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Yorodumi- PDB-6rv9: Crystal Structure of Glucuronoyl Esterase from Cerrena unicolor i... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6rv9 | |||||||||
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Title | Crystal Structure of Glucuronoyl Esterase from Cerrena unicolor inactive S270A variant in complex with the aldouronic acid XUXXR | |||||||||
Components | 4-O-methyl-glucuronoyl methylesterase | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / CE15 / esterase / alpha/beta-hydrolase / ligand-bound | |||||||||
Function / homology | Function and homology information (4-O-methyl)-D-glucuronate-lignin esterase / lignin catabolic process / carboxylic ester hydrolase activity / cellulose binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Cerrena unicolor (fungus) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.64 Å | |||||||||
Model details | S270A variant in complex with the aldouronic acid Um4X | |||||||||
Authors | Ernst, H.A. / Mosbech, C. / Langkilde, A. / Westh, P. / Meyer, A. / Agger, J.W. / Larsen, S. | |||||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2020 Title: The structural basis of fungal glucuronoyl esterase activity on natural substrates. Authors: Ernst, H.A. / Mosbech, C. / Langkilde, A.E. / Westh, P. / Meyer, A.S. / Agger, J.W. / Larsen, S. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6rv9.cif.gz | 312.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6rv9.ent.gz | 251.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6rv9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rv/6rv9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rv/6rv9 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6rtvSC 6ru1C 6ru2C 6rv7C 6rv8C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 43210.930 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: S270A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Cerrena unicolor (fungus) / Plasmid: pPICZ-alpha / Production host: Komagataella pastoris (fungus) / Variant (production host): X-33 References: UniProt: A0A0A7EQR3, Hydrolases; Acting on ester bonds; Carboxylic-ester hydrolases #2: Polysaccharide | 4-O-methyl-alpha-D-glucopyranuronic acid-(1-2)-[beta-D-xylopyranose-(1-4)]beta-D-xylopyranose-(1-4)- ...4-O-methyl-alpha-D-glucopyranuronic acid-(1-2)-[beta-D-xylopyranose-(1-4)]beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-Xylitol | Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Sugar | #4: Chemical | ChemComp-EDO / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.7 Å3/Da / Density % sol: 54.48 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M phosphate-citrate pH 4.2, 0.2 M KCl, 20% w/v PEG8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.99987 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 6, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.99987 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.64→49.29 Å / Num. obs: 116474 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 8 % / Biso Wilson estimate: 23.26 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 14.1 / Num. measured all: 928607 / Scaling rejects: 22 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6RTV Resolution: 1.64→44.497 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 20.52
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 89.95 Å2 / Biso mean: 31.3122 Å2 / Biso min: 15.78 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.64→44.497 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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