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- PDB-3iix: X-ray structure of the FeFe-hydrogenase maturase HydE from T. mar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iix
タイトルX-ray structure of the FeFe-hydrogenase maturase HydE from T. maritima in complex with methionine and 5'deoxyadenosine
要素[FeFe] hydrogenase maturase subunit HydE
キーワードADOMET BINDING PROTEIN / ADOMET RADICAL / SAM RADICAL / ADOMET CLEAVAGE / FE4S4 CLUSTER / HYDE / HYDROGENASE / MATURATION / BETA BARREL / DEOXYADENOSINE
機能・相同性
機能・相同性情報


water-soluble vitamin biosynthetic process / sulfur compound biosynthetic process / 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / transferase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Biotin and Thiamin Synthesis associated domain / [FeFe]-hydrogenase maturation HydE, radical SAM / HydE/PylB-like / Biotin and thiamin synthesis-associated domain / Biotin and Thiamin Synthesis associated domain / Elp3/MiaB/NifB / Elongator protein 3, MiaB family, Radical SAM / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM ...Biotin and Thiamin Synthesis associated domain / [FeFe]-hydrogenase maturation HydE, radical SAM / HydE/PylB-like / Biotin and thiamin synthesis-associated domain / Biotin and Thiamin Synthesis associated domain / Elp3/MiaB/NifB / Elongator protein 3, MiaB family, Radical SAM / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-DEOXYADENOSINE / CARBONATE ION / METHIONINE / trisulfane / IRON/SULFUR CLUSTER / [FeFe] hydrogenase maturase subunit HydE
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Nicolet, Y. / Amara, P. / Mouesca, J.M. / Fontecilla-Camps, J.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Unexpected electron transfer mechanism upon AdoMet cleavage in radical SAM proteins
著者: Nicolet, Y. / Amara, P. / Mouesca, J.-M. / Fontecilla-Camps, J.C.
履歴
登録2009年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年4月12日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_2 / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_mod_residue / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly_seq.mon_id / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_mod_residue.auth_comp_id / _pdbx_struct_mod_residue.auth_seq_id / _pdbx_struct_mod_residue.details / _pdbx_struct_mod_residue.label_comp_id / _pdbx_struct_mod_residue.label_seq_id / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref.db_code
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: [FeFe] hydrogenase maturase subunit HydE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,02814
ポリマ－39,9371
非ポリマー4,09113
水8,395466
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.054, 78.925, 86.192
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 [FeFe] hydrogenase maturase subunit HydE


分子量: 39937.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
遺伝子: TM_1269, THEMA_07990, Tmari_1274 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9X0Z6, 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く

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非ポリマー , 8種, 479分子

#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S
#4: 化合物 ChemComp-5AD / 5'-DEOXYADENOSINE / 5′-デオキシアデノシン


分子量: 251.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O3
#5: 化合物
ChemComp-CPS / 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE / CHAPS


分子量: 614.877 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H58N2O7S / コメント: 可溶化剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-S3H / trisulfane / 三硫化水素


分子量: 98.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2S3
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 466 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.47 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, LiSO4, TRIS pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→58.22 Å / Num. obs: 88534 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 14.87
反射 シェル解像度: 1.25→1.33 Å / 冗長度: 1.46 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 31571 / Rsym value: 0.407 / % possible all: 76.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3CIW

3ciw


解像度: 1.25→58.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 1.439 / SU ML: 0.027 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.043 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. The Friedel mates have been separated during data processing to extract the anomalous signal.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16623 4675 5 %RANDOM
Rwork0.13857 ---
obs0.13996 88534 96.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.993 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.78 Å20 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3----0.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→58.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2877 0 200 467 3544
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0223167
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022260
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6752.0684364
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.25635557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg18.8025.152394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.74423.385130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.43115558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5571527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1460.2519
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023302
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02595
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2540.2657
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2050.22675
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.21581
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.21630
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1840.2358
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0870.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2430.282
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1640.241
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2341.51857
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4981.5722
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7322964
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.36631456
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1564.51366
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.36535925
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free5.0333475
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.59435330
LS精密化 シェル解像度: 1.251→1.283 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 250 -
Rwork0.287 4903 -
obs--73.02 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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