PDB-6zq6: Crystal structure of Chaetomium thermophilum Glycerol Kinase in c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zq6

タイトル

Crystal structure of Chaetomium thermophilum Glycerol Kinase in complex with glycerol in P21212 space group

要素

Glycerol kinase-like protein

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

Kinase (キナーゼ) /

Glycerol (グリセリン) /

Metabolism (代謝)

機能・相同性

機能・相同性情報

glycerol kinase /

glycerol kinase activity / glycerol-3-phosphate metabolic process / glycerol catabolic process /

リン酸化 /

ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Chaetomium thermophilum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Wilk, P. / Wator, E. / Grudnik, P.

資金援助

ポーランド, 2件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2020
タイトル: Structural Characterization of Glycerol Kinase from the Thermophilic Fungus Chaetomium thermophilum .
著者: Wilk, P. / Kuska, K. / Wator, E. / Malecki, P.H. / Wos, K. / Tokarz, P. / Dubin, G. / Grudnik, P.

履歴

登録	2020年7月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zq6.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zq6.ent.gz	947.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zq6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/6zq6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/6zq6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zq4C 6zq5C 6zq7C 6zq8C 2d4wS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6jae-2 6zq8-1 2d4w-d 6jaf-d 3wxk-2 5azj-2 5azj-1 6k79-1 6j9q-2 5gn6-2 6k79-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glycerol kinase-like protein

B: Glycerol kinase-like protein

C: Glycerol kinase-like protein

D: Glycerol kinase-like protein

ヘテロ分子

229 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

D: Glycerol kinase-like protein

ヘテロ分子

A: Glycerol kinase-like protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, MALS
114 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Glycerol kinase-like protein

ヘテロ分子

B: Glycerol kinase-like protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
114 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	170.729, 222.025, 61.331
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Glycerol kinase-like protein 分子量: 57067.277 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 遺伝子: CTHT_0042250 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SAG9
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 411 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.69 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.125-0.3 M CaCl2; 16-19% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→48.6 Å / Num. obs: 103148 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.723 % / B_iso Wilson estimate: 47.097 Å² / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.177 / R_rim(I) all: 0.207 / Χ²: 1.081 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 383976

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.3-2.44	3.812	1.591	0.77	62534	16723	16406	0.331	1.85	98.1
2.44-2.61	3.651	1.133	1.07	56335	15665	15432	0.465	1.328	98.5
2.61-2.81	3.835	0.706	1.81	55854	14696	14566	0.696	0.822	99.1
2.81-3.08	3.77	0.425	3.02	50576	13560	13417	0.868	0.495	98.9
3.08-3.44	3.684	0.222	5.86	44475	12266	12072	0.958	0.259	98.4
3.44-3.97	3.787	0.118	11.15	40767	10892	10764	0.987	0.137	98.8
3.97-4.86	3.639	0.066	18.12	33293	9306	9150	0.996	0.077	98.3
4.86-6.84	3.609	0.062	18.09	25917	7328	7182	0.997	0.072	98
6.84-48.6	3.42	0.032	28.61	14225	4305	4159	0.999	0.038	96.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2d4w

2d4w

解像度: 2.3→48.6 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2493	2100	2.04 %
R_work	0.2138	101019	-
obs	0.2145	103119	98.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 810.9 Å² / B_iso mean: 57.0657 Å² / B_iso min: 22.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→48.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15559	0	77	411	16047
B_iso mean	-	-	55.77	49.33	-
残基数	-	-	-	-	2038

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3-2.35	0.3855	137	0.3469	6571	6708	97
2.35-2.41	0.4042	138	0.334	6636	6774	99
2.41-2.48	0.3341	139	0.3166	6703	6842	99
2.48-2.55	0.3659	140	0.3035	6702	6842	99
2.55-2.63	0.3509	136	0.2936	6567	6703	98
2.63-2.73	0.341	140	0.276	6722	6862	99
2.73-2.83	0.3237	140	0.2709	6739	6879	99
2.83-2.96	0.2842	140	0.2567	6724	6864	99
2.96-3.12	0.276	139	0.2372	6720	6859	99
3.12-3.32	0.2736	139	0.2125	6661	6800	98
3.32-3.57	0.2343	141	0.1974	6818	6959	99
3.57-3.93	0.2278	141	0.1741	6748	6889	99
3.93-4.5	0.1741	141	0.1496	6782	6923	98
4.5-5.67	0.1667	143	0.1629	6895	7038	99
5.67-48.6	0.2266	146	0.2047	7031	7177	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8082	0.1114	-0.0188	0.6969	-0.2299	0.3312	-0.016	-0.6173	0.0234	0.2523	-0.079	0.2549	-0.1018	0.2063	-0.0584	0.3764	0.0571	0.0403	0.6092	0.0421	0.423	-26.4042	66.6978	-15.9314
2	0.086	0.1787	0.0432	0.5075	-0.0978	0.183	0.1726	-0.8015	0.258	0.14	-0.191	-0.3826	-0.2957	0.1472	0.0082	0.43	-0.0062	-0.0269	0.802	0.1207	0.5395	-1.4634	76.8299	-14.4954
3	0.1437	-0.1445	0.0396	2.2687	0.014	0.2454	0.0731	-1.1035	-0.216	0.3069	-0.301	-0.0209	0.1298	0.4331	-0.3684	0.433	0.0098	0.0414	1.0425	0.241	0.459	-13.7049	61.9932	-7.9408
4	1.0856	0.4631	-0.2066	0.5871	-0.0272	0.3073	-0.0632	-0.4647	-0.3412	0.0147	-0.1448	-0.1285	0.018	0.1792	-0.0566	0.3851	0.0652	0.0093	0.577	0.2214	0.5353	-12.005	62.2994	-21.0221
5	0.0118	0.0336	0.0744	0.3377	0.5839	1.0961	-0.04	0.0069	-0.2862	-0.3167	-0.0127	-0.0505	-0.1292	0.2482	0.0238	0.2767	0.0986	0.0434	0.3834	0.0984	0.5038	-8.8403	67.9705	-31.863
6	0.3314	0.2668	-0.0238	1.1391	0.3796	0.9299	0.0708	-0.2357	0.2391	-0.0091	-0.0359	0.3823	-0.0809	-0.2371	0	0.3569	0.028	-0.0374	0.4304	0.0797	0.5443	-22.3832	94.0059	-35.3247
7	0.4546	0.4914	0.0301	0.4877	0.0774	0.4488	-0.0425	-0.0022	-0.0677	-0.3454	0.0214	0.0421	-0.031	0.0897	0	0.4332	0.0583	0.0149	0.3583	0.0755	0.4175	-20.1477	76.3432	-39.34
8	0.192	0.2085	0.2264	0.2133	0.2228	0.2414	0.0408	0.3221	-0.2636	-0.5621	-0.265	0.2245	0.407	0.2375	0.0001	0.6994	-0.0073	0.0752	0.4	-0.0098	0.4762	-24.5764	63.4961	-42.8592
9	0.1554	0.079	0.0008	0.3781	-0.071	0.0126	-0.1646	0.0754	0.3776	0.1692	-0.1258	-0.0504	0.5385	0.2263	-0.0738	0.5278	0.0195	0.0856	0.5257	0.0717	0.407	-9.7975	93.8276	-40.902
10	2.0753	0.1557	-1.3698	0.8236	-0.0879	1.9963	-0.0693	-0.5756	-0.0186	0.2121	0.1065	0.0403	-0.0885	0.3464	-0.0013	0.3394	0.0531	0.0103	0.4595	0.0628	0.3091	16.5856	42.6993	-20.2737
11	0.2262	0.3292	0.0319	1.3716	0.5143	0.6543	0.009	0.101	0.0432	-0.1811	0.068	0.0104	-0.0587	0.0542	-0	0.3511	0.0035	-0.0096	0.3184	0.0504	0.3619	16.881	27.5592	-41.0919
12	0.6161	-0.2571	-0.4917	1.1771	0.1664	0.84	-0.0053	0.169	0.0532	-0.5495	0.0845	-0.1073	-0.222	0.0179	0	0.4604	-0.0024	-0.0074	0.3698	0.0543	0.3676	19.9683	34.6781	-45.3112
13	1.0208	-0.4118	-0.269	0.8232	0.0843	1.4213	-0.0043	0.1095	0.0989	-0.033	-0.0294	-0.0948	-0.0192	-0.1226	-0	0.296	-0.0077	0.0004	0.2685	0.0052	0.2982	-22.9367	26.3789	-58.1867
14	0.2176	-0.0415	-0.0491	1.3683	-0.6909	0.5528	-0.1526	-0.1005	-0.0011	0.1878	0.112	-0.0248	-0.0748	-0.0556	-0	0.3606	0.025	0.008	0.3339	-0.0332	0.3263	-18.9756	10.4201	-37.0687
15	0.9061	0.0481	0.1913	0.2522	0.1238	0.5997	0.0738	-0.0439	0.2104	0.0104	0.0435	-0.2952	0.1631	0.4414	0.0218	0.3704	0.0661	-0.0069	0.4901	0.0213	0.4619	37.0175	84.0856	-45.8312
16	0.4713	0.1669	0.3601	0.5097	0.1689	0.6455	0.2097	0.2551	0.2831	-0.2424	-0.1668	-0.111	-0.2853	-0.0776	0	0.3949	0.0862	0.0245	0.4333	0.065	0.3771	17.3896	93.1922	-59.8896
17	0.3382	-0.2195	0.2284	0.5627	0.1078	0.3097	0.1631	0.6028	0.0853	-0.2442	-0.0412	-0.0674	0.0827	-0.0671	0	0.4569	0.0706	0.0376	0.5154	0.0167	0.392	25.3324	81.054	-61.5078
18	1.1539	-0.3054	0.2631	0.606	0.1579	1.1372	0.0276	0.1549	-0.1907	0.1376	-0.0866	0.1876	0.3296	-0.2388	0	0.4213	-0.0115	0.0066	0.3405	0.0199	0.3698	16.8361	83.012	-46.6901
19	0.1045	-0.4348	-0.1152	1.4996	0.2232	0.3814	-0.225	-0.1169	0.079	0.1787	0.2076	-0.2163	0.0848	-0.0323	-0.0069	0.3713	0.0864	-0.0441	0.3617	-0.0089	0.3595	19.8634	107.5018	-31.8233
20	0.0581	0.0194	0.0966	0.1632	-0.0641	0.2084	-0.3025	-0.3609	-0.0883	0.1083	0.4493	-0.069	0.1051	0.3076	0	0.538	0.0826	-0.0321	0.4435	-0.0003	0.3757	24.5962	89.4042	-29.555
21	0.5564	-0.2913	0.0008	0.6495	-0.0002	0.33	-0.3523	-0.4281	-0.0783	0.9642	0.2314	-0.0549	0.4805	0.0261	0.0295	0.701	0.114	0.0929	0.5129	0.1317	0.4184	23.2134	82.1805	-25.011
22	0.1645	-0.0803	0.0389	0.6201	-0.0979	0.6173	-0.2045	-0.2022	0.1849	-0.4708	0.2717	0.3972	0.4483	-0.6059	0.0236	0.4782	0.0602	-0.0026	0.4341	0.0129	0.4515	8.5897	112.1122	-32.144

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 65 through 173 )	A	65 - 173
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 174 through 212 )	A	174 - 212
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 213 through 258 )	A	213 - 258
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 259 through 340 )	A	259 - 340
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 341 through 383 )	A	341 - 383
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 384 through 446 )	A	384 - 446
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 447 through 525 )	A	447 - 525
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 526 through 559 )	A	526 - 559
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 560 through 583 )	A	560 - 583
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 64 through 340 )	B	64 - 340
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 341 through 489 )	B	341 - 489
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 490 through 583 )	B	490 - 583
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 64 through 383 )	C	64 - 383
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 384 through 583 )	C	384 - 583
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 64 through 146 )	D	64 - 146
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 147 through 212 )	D	147 - 212
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 213 through 258 )	D	213 - 258
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 259 through 383 )	D	259 - 383
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 384 through 489 )	D	384 - 489
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 490 through 525 )	D	490 - 525
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 526 through 559 )	D	526 - 559
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 560 through 583 )	D	560 - 583

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)