductase / Alkene reductase / stereocomplementarity / stereoselective / parallel alpha/beta barrel / biocatalysis / NADPH / FMN

機能・相同性

機能・相同性情報

NADPH dehydrogenase activity / FMN binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Scheffersomyces stipitis CBS 6054 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Pompeu, Y.A. / Stewart, J.D.

引用

ジャーナル: Adv.Synth.Catal. / 年: 2012
タイトル: Structural and Catalytic Characterization of Pichia stipitis OYE 2.6, a Useful Biocatalyst for Asymmetric Alkene Reductions
著者: Pompeu, Y.A. / Sullivan, B. / Walton, A.Z. / Stewart, J.D.

履歴

登録	2011年8月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年7月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月23日	Group: Derived calculations
改定 1.2	2015年4月29日	Group: Non-polymer description
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tjl.cif.gz	188.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tjl.ent.gz	147.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tjl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3tjl_validation.pdf.gz	791.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tjl_full_validation.pdf.gz	793.4 KB	表示
XML形式データ	3tjl_validation.xml.gz	21.8 KB	表示
CIF形式データ	3tjl_validation.cif.gz	34.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/3tjl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/3tjl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3upwC 4df2C 1oyaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4qai-4 4qai-3 3caw-d 6agz-d 1t64-d 6ru1-d 4uzk-d 3e8d-d 4qai-2 1ji3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NADPH dehydrogenase

ヘテロ分子

46.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NADPH dehydrogenase

ヘテロ分子

A: NADPH dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
92.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.164, 127.164, 122.457
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-582- HOH
2	1	A-600- HOH
3	1	A-842- HOH

#1: タンパク質	NADPH dehydrogenase 分子量: 45295.543 Da / 分子数: 1 / 変異: T169A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Scheffersomyces stipitis CBS 6054 (菌類) 株: ATCC 58785 / CBS 6054 / NBRC 10063 / NRRL Y-11545 / 遺伝子: OYE2.6, PICST_44614 / プラスミド: pET-26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: A3LT82, NADPH dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸分子量: 104.061 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 515 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.01 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.4M Sodium malonate 1-3% 2-propanol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年8月15日 / 詳細: Si 111
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→44 Å / Num. obs: 92358 / % possible obs: 0.996 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.056

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_845)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1OYA

1oya

解像度: 1.5→44 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 14.28 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1682	9236	10 %	random
R_work	0.1428	-	-	-
obs	0.1454	92358	99.07 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 44.492 Å² / k_sol: 0.382 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.921 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.921 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.8419 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3174	0	56	515	3745

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	3373
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.332	4606
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.283	1255
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.094	509
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	601

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.517	0.3252	294	0.2693	2647	X-RAY DIFFRACTION	96
1.517-1.5349	0.2893	303	0.2354	2726	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5349-1.5536	0.2541	303	0.2108	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5536-1.5732	0.2586	306	0.2042	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5732-1.594	0.2356	306	0.1837	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
1.594-1.6158	0.2265	304	0.1667	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6158-1.6389	0.2232	308	0.1555	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6389-1.6633	0.2166	307	0.1482	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6633-1.6893	0.2045	306	0.1415	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6893-1.717	0.1723	308	0.1267	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
1.717-1.7466	0.1749	309	0.1279	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7466-1.7784	0.1733	306	0.1233	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7784-1.8126	0.1693	307	0.1191	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8126-1.8496	0.1914	307	0.1251	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8496-1.8898	0.1571	306	0.1235	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8898-1.9338	0.1589	309	0.1235	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9338-1.9821	0.1734	309	0.1279	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9821-2.0357	0.155	307	0.1222	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0357-2.0956	0.17	307	0.1288	2763	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0956-2.1633	0.151	309	0.1291	2774	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1633-2.2406	0.1468	310	0.1176	2791	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2406-2.3303	0.1544	308	0.1236	2774	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3303-2.4363	0.1393	310	0.1262	2787	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4363-2.5648	0.1734	309	0.1411	2781	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5648-2.7254	0.187	309	0.1542	2782	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7254-2.9358	0.1825	311	0.1622	2795	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9358-3.2312	0.186	309	0.1548	2782	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2312-3.6986	0.1526	310	0.1395	2795	X-RAY DIFFRACTION	97
3.6986-4.659	0.1234	310	0.1239	2786	X-RAY DIFFRACTION	96
4.659-44.1227	0.1728	329	0.1667	2961	X-RAY DIFFRACTION	96

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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