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- PDB-6ru1: Crystal Structure of Glucuronoyl Esterase from Cerrena unicolor i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ru1
タイトルCrystal Structure of Glucuronoyl Esterase from Cerrena unicolor inactive S270A variant in complex with the aldouronic acid Um4X
要素4-O-methyl-glucuronoyl methylesterase
キーワードHYDROLASE / CE15 / esterase / alpha/beta-hydrolase / ligand-bound
機能・相同性
機能・相同性情報


(4-O-methyl)-D-glucuronate-lignin esterase / lignin catabolic process / cellulose binding / carboxylic ester hydrolase activity / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Glucuronyl esterase, fungi / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. / Fungal-type cellulose-binding domain / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold ...: / Glucuronyl esterase, fungi / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. / Fungal-type cellulose-binding domain / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-O-methyl-glucuronoyl methylesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Cerrena unicolor (ミダレアミタケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.39 Å
Model detailsS270A variant in complex with the aldouronic acid Um4X
データ登録者Ernst, H.A. / Mosbech, C. / Langkilde, A. / Westh, P. / Meyer, A. / Agger, J.W. / Larsen, S.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: The structural basis of fungal glucuronoyl esterase activity on natural substrates.
著者: Ernst, H.A. / Mosbech, C. / Langkilde, A.E. / Westh, P. / Meyer, A.S. / Agger, J.W. / Larsen, S.
履歴
登録2019年5月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-O-methyl-glucuronoyl methylesterase
B: 4-O-methyl-glucuronoyl methylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,06614
ポリマ－86,4222
非ポリマー1,64512
水13,223734
1
A: 4-O-methyl-glucuronoyl methylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7706
ポリマ－43,2111
非ポリマー5605
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 4-O-methyl-glucuronoyl methylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2968
ポリマ－43,2111
非ポリマー1,0857
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.240, 84.240, 260.815
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-886-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 4-O-methyl-glucuronoyl methylesterase / Glucuronoyl esterase / GE


分子量: 43210.930 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain / 変異: S270A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cerrena unicolor (ミダレアミタケ)
プラスミド: pPICZ-alpha / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / Variant (発現宿主): X-33
参照: UniProt: A0A0A7EQR3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素

-
糖 , 2種, 3分子

#2: 多糖 4-O-methyl-alpha-D-glucopyranuronic acid-(1-2)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 472.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,3,2/[a212h-1b_1-5][a2122A-1a_1-5_4*OC]/1-1-2/a4-b1_b2-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(2+1)][a-D-GlcpA4Me]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 743分子

#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 734 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.05 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7, 0.1 M KCl, 25% w/v SOKALAN CP7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.39→49.14 Å / Num. obs: 188224 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 12.45 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 1377160 / Scaling rejects: 30
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.39-1.417.21.0026596391240.6920.3851.0781.898.7
7.61-49.147.10.032916512990.9990.0120.03439.795

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6RTV

6rtv


解像度: 1.39→42.12 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 16.51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1768 9369 4.98 %
Rwork0.1625 --
obs0.1632 188017 99.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 70.37 Å2 / Biso mean: 16.1593 Å2 / Biso min: 8.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.39→42.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5818 0 195 734 6747
Biso mean--28.23 25.64 -
残基数----772
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.3895-1.40530.25423130.23625830614398
1.4053-1.42180.24413140.22958276141100
1.4218-1.43910.25892950.223959286223100
1.4391-1.45740.22843030.217659246227100
1.4574-1.47650.22573140.207158816195100
1.4765-1.49680.21733050.203159096214100
1.4968-1.51820.21492760.195259096185100
1.5182-1.54080.21323300.192858996229100
1.5408-1.56490.20483300.177458806210100
1.5649-1.59060.193250.170659086233100
1.5906-1.6180.18753000.167659086208100
1.618-1.64740.19293240.168459076231100
1.6474-1.67910.20093020.172859386240100
1.6791-1.71340.18453260.165759246250100
1.7134-1.75060.20922960.168359546250100
1.7506-1.79130.18333030.163359576260100
1.7913-1.83610.15773120.159359596271100
1.8361-1.88580.16722810.155159376218100
1.8858-1.94130.17353320.155959536285100
1.9413-2.00390.17633210.154359886309100
2.0039-2.07560.19593310.156159176248100
2.0756-2.15870.16092990.152860156314100
2.1587-2.25690.16973070.157359656272100
2.2569-2.37590.16643130.157559996312100
2.3759-2.52470.17873230.15865979630299
2.5247-2.71960.1633050.15986059636499
2.7196-2.99320.17343110.16156023633499
2.9932-3.42620.17053320.1596037636999
3.4262-4.3160.15113100.14296065637598
4.316-42.13930.15683360.15146269660596
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.67290.1291-1.4452.27780.8114.94250.0917-0.21990.25050.1756-0.03510.0444-0.2286-0.104-0.0490.11280.0041-0.03520.1167-0.01630.134344.19277.710435.8964
21.6945-0.48340.36990.5526-0.06930.62670.0155-0.0538-0.01860.0587-0.00690.0632-0.0006-0.0625-0.00940.1049-0.00070.01510.0749-0.0150.103726.470610.345427.8826
30.99431.51711.12026.98765.44455.45450.0125-0.00790.0311-0.36020.04610.0225-0.319-0.1027-0.04180.10510.0380.00750.1363-0.00050.167211.946917.08419.2897
41.2087-0.5153-1.18840.8757-0.09173.3358-0.1210.0793-0.12990.01020.01320.17510.2551-0.31770.08790.1157-0.0277-0.00130.1359-0.02390.170912.2043-1.925918.5195
50.5470.019-0.06910.5353-0.0540.36760.0060.03780.0336-0.0059-0.01170.0402-0.0123-0.02260.00450.10890.0037-0.00130.0928-0.00190.101830.94776.823817.1337
61.0710.0964-0.14450.64070.17760.86170.00840.0016-0.09120.0174-0.0210.04740.0683-0.01550.01320.12760.0019-0.00180.07570.00060.119134.0894-10.137720.927
72.55190.2756-0.36932.1122-0.55632.9697-0.0048-0.2560.07280.21060.00070.0471-0.058-0.0685-0.01930.109-0.0039-0.02230.0935-0.02130.0965.455648.095131.2272
80.3702-0.067-0.06320.39820.01580.2572-0.00840.0135-0.01360.01010.00010.07040.0009-0.01730.00850.1290.0045-0.00370.0961-0.00090.111445.361248.535715.3563
93.2658-1.50011.91880.8912-0.35872.8299-0.01370.1120.14670.0175-0.0848-0.0418-0.14550.10020.09790.1322-0.01070.00180.06970.0160.095763.562357.448410.8506
100.38320.2023-0.08190.5728-0.15590.3144-0.00010.0345-0.0481-0.0319-0.01690.00270.0502-0.0020.01680.12320.0108-0.00350.1003-0.00510.11358.451736.275613.5659
110.87440.47360.01530.60480.05940.37920.02-0.0273-0.11150.0155-0.0147-0.03210.03720.06610.0060.13040.0224-0.00280.09320.00990.12264.838731.959515.7687
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 73 through 110 )B73 - 110
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 111 through 149 )B111 - 149
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 150 through 172 )B150 - 172
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 173 through 205 )B173 - 205
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 206 through 370 )B206 - 370
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 371 through 458 )B371 - 458
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 73 through 128 )A73 - 128
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 129 through 317 )A129 - 317
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 318 through 338 )A318 - 338
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 339 through 422 )A339 - 422
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 423 through 458 )A423 - 458

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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